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明細書 :乳癌の放射線治療による晩期副作用の発症を予測する方法

発行国 日本国特許庁(JP)
公報種別 特許公報(B2)
特許番号 特許第5476536号 (P5476536)
公開番号 特開2009-089605 (P2009-089605A)
登録日 平成26年2月21日(2014.2.21)
発行日 平成26年4月23日(2014.4.23)
公開日 平成21年4月30日(2009.4.30)
発明の名称または考案の名称 乳癌の放射線治療による晩期副作用の発症を予測する方法
国際特許分類 C12Q   1/68        (2006.01)
C12N  15/09        (2006.01)
FI C12Q 1/68 ZNAA
C12N 15/00 A
請求項の数または発明の数 11
全頁数 41
出願番号 特願2007-260213 (P2007-260213)
出願日 平成19年10月3日(2007.10.3)
審査請求日 平成22年8月27日(2010.8.27)
特許権者または実用新案権者 【識別番号】301032942
【氏名又は名称】独立行政法人放射線医学総合研究所
発明者または考案者 【氏名】今井 高志
【氏名】岩川 眞由美
個別代理人の代理人 【識別番号】100082005、【弁理士】、【氏名又は名称】熊倉 禎男
【識別番号】100084009、【弁理士】、【氏名又は名称】小川 信夫
【識別番号】100084663、【弁理士】、【氏名又は名称】箱田 篤
【識別番号】100093300、【弁理士】、【氏名又は名称】浅井 賢治
【識別番号】100114007、【弁理士】、【氏名又は名称】平山 孝二
【識別番号】100136249、【弁理士】、【氏名又は名称】星野 貴光
審査官 【審査官】三原 健治
参考文献・文献 特開2006-087375(JP,A)
特開2007-116905(JP,A)
石川敦子ほか、“乳房温存療法患者における放射線治療晩期有害反応と関連するハプロタイプの解析”,日本人類遺伝学会第52回大会プログラム・抄録集、2007年、174頁、P-113の項(独立行政法人科学技術振興機構受入日2007年9月26日)
癌の臨床、2005年、51巻、5号、319-322頁
調査した分野 C12N 15/00-15/90
C12Q 1/68
CAplus(STN)
MEDLINE(STN)
BIOSIS(STN)
JSTPlus/JMEDPlus/JST7580(JDreamII)
GenBank/EMBL/DDBJ/GeneSeq

特許請求の範囲 【請求項1】
乳癌患者の放射線治療による晩期副作用の発症を予測する方法であって、
(1)乳癌患者からゲノムDNAサンプルを得る工程、
(2)得られたゲノムDNAサンプルにおいて、以下に示す塩基の組み合わせa~jのうち、組み合わせaと、残りの組み合わせb~jの一以上とを同定する工程:
JP0005476536B2_000020t.gif
(3)工程(2)で同定した組み合わせaと残りの組み合わせとについて得られた情報に基づいて、晩期副作用の発症の危険性を予測する工程であって、
下記(ア)と(イ)とのいずれに該当する場合も、副作用発症の危険性が高いと予測し、
(ア)組み合わせaの情報が下表に該当する
JP0005476536B2_000021t.gif
(イ)残りの組み合わせの情報が下表のいずれかに該当する
JP0005476536B2_000022t.gif
下記(ウ)に該当する場合、副作用発症の危険性が低いと予測する工程、
(ウ)残りの組み合わせの情報が下表のいずれかに該当する
JP0005476536B2_000023t.gifを含むことを特徴とする方法。
【請求項2】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせbを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせcを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせdを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせb及びcを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせb及びdを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせc及びdを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせb、c及びdを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせfを含む、請求項1~8のいずれかに記載の方法。
【請求項10】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせgを含む、請求項1~9のいずれかに記載の方法。
【請求項11】
工程(2)において、残りの組み合わせが、組み合わせiを含む、請求項1~10のいずれかに記載の方法。
発明の詳細な説明 【技術分野】
【0001】
本発明は、乳癌の放射線治療による晩期副作用の発症を正確に予測する方法に関する。
【背景技術】
【0002】
現在、外科治療、化学療法及び放射線治療は癌の代表的な治療方法である。このうち、放射線治療は、放射線を患部へ定位照射することができかつ侵襲性が低い点で優れた治療法である。しかし、一部の患者では放射線治療後に副作用が発症してQOLが低下することがあるので、治療開始前に副作用発症の危険性を予測できる方法の開発が求められていた。かかる要望に対して、本発明者等は、副作用発症の危険性を事前に予測できる種々の方法を開発してきた(特許文献1及び2参照)。
【0003】

【特許文献1】特開2006-87375号公報
【特許文献2】特開2007-116905号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
乳癌は、世界中の女性において高頻度で診断される癌であり、その患者数も増加してきている。放射線治療は乳癌治療においても有効な治療方法であり、一般的には乳房温存手術後に行われている。
しかし、一部の患者では放射線治療から長期間が経過した後に皮膚障害等の副作用(晩期の副作用)が発症することがあり、患者のQOLの点で問題となっていたが、有効な予測方法が存在していなかった。
【課題を解決するための手段】
【0005】
本発明者等は、患者を遺伝的に個別化することを可能にする一塩基多型(SNP)に着目して鋭意探索したところ、10個の遺伝子のそれぞれに存在する複数のSNPが乳癌の放射線治療による晩期副作用の発症に関連していることを見いだした。本発明は、この知見に基づいてなされたものである。
【0006】
すなわち、本発明は、
乳癌患者の放射線治療による晩期副作用の発症を予測する方法であって、
(1)乳癌患者からゲノムDNAサンプルを得る工程、
(2)得られたゲノムDNAサンプルにおいて、以下に示す塩基の組み合わせa~jの一以上を同定する工程:
JP0005476536B2_000002t.gif(3)工程(2)で同定した組み合わせが、下記:
JP0005476536B2_000003t.gifのいずれかに該当する場合、副作用発症の危険性が高いと予測し、
工程(2)で同定した組み合わせが、下記:
JP0005476536B2_000004t.gifのいずれかに該当する場合、副作用発症の危険性が低いと予測する工程
を含むことを特徴とする方法
に関するものである。
【発明の効果】
【0007】
本発明の方法は、後述する実施例で示されるように、乳癌患者のQOL低下につながる放射線治療による晩期副作用の発症リスクを正確に予測することができる。したがって、本発明の方法を用いることにより、個々の乳癌患者について放射線治療の適否を事前に予測して、当該患者に最適の治療方法を計画することが可能になる。
【発明を実施するための最良の形態】
【0008】
以下、本発明を更に詳細に説明する。
本発明の乳癌患者の放射線治療による晩期副作用の発症を予測する方法は、下記の工程:
(1)乳癌患者からゲノムDNAサンプルを得る工程、
(2)得られたゲノムDNAサンプルにおいて、ゲノム配列の所定の位置に存在する塩基の組み合わせを同定する工程、及び
(3)工程(2)で得られた情報に基づいて、晩期副作用の発症の危険性を予測する工程
を含んでいる。
【0009】
工程(1)
乳癌とは、乳房組織に発生する癌腫をいう。具体例としては、乳管癌及び小葉癌があげられる。本発明は、放射線治療が適用となる乳癌を対象とする。放射線治療が適用できる限り病期(ステージ)は問わない。ただし、浸潤癌、転移癌、再発癌は対象外であり、原発癌のみを対象とする。
乳癌患者とは、乳癌に罹患したヒトをいう。患者の性別は女性に限るが、年齢は問わない。
ゲノムDNAサンプルの採取は、後述する塩基の組み合わせ10種類のいずれかを測定できる限り乳癌患者のあらゆる部位から行うことができる。具体例としては、血液、皮膚、口腔粘膜、毛髪、手術等によって切除された組織等があげられる。ゲノムDNAサンプルの調製しやすさの点で血液が好ましい。
ゲノムDNAサンプルは、当該技術分野で一般的に用いられている方法にしたがい、採取した組織等より抽出したゲノムDNAから調製することができる。調製方法としては、例えば、キアゲン社の血液DNA抽出キット(QIAGEN DNA Blood Mini Kit)等の使用があげられる。
【0010】
工程(2)
同定対象となる塩基の組み合わせは下記表1に示すa~jの10種類である。
【表1】
JP0005476536B2_000005t.gif

【0011】
上記表において、「ゲノムDNA配列」とはヒトゲノムDNAの塩基配列をいう。各組み合わせにおける塩基の位置は、「NC_」で始まるアクセッション番号でGenBankに登録されているゲノムDNA配列における位置である。例えば、組み合わせaは、アクセッション番号「NC_000007.12」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における7239965番目の塩基及び7249542番目を意味する。
【0012】
組み合わせaにおいて、アクセッション番号「NC_000007.12」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における7239965番目の塩基及び7249542番目の塩基を同定する。
【0013】
ゲノムDNA配列NC_000007.12の7239965番目の塩基について、当該7239965番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号1に示す。
【0014】
(配列番号1)
GGGCATGGGTGTGTTCAAATAAAACTCTATTTACAAAAACAGGTAGCAGGCCAGGTTTGGTCCATGGGTCCTCAAACTGTGCTGACCCTAGTCCTCCACAAGCTACAAGTGTTTTTTTAC
「A/G」
TTTATAAAGGATTGTTTAAGAAGAAGATGCAACAGAAACCACATGAGACCCAAAAAGCCAAAAATATTTTATTTCTAGTTCTTTACAGAAAGGGTTTGCTAACTTTTGGGTTGGAGAAGG
【0015】
配列番号1の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号1の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000007.12の7239965番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0016】
ゲノムDNA配列NC_000007.12の7249542番目の塩基について、当該7249542番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号2に示す。
【0017】
(配列番号2)
AGAGAATATTGTTTCATTTAAAAATACTTTCCACAGTTTCACTTGGTTTCACCAATTTCAATTGGTTTTAAATCATTAGGATGTCTAAGTAAACTATTGATTTCTTCCACAGGTCTAGTA
「C/T」
ATTAGGTTCCTCTGCTTTACCTTGCCATCTTTAATGTTTGTATTCTTTTAAAATTAGCTGGTCCTTTATAAGTATGTAAATATTGTAGCTAGCAATGTGCTGTTTATTAACAATACCTGT
【0018】
配列番号2の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号2の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000007.12の7249542番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0019】
ゲノムDNA配列NC_000007.12における7239965番目の塩基及び7249542番目の塩基は、C1GALT1遺伝子に存在している。C1GALT1遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座7p14-p13に位置することが知られている遺伝子である。
【0020】
組み合わせbにおいて、アクセッション番号「NC_000003.10」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における30661418番目及び30707825番目の塩基を同定する。
【0021】
ゲノムDNA配列NC_000003.10の30661418番目の塩基について、当該30661418番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号3に示す。
【0022】
(配列番号3)
GTGTAAATTTTGTGATGTGAGATTTTCCACCTGTGACAACCAGAAATCCTGCATGAGCAACTGCAGCATCACCTCCATCTGTGAGAAGCCACAGGAAGTCTGTGTGGCTGTATGGTAAGC
「A/G」
AGCCTTTTAAGAAGTTATTCTTTCTTTTCCCCTTTTTACATAATGTATTCTCATAGTACACACAGTCAGTGTATCTCTGTCTCCTAAATGTAAACACCTGTTCCATTTCCCTTTCCTTTA
【0023】
配列番号3の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号3の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000003.10の30661418番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0024】
ゲノムDNA配列NC_000003.10の30707825番目の塩基について、当該30707825番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号4に示す。
【0025】
(配列番号4)
AGCACAGCTGCCACCAGCACAAACCCCCCACCACCCTTTCCACATGGAACTGGCTGGCCTGCAGCAGCAGGCACTCAGTCAGCACATGTTAAATGCACAGGCACTTTTGGACCCTGCTTG
「A/C」
ACTCACTATAGCAACAAGGTCAGCAGGCCACCTTGCCTTCCGCGGAGCCCACCAACTCATGGTGCCCTTTGGATCTCTTTCCCGCTACAGGGCATCCAGATGGTGTGTGAGACGTTGACT
【0026】
配列番号4の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号4の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000003.10の30707825番目の塩基に該当する。「A/C」とは、当該位置における塩基がA又はCであることを意味する。
【0027】
ゲノムDNA配列NC_000003.10における30661418番目及び30707825番目の塩基は、TGFBR2遺伝子に存在している。TGFBR2遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座3p22に位置することが知られている遺伝子である。
【0028】
組み合わせcにおいて、アクセッション番号「NC_000005.8」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における135424917番目及び135434557番目の塩基を同定する。
【0029】
ゲノムDNA配列NC_000005.8の135424917番目の塩基について、当該135424917番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号5に示す。
【0030】
(配列番号5)
GCTGTCCGCGCGATTCCCAGCACTCCTCTTACAGCATCTCACCTCAGTGTATGTTCCTTGCCTCCAGTGCAGTTGAACCTCAGTCCTGCCTCTCCTCATGTGTGCATTCACCTTTCTTGG
「C/T」
GCTCTCTCCCCATGGGCCAAGTTCTACCATGAGTTATGAAACATTATGGAGAAAACATGTCTTTGGAAATGTGAGCCAGAAAGCCCACCAGTGCCCCTCAGTCACGGTTGTTATGAATGA
【0031】
配列番号5の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号5の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000005.8の135424917番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0032】
ゲノムDNA配列NC_000005.8の135434557番目の塩基について、当該135434557番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号6に示す。
【0033】
(配列番号6)
TGCTTCATCTTTAGCAGGTGACTCCACCCTCTAACCCTTCTGGGGAGGAAGTTTCATGCTTGGAGGGTTTTTCCCCATTCCCAGGATCCTAATTCTATTAGAAGAAAGTCTGAGATTTGG
「A/G」
AGTAGCAGAGACAGAGGGGAAAGACTTATGATTAAATGTCCTCATTTGGGCGGAAATGAGTTTTTGAGTGAACAGATGGAAAACTACTCTCTTCTCCTGTCAGTGGGGCGGGTGAGTCCC
【0034】
配列番号6の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号6の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000005.8の135434557番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0035】
ゲノムDNA配列NC_000005.8における135424917番目の塩基及び135434557番目の塩基は、TGFBI遺伝子に存在している。TGFBI遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座5q31に位置することが知られている遺伝子である。
【0036】
組み合わせdにおいて、アクセッション番号「NC_000011.8」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における35145821番目、35155484番目及び35207894番目の塩基を同定する。
【0037】
ゲノムDNA配列NC_000011.8の35145821番目の塩基について、当該35145821番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号7に示す。
【0038】
(配列番号7)
ATAAACACTGTAAAAATAAAAAATTTGGAGAGCTTACCAGTGCTTCTGGCTGCCCAAGTGGTTTGTGTGTGGTTGACTCCCAGGAGCTCAATCACTTTGGGTGCAGTCCACCCAGAGAGC
「C/T」
ATGTTCCAGCTACATCAACCTGGAGCCTTAGCTTGGTCAGTCTAGATTTTTGGGTTTGGCTGCAGACATCTCGTAATGTCACAAGGACAGCCTGTGTCCTTGGTGACCCAACCCTGGGCC
【0039】
配列番号7の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号7の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000011.8の35145821番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0040】
ゲノムDNA配列NC_000011.8の35155484番目の塩基について、当該35155484番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号8に示す。
【0041】
(配列番号8)
GAAAGTTATTAAGCTATATTATATTAAGATATATTATTTTTGGGAGCCCTGAGAGGGCTCCTACCAGTTATTCTAGAGCTGCATAGAGCCTTCCTCAAACTATGGCTCCAAGCAAGATAA
「A/T」
CACAACAAGCAAGGACTTTATTTTTTGAATTTCCAATGGCCTTGCGGTAAGCGGTGCACAAGAAGAGCAAGCCACGGTGGCAATCACAGTGAATTGTTGTGGTTCGATTTGTTTTCACTA
【0042】
配列番号8の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号8の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000011.8の35155484番目の塩基に該当する。「A/T」とは、当該位置における塩基がA又はTであることを意味する。
【0043】
ゲノムDNA配列NC_000011.8の35207894番目の塩基について、当該35207894番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号9に示す。
【0044】
(配列番号9)
TGATCGCCAACCTTTCCCCCACCAGCTAAGGACATTTCCCAGGGTTAATAGGGCCTGGTCCCTGGGAGGAAATTTGAATGGGTCCATTTTGCCCTTCCATAGCCTAATCCCTGGGCATTG
「C/T」
TTTCCACTGAGGTTGGGGGTTGGGGTGTACTAGTTACACATCTTCAACAGACCCCCTCTAGAAATTTTTCAGATGCTTCTGGGAGACACCCAAAGGGTGAAGCTATTTATCTGTAGTAAA
【0045】
配列番号9の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号9の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000011.8の35207894番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0046】
ゲノムDNA配列NC_000011.8における35145821番目の塩基、35155484番目の塩基及び35207894番目の塩基は、CD44遺伝子に存在している。CD44遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座11p13に位置することが知られている遺伝子である。
【0047】
組み合わせeにおいて、アクセッション番号「NC_000019.8」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における46521446番目、46526339番目、46552136番目及び46556349番目の塩基を同定する。
【0048】
ゲノムDNA配列NC_000019.8の46521446番目の塩基について、当該46521446番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号10に示す。
【0049】
(配列番号10)
CTTGAGTGTAGAGGGAGGGGGGACTCTACCCTTCTCAGCCCCACCAGCCCCCCTCTGCCCAACCACAATTTTCCCTTCCTCCGCCTTCCTCTCCCTCTCCTGTTTACACTCCCCAAATGC
「A/G」
CACAGGCTGTTATCATGGGTCCTGAGTCATCCCACACACAGCCTGCCCCAGCGTCCCTGCCCCCAGCTGGCCGCAGGGCCCGCCCCATGGAGCCCCCTGCCGCCCTGGGCTAATGGGAGC
【0050】
配列番号10の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号10の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000019.8の46521446番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0051】
ゲノムDNA配列NC_000019.8の46526339番目の塩基について、当該46526339番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号11に示す。
【0052】
(配列番号11)
GGCTCCGAGGCTGGGTGGTGTTTACGTGATGGGCTGACACTTTCTCTATTTGTATCTGTGTATATGTGGGCTGCAGCTGCTGCCAAATGACACAGCCCATGTGTTACGGGCCCTGCAGGA
「A/G」
TCTCTGTGTGTCCACGGCGGCTCTGAGAGGTGAATATTTGTGTAGTGTGGGGCACCGTCCGTGTTTCCCGCCGTGTGAGTGTGTCTGCATGTGTACACGCACCACATCCTCATAGGGCTG
【0053】
配列番号11の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号11の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000019.8の46526339番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0054】
ゲノムDNA配列NC_000019.8の46552136番目の塩基について、当該46552136番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号12に示す。
【0055】
(配列番号12)
AGGAGGGGGACCCAGAACGGAAGGAGAGTCAGGCTGGGAAACAAGGTAGGAGAAGAGGGTCTGTCAACATGGGGGCCTCCGGAGGGTGTCAGTGGGAGGAGGGGGCAACAGGACACCTGA
「A/G」
GGATGGAAGGGTCAGGAGGCAGACACCTGTAAGAATTGCTCTCCTTTACTGAGCACCTCCCATGTGGCTAAGCAGCCTCCTGTCACTCAACACCCTGCGACCCCATACATTTACTGTCCC
【0056】
配列番号12の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号12の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000019.8の46552136番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0057】
ゲノムDNA配列NC_000019.8の46556349番目の塩基について、当該46556349番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号13に示す。
【0058】
(配列番号13)
CTTCCTCTCCCATGATAACCCACTAATCCATTAACCCATTAATCCATGAATGGGTAATGAGCATAGTGAGCACGGGATAAGTCTTCAATATCATTTTATTACGATTCTCACCCCATATTT
「A/T」
CAAGCCTAGTCCAAGGATTAAGATGGGGCCAAGGGTACCCTCCAGGAGCGCATCCTGAAACACACATAACAATTTCGATCCTACTGAGGGGTGATAATGATAGCTAAAATGCACTGAGTG
【0059】
配列番号13の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号13の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000019.8の46556349番目の塩基に該当する。「A/T」とは、当該位置における塩基がA又はTであることを意味する。
【0060】
ゲノムDNA配列NC_000019.8における46521446番目の塩基、46526339番目の塩基、46552136番目の塩基及び46556349番目の塩基は、TGFB1遺伝子に存在している。TGFB1遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座19q13.1に位置することが知られている遺伝子である。
【0061】
組み合わせfにおいて、アクセッション番号「NC_000009.10」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における115189788番目及び115192811番目の塩基を同定する。
【0062】
ゲノムDNA配列NC_000009.10の115189788番目の塩基について、当該115189788番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号14に示す。
【0063】
(配列番号14)
GCTGTATTCCCAGGACCCAGCACTGAACCTAGGAACAGAGCAGAGATTCTCAAAAAGTATCTCCTGAATAAAAAGTGTTTGTGGTGGTGGCACCTCTAGCAGTCAGGAACTCCCTCTTTG
「C/T」
CTCTGAGTTTTGATCCTCAGGCAGTATTTATGCTGGTTAATGAGTAATTCTTCTCTGGGTTTATGGTTCAGAGTAGAATAGGAGACCTCAGGCAGCCTGGCAACCTCTGGCCTCGTGGGA
【0064】
配列番号14の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号14の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000009.10の115189788番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0065】
ゲノムDNA配列NC_000009.10の115192811番目の塩基について、当該115192811番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号15に示す。
【0066】
(配列番号15)
CACCTGCCTTGGCATACGCCAATGCCACCTCAGCCAGCCGCTGGCGGCTCTCCTCAGCCCGGAATGCTCCGTTTTCACTCAGGAGCCCTTCAGGACAGATGACTGGGTTTTGGGGAGCAC
「C/G」
TTGGGCCCTGGCCTGTCCCCACCCTGTTGAGAAGTGGGCAGTAGGAGTGTGGGTGGCAGCAGGGCTGGTGGGAGGGAGGGAACTCACCGCAGTGACCATGGGAGGTGTAGGGACACAGGC
【0067】
配列番号15の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号15の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000009.10の115192811番目の塩基に該当する。「C/G」とは、当該位置における塩基がC又はGであることを意味する。
【0068】
ゲノムDNA配列NC_000009.10における115189788番目の塩基及び115192811番目の塩基は、ALAD遺伝子に存在している。ALAD遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座9q33.1に位置することが知られている遺伝子である。
【0069】
組み合わせgにおいて、アクセッション番号「NC_000001.9」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における216582933番目、216609934番目、216635452番目、216655820番目、216663084番目及び216671332番目の塩基を同定する。
【0070】
ゲノムDNA配列NC_000001.9の216582933番目の塩基について、当該216582933番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号16に示す。
【0071】
(配列番号16)
AGAGACCCCGGCACATAAGACCTCCATTAAATATAGAGATGAAAAGGCATTATAAGAGCCATTTAATAGAAGAAATGATTCATTTACGGTTACCAGGGAGACAGCTCTAGCAATCTTGCC
「G/T」
GTTAGGTCTTCAAAGAACTGATCATTTGAGAGGTGGAAAGGGGCTCCTCCTCTCCTGCTATACTCACTTACTGCACTTACCCATTCCAGAAGCTTTTACCAATACCTCCCGTCTTACCCT
【0072】
配列番号16の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号16の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000001.9の216582933番目の塩基に該当する。「G/T」とは、当該位置における塩基がG又はTであることを意味する。
【0073】
ゲノムDNA配列NC_000001.9の216609934番目の塩基について、当該216609934番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号17に示す。
【0074】
(配列番号17)
TGAAATGAGGTCATAAGCCAGAGAATTTGTAAAACTATGTCTCTTATCAGTCAAAAAGAATTTCTGTGGGACTGAAGTTTGCTTTCTAATTCTTAAGCTTTGAACAGGAAGACTTTACAC
「G/T」
GGGATGTTGGTGTTATTTCTTCATCCATCTGTACAAGAAACATGAGTTGAGCCTACTGTGTGCCAGGTGATAGGTGTAAGAAAACTGCATAGATCCTGTCCTCAGGGAGCCTGCACTTAG
【0075】
配列番号17の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号17の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000001.9の216609934番目の塩基に該当する。「G/T」とは、当該位置における塩基がG又はTであることを意味する。
【0076】
ゲノムDNA配列NC_000001.9の216635452番目の塩基について、当該216635452番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号18に示す。
【0077】
(配列番号18)
CTTATCTCTAGTGGAGGAGGAGCTGCTGCCTTGTTATTTTATTTGTATTTTGTTGCCACCACGCTCCATTGCATGTGTTGGTGTTTCTGCCTGGCGTGGTAGTCATACCTTCAACTCAGG
「A/G」
CTCCTTTGCACAGAAGGCAGGATATTATACTGAAAAGCTTTGGATTCAAAGGCTAGCCTCACTTCGACTTTAGCCCAAAGTTATTTTACTTTCCTCACTCTTGATTTATTTTCTTTTCTT
【0078】
配列番号18の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号18の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000001.9の216635452番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0079】
ゲノムDNA配列NC_000001.9の216655820番目の塩基について、当該216655820番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号19に示す。
【0080】
(配列番号19)
AGCATATCAGAGTGGGAAAGGAGGAGACCTTTGCAGCCAGTCAGCCCTTTCTCTGAACCTCAGTTTTTCATCTGAAACTGGAGATAACATTTCTTGCCTAATGAGTTCCTGTGAGGAGAA
「C/T」
GCCTAGGTTAAGTGTCTGGCACACAAGATGCGGAAGGAGTAGGTTACTGTCAGGATTTTTCTTGTCATCTTGAACATGGTTCATATTTCCCCTAAGGTTGGCTTGTGATTCTAAAACCAC
【0081】
配列番号19の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号19の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000001.9の216655820番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0082】
ゲノムDNA配列NC_000001.9の216663084番目の塩基について、当該216663084番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号20に示す。
【0083】
(配列番号20)
CTTTGAATGAGGGTAAAAGGCTCCTCCAAAGCCAATGAAAGCCTTCCAGAGTATGGATGTGGGAGTGATGTGTTGGAGAATCATTTGTTCCTGCTGTAGGTAAGCCAAGAAATGCTCACA
「A/G」
GAGTGTGTTCTCTGTGCCTGTCTGCCTGAGAGAAAATCTTGGTCTTTAATAACACGGTTTTGACCTAGAGAGTCAGATTTCTCCAAAATTAATCAATGAATATGTATTCTACCAGTGTCA
【0084】
配列番号20の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号20の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000001.9の216663084番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0085】
ゲノムDNA配列NC_000001.9の216671332番目の塩基について、当該216671332番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号21に示す。
【0086】
(配列番号21)
AGTGCTCTGTGGTTGAGGAAGCTCTTATCGTAGTTCTCCTAGTAGGATTTAAAAGAGAAAAAGCTTCAGAGTCTCTTTGCTGCTCTTTGGACTCTTTCCAAGTAAGATAATCTAAATGTA
「C/T」
TCCTTTTCTATAAGGTGGAAGATTTATATAGATTTGGCATTATGTGTCTTTTCTGCTTATTTGGTCGATATGGCCATAATTTTTAAAAATTCTGTGTCTTTAGTGAAACTGGACATATAT
【0087】
配列番号21の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号21の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000001.9の216671332番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0088】
ゲノムDNA配列NC_000001.9における216582933番目の塩基、216609934番目の塩基、216635452番目の塩基、216655820番目の塩基、216663084番目の塩基及び216671332番目の塩基は、TGFB2遺伝子に存在している。TGFB2遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座1q41に位置することが知られている遺伝子である。
【0089】
組み合わせhにおいて、アクセッション番号「NC_000017.9」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における7401241番目及び7403693番目の塩基を同定する。
【0090】
ゲノムDNA配列NC_000017.9の7401241番目の塩基について、当該7401241番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号22に示す。
【0091】
(配列番号22)
CCTGTTGTCCCCACCCCAGGTGCACTTTGATGAGGGGAAGGCTGTCTACCTGAAGCTGGACTTGCTGGTGGATGGTGTGCTGGCCCTGCGCTGCCTGGAGGAATTCTCAGCCACTGCGGC
「C/G」
AGTTCCCTCGGGCCCCAGCTCCGCCTCTGCCAGGTGTCTGGTCTGTTGGCCCTGCGGCCAGGGTCCTCCCTGCGGATCCGCACCCTCCCCTGGGCCCATCTCAAGGCTGCCCCCTTCCTC
【0092】
配列番号22の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号22の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000017.9の7401241番目の塩基に該当する。「C/G」とは、当該位置における塩基がC又はGであることを意味する。
【0093】
ゲノムDNA配列NC_000017.9の7403693番目の塩基について、当該7403693番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号23に示す。
【0094】
(配列番号23)
TGAGGCATCTCGGGGGCAGGGGAGGGCTGGGAAGGCAGGCTGGCTGGGACCCTCGCATCTTAACCTAACCTTGACCCTCTTTCCATGAGCAGAGTTCCGATGCCCTGGAAGCCTGGGAGA
「A/G」
TGGGGAGAGATCCCGGAAAAGGAGAGCAGTGCTCACCCAAAAACAGAAGAGTGAGGCTTCCAGGGTGCAGCAGGGGTGGGAGGTGATCAAGCAGCGTGGGGATTGTAAGCCCGAGTCAGG
【0095】
配列番号23の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号23の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000017.9の7403693番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0096】
ゲノムDNA配列NC_000017.9における7401241番目の塩基及び7403693番目の塩基は、TNFSF13遺伝子に存在している。TNFSF13遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座17p13.1に位置することが知られている遺伝子である。
【0097】
組み合わせiにおいて、アクセッション番号「NC_000019.8」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における55573981番目及び55613084番目の塩基を同定する。
【0098】
ゲノムDNA配列NC_000019.8の55573981番目の塩基について、当該55573981番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号24に示す。
【0099】
(配列番号24)
TCACGGTACTGCCCCCTCCACAACCTTGAGTGTGACGGTCCCAATGGGGTAGAGCCAGCTGGGCCATCACCCAGGGTGTGGGAGAATGAGGCTCCAGAGGGCAGGGGCTTTGGGAAGAGG
「A/G」
TCCCCCAGGGTGCAGGCTTGGCCTCAAGGTGGCCACCCAGACTTAGGCTCACAAAGACCTGGGAGTGACCCTGGTCTCCTGTGTCCCAGCCCTGGCCCCTGGGCGCAGACCCCCAGTCCC
【0100】
配列番号24の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号24の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000019.8の55573981番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0101】
ゲノムDNA配列NC_000019.8の55613084番目の塩基について、当該55613084番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号25に示す。
【0102】
(配列番号25)
ACCAGGAGCAGCTCCTGCGGCGCTTCGGACCCCCTGGACCTGAGGCCTGGTGACCTTGCAAGCATCCCATGGGGCGGGGGCGGGACCAGGGAGAATTAATAAAGTTCTGGACTTTTGCTA
「C/T」
ATGGTGCTTTGTGGTCTCTGGGGGACACTGTCTGGTTTCATAAGCCCTGGCCTTGGCTGGGACCCTCCTGAGGCCCGCACCGCCCCTCATCCTCAGCAAAAGCCCCCGGACTCCCACCTG
【0103】
配列番号25の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号25の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000019.8の55613084番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0104】
ゲノムDNA配列NC_000019.8における55573981番目の塩基及び55613084番目の塩基は、POLD1遺伝子に存在している。POLD1遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座19q13.3に位置することが知られている遺伝子である。
【0105】
組み合わせjにおいて、アクセッション番号「NC_000005.8」としてGenBankに登録されているゲノムDNA配列における159779450番目、159781045番目及び159784323番目の塩基を同定する。
【0106】
ゲノムDNA配列NC_000005.8の159779450番目の塩基について、当該159779450番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号26に示す。
【0107】
(配列番号26)
GTAGAATTTCTTGTGATTTTTTTTTTTCTTTGTGCTTTCTATTCTGGTTGTTCTCCCCCTCCCCCCCATAACGTGTATCCTTTTTGAATGTAAAAGTAAAAGTAGCTACCATTCCTGCCT
「C/T」
AATAAAATAGCCCAACATAATAGAATCTATTTTTTTCGTATTAAGAATTTGCAATACCTGGAGTTTAGGAACATAAATATTAATTTTGCTTTTACAGGGCAGTAGATGAAGAAACAGTGT
【0108】
配列番号26の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号26の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000005.8の159779450番目の塩基に該当する。「C/T」とは、当該位置における塩基がC又はTであることを意味する。
【0109】
ゲノムDNA配列NC_000005.8の159781045番目の塩基について、当該159781045番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号27に示す。
【0110】
(配列番号27)
GTCCTAAGATTAGGGAACGATCAGTTCGTTCTTAATCATAAGCATAAGAGAATGACTCAAACGCTGCTGTTTGATCTACCTGTACTTACATTTCTTCTTAATTTTAAATTCTTCTCTGCT
「A/C」
GTATTCTTTAGACCCAACATTGGTTGTTTCCCCTATTTCTTCAATATTTCTATTTATTTTCCATCCTTTTTACAGGGTCATCTAAATAAAAATATCTTAAAGCAATAAACCATTGTTATT
【0111】
配列番号27の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号27の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000005.8の159781045番目の塩基に該当する。「A/C」とは、当該位置における塩基がA又はCであることを意味する。
【0112】
ゲノムDNA配列NC_000005.8の159784323番目の塩基について、当該159784323番目の塩基とその前後240bpの塩基配列を以下の配列番号28に示す。
【0113】
(配列番号28)
TGGACAGTCTTTCTCACAAGGCTTTTAGAAGTGAGCTTTATGTCAAGTTGAGCAATGCCTGAGAGTAATTTGGTAGGATTATTTCTTTGGTTTGAAAAATCTACATAAGACAGTGAAGAC
「A/G」
TGTTTTTCAAATTTCTTCAACCTGCTACATGTATCTGAAGTATTTTCTGTTTTGGAAACAGCTTTTCAAGCTTTAATTTACTCAACCATTTCAGGAGAAGCTACTGTGTGTCAGGCATCC
【0114】
配列番号28の配列において「」で囲まれた塩基(配列番号28の121番目の塩基)が、ゲノムDNA配列NC_000005.8の159784323番目の塩基に該当する。「A/G」とは、当該位置における塩基がA又はGであることを意味する。
【0115】
ゲノムDNA配列NC_000005.8における159779450番目の塩基、159781045番目の塩基及び159784323番目の塩基は、PTTG1遺伝子に存在している。PTTG1遺伝子は、ヒト染色体上の遺伝子座5q35.1に位置することが知られている遺伝子である。
【0116】
表1中、例えば、組み合わせaについては、ゲノムDNA配列NC_000007.12の7239965番目及び7249542番目に存在する塩基の種類を同定する。
【0117】
本発明において、前記の組み合わせa~jの1つについて同定すれば発症予測を行うことができるが、予測精度をより高める点で1以上の組み合わせを同定することが好ましい。
【0118】
これらの組み合わせの中では、発症予測の正確性の点で、組み合わせa(C1GALT1遺伝子)、組み合わせb(TGFBR2遺伝子)、組み合わせc(TGFBI遺伝子)及び組み合わせd(CD44遺伝子)が好ましく、組み合わせa(C1GALT1遺伝子)が特に好ましい。
【0119】
塩基を同定する手法としては、ゲノムDNA配列の特定部位における塩基の種類を正確に同定することができるものであれば当該技術分野で一般的に用いられているものを特に制限なく使用することができる。具体例としては、プライマー伸長に基づく手法、ハイブリダイゼーションに基づく手法、DNAの切断に基づく手法やライゲーションに基づく手法等があげられる。
【0120】
プライマー伸長に基づく手法としては、例えば、1塩基プライマー伸長法(Syvanen, A.C. et al., Genomics, 8, 684-692(1990))や、これを用いたMALDI-TOF/MS法(Ross, P., et al. Nat Biotechnol, 16, 1347-1351(1998);Buetow, K.H. et al., Proc Natl Acad Sci USA, 98, 581-584(2001);SNP遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、106~117頁)のほか、アレル特異的プライマーエクステンション法(Uggozzoli, L. et al., Genet Anal Tech Appl, 9, 107-112(1992))、APEX法(in the arrayed primer extension, Shumaker, J.M. et al., Hum Mutat, 7, 346-354(1996))等があげられる。これらの中は、MALDI-TOF/MS法は、簡易かつ大量のサンプルの処理を同時に行うことができるので好ましい。
プライマー伸長に基づく手法の具体例としては、MassARRAY system (Sequenom社)があげられる。
【0121】
ハイブリダイゼーションに基づく手法としては、例えば、TaqMan PCR法(Livak, K.J. et al., PCR Methods Appl., 4, 357-362(1995);SNP遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、94-105頁)や、アレル特異的オリゴヌクレオチド(ASO:Allele Specific Oligonucleotide)ハイブリダイゼーション法(Baner, J. et al., Nucleic Acids Res, 26, 5073-5078(1998))等があげられる。
【0122】
DNAの切断に基づく手法としては、例えば、Invader法(Lyamichev, V. et al., Nat Biotechnol, 17,292-296(1999);SNP遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、94~105頁)があげられる。
【0123】
ライゲーションに基づく手法としては、例えば、RCA(rolling circle amplification)法(Lizardi, P.M et al., Nat Genet, 19, 225-232(1998);Magnus J., TECHNOLOGY DEVELOPMENT FOR GENOME AND POLYMORPHISM ANALYSIS, 23-24(2003), Karolinska University Press, Stockholm, Sweden;SNP遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、118~127頁)があげられる。
【0124】
その他、PCR-SSCP(single-strand conformation polymorphism;一本鎖高次構造多型)法(Genomics, 12, 139-146(1992);Oncogene, 6, 1313-1318(1991);PCR Methods Appl, 4, 275-282(1995))、制限酵素断片長多型(RFLP:Restriction Fragment Length Polymorphism)を利用した方法やPCR-RFLP法等があげられる。
【0125】
工程(3)
本工程では、工程(2)で得られた塩基情報に基づいて、乳癌患者の放射線治療による晩期副作用の発症の危険性を予測する。
放射線治療は、一般的には、外科手術後に乳房組織に対して行う術後放射線治療であるが、術前放射線治療や、病状の緩和を目的とする放射線治療も本発明の対象とすることができる。
放射線の種類としてはX線、γ線、重粒子線、β線、α線、中性子線等があげられる。X線、γ線及び重粒子線が好ましい。
線量は、患者の状態に応じて適宜決定されるものであるが、一般的には50Gyである。
晩期副作用とは、放射線治療施行後3ヶ月経過後以降に発症する副作用をいう。副作用の具体的な症状としては、皮膚障害、白血球減少や全身疲労等があげられる。本発明は皮膚障害の発症をより正確に予測することができる。
皮膚障害とは、放射性皮膚炎や脱毛等があげられる。本発明は、放射性皮膚炎の発症をより正確に予測することができる。
乳癌患者の放射線治療による晩期副作用の発症の判定は、RTOG/EORTC遅発性放射線反応システム(RTOG/EORTC: Radiation Therapy Oncology Group and European Organization for Research and Treatment of Cancer)にしたがって行うことができる。
【0126】
副作用発症の予測は、具体的には下記の工程により行う。
工程(2)で同定した塩基の組み合わせが表1のa、b、c、d、e、g、h又はjである場合、同定された塩基の組み合わせが下記表2に示す塩基の組み合わせに該当するか否かを判定する。該当する場合は、乳癌の放射線治療による晩期副作用の発症の危険性が高いと予測する。





【0127】
【表2】
JP0005476536B2_000006t.gif
表中の塩基の表示につき、Aはアデニン、Tはチミン、Gはグアニン、Cはシトシンを意味する。
【0128】
例えば、組み合わせaについて工程(2)を実施した場合、ゲノムDNA配列NC_000007.12の7239965番目に存在する塩基がAであり、かつ、同配列の7249542番目に存在する塩基がTである場合、副作用の発症の危険性が高いと予測する。
なお、工程(2)で同定したゲノムDNAサンプルが組み合わせdであるときは、「ゲノムDNA配列NC_000011.8の35145821番目に存在する塩基がTであり、35155484番目に存在する塩基がTであり、かつ、35207894番目に存在する塩基がTである」場合、又は、「ゲノムDNA配列NC_000011.8の35145821番目に存在する塩基がCであり、35155484番目に存在する塩基がTであり、かつ、35207894番目に存在する塩基がCである」場合のいずれかに該当した場合、副作用の発症の危険性が高いと予測する。
【0129】
ここで、「晩期副作用の発症の危険性が高い」とは、ゲノムDNAサンプルが由来する被験者が晩期副作用を発症する危険性が、乳癌患者で最も出現頻度が高い塩基種の組み合わせ(後述の表4~表13の最上段の塩基の組合せ)を有する患者と比較して統計学的に高い場合をいう。
【0130】
工程(2)で同定した塩基の組み合わせが表1のf、g又はiである場合、同定された塩基の組み合わせが下記表3に示す塩基の組み合わせに該当するか否かを判定する。該当する場合は、乳癌の放射線治療による晩期副作用の発症の危険性が低い(「副作用を発症しにくい」又は「副作用発症に抵抗性がある」と解することもできる)と予測する。
【0131】
【表3】
JP0005476536B2_000007t.gif
表中の塩基の表示は表2と同じ。
【0132】
ここで、「晩期副作用の発症の危険性が低い」とは、ゲノムDNAサンプルが由来する被験者が晩期副作用を発症する危険性が、乳癌患者で最も出現頻度が高い塩基種の組み合わせ(後述の表4~表13の最上段の塩基の組み合わせ)を有する患者と比較して統計学的に低い場合をいう。
【0133】
本発明にしたがい得られた晩期副作用発症に関する予測結果は、期待される治療効果等と勘案することにより、乳癌患者における放射線治療の適否についての最終的判断、ひいては当該患者に最適な治療方法の策定に資することができる。
【0134】
(実施例)
次に、実施例により本発明の効果を具体的に説明するが、本発明は実施例に限定されるものではない。
【0135】
本実施例では、乳癌患者に対して、表1に示す複数の特定部位(SNP部位)における塩基種の組み合わせと放射線治療後の晩期副作用発症との関係を統計学的に評価した。本実施例は、当該評価に関するインフォームド・コンセントを取得した397名の放射線治療を受けたヒト乳癌患者(女性)より採取したゲノムDNAサンプルを用いて行った。
はじめに診療データの解析を行い、放射線治療施行後8ヶ月を経過した後6ヶ月以内に発症した放射性皮膚炎の有無を指標として放射線治療による晩期副作用発症について2群(発症ありと発症なし)に分類した。放射性皮膚炎の判定はRTOG/EORTC遅発性放射線反応システムに基づいて行った。
各群の患者について、表1に示す組み合わせa~jの塩基種を同定した。
DNAサンプルの調製は常法に基づいて行った。
塩基の同定は、質量分析法に基づく手法、具体的にはMassARRAY system (Sequenom社)により行った。

各組み合わせについての結果を、それぞれ表4~表13に示す。
【0136】
【表4】
JP0005476536B2_000008t.gif

【0137】
【表5】
JP0005476536B2_000009t.gif







【0138】
【表6】
JP0005476536B2_000010t.gif

【0139】
【表7】
JP0005476536B2_000011t.gif















【0140】
【表8】
JP0005476536B2_000012t.gif

【0141】
【表9】
JP0005476536B2_000013t.gif















【0142】
【表10】
JP0005476536B2_000014t.gif

【0143】
【表11】
JP0005476536B2_000015t.gif


【0144】
【表12】
JP0005476536B2_000016t.gif

【0145】
【表13】
JP0005476536B2_000017t.gif

【0146】
表4~表13中のA欄からF欄は、以下の内容を示す。
A欄:副作用発症予測の指標となるゲノム配列における特定部位(SNP部位)の塩基の組み合わせを示す。
例えば表4において「A-C」とは、ゲノムDNA配列NC_000007.12における7239965番目の塩基がAであり、かつ、7249542番目の塩基がCであることを示す。例えば、表10において「G-G-A-C-G-T」とは、ゲノムDNA配列NC_000001.9における216582933番目の塩基がGであり、216609934番目の塩基がGであり、216635452番目の塩基がAであり、216655820番目の塩基がCであり、216663084番目の塩基がGであり、かつ、216671332番目の塩基がTであることを示す。
【0147】
B欄:副作用を発症しなかった患者における各塩基の組み合わせの割合(%)を示す。割合とは、副作用を発症しなかった患者の染色体の総数(ヒトは同一染色体を2本有しているので総染色体数は患者数の2倍となる)に対する、該当する塩基の組み合わせを有する染色体数の割合をいう。
例えば、表4では、副作用を発症しなかった患者が有する染色体の総数を100%としたとき、組み合わせ「A-C」を有する染色体の割合が73%、組み合わせ「A-T」を有する染色体の割合が20%、組み合わせ「G-C」を有する染色体の割合が7%であることを意味する。
【0148】
C欄:副作用を発症した患者における各塩基の組み合わせの割合(%)を示す。割合とは、副作用を発症した患者の染色体の総数に対する、該当する塩基の組み合わせを有する染色数の割合をいう。
例えば、表4では、副作用を発症した患者が有する染色体の総数を100%としたとき、組み合わせ「A-C」を有する染色体の割合が62%、組み合わせ「A-T」を有する染色体の割合が34%、組み合わせ「G-C」を有する染色体の割合が4%であることを意味する。
【0149】
D欄:permutation法によるp値を示す。p値が0.05以下である場合、それらには有意な差があるとして評価することができる。
【0150】
E欄:オッズ比を表す。オッズ比は、要因を有する場合(指標となる塩基の組み合わせより、副作用を発症する危険性が高いと判定される場合)に副作用を発症する危険性を、要因を有さない場合(指標となる塩基の組み合わせより、副作用を発症する危険性が低いと判定される場合)に副作用を発症する危険性で除算した値である。オッズ比は、その値が高いほど副作用を発症する危険性が高いことを示す。一方、オッズ比が低いほど、副作用を発症する危険性が低いことを示す。本実施例では、各表の最上段の塩基の組み合わせを基準として、他の組み合わせのオッズ比を算出している。例えば、表4では、塩基の組み合わせ「A-C」を基準としている。
【0151】
F欄:95%信頼区間を示す。表中には、比較の基準としているため(各遺伝子について最上段の塩基種の組み合わせのデータ)、塩基の組み合わせの割合が「0」であるため(遺伝子TGFB2の塩基の組み合わせ「T-G-G-C-G-T」のデータ)、95%信頼区間が求めることができないデータもある(各表において「-」で示す)。
【0152】
表4~表8、表10、表11及び表13より、表14に示す塩基の組み合わせのいずれかを有する乳癌患者は、オッズ比が基準となる塩基の組み合わせ(各表の最上段の塩基の組み合わせ)よりも有意に高く、放射線治療後に副作用を発症する危険性が他の組み合わせを有する患者よりも高いことが理解される。なお、組み合わせg(表10)の塩基種の組み合わせ「T-G-G-C-G-T」についてオッズ比を計算していないのは、当該組み合わせを有する非発症者が存在しなかったためである。しかし、p値は0.05以下であるので、当該組み合わせによる副作用発症に有意な差があると理解される。















【0153】
【表14】
JP0005476536B2_000018t.gif

【0154】
また、表9、表10及び表12より、表15に示す塩基の組み合わせのいずれかを有する乳癌患者は、オッズ比が基準となる塩基の組み合わせ(各表の最上段の塩基の組み合わせ)よりも有意に低く、放射線治療後に副作用を発症する危険性が他の組み合わせを有する患者よりも低いことが理解される。



【0155】
【表15】
JP0005476536B2_000019t.gif

【産業上の利用可能性】
【0156】
本発明は、乳癌の放射線治療施行前に晩期副作用の発症を予測することができる。したがって、本発明は、個々の乳癌患者に最適な治療方法の策定に利用することができる。
〔配列表〕
SEQUENCE LISTING

<110> National Institute of Radiological Sciences
<120> Method for predicting risk of late adverse effect caused by
radiotherapy for breast cancer

<130> Y1O-0697

<140> JP 2007-260213
<141> 2007-10-03

<160> 28

<170> PatentIn version 3.4

<210> 1
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 1
gggcatgggt gtgttcaaat aaaactctat ttacaaaaac aggtagcagg ccaggtttgg 60

tccatgggtc ctcaaactgt gctgacccta gtcctccaca agctacaagt gtttttttac 120

rtttataaag gattgtttaa gaagaagatg caacagaaac cacatgagac ccaaaaagcc 180

aaaaatattt tatttctagt tctttacaga aagggtttgc taacttttgg gttggagaag 240

g 241


<210> 2
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 2
agagaatatt gtttcattta aaaatacttt ccacagtttc acttggtttc accaatttca 60

attggtttta aatcattagg atgtctaagt aaactattga tttcttccac aggtctagta 120

yattaggttc ctctgcttta ccttgccatc tttaatgttt gtattctttt aaaattagct 180

ggtcctttat aagtatgtaa atattgtagc tagcaatgtg ctgtttatta acaatacctg 240

t 241


<210> 3
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 3
gtgtaaattt tgtgatgtga gattttccac ctgtgacaac cagaaatcct gcatgagcaa 60

ctgcagcatc acctccatct gtgagaagcc acaggaagtc tgtgtggctg tatggtaagc 120

ragcctttta agaagttatt ctttcttttc ccctttttac ataatgtatt ctcatagtac 180

acacagtcag tgtatctctg tctcctaaat gtaaacacct gttccatttc cctttccttt 240

a 241


<210> 4
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 4
agcacagctg ccaccagcac aaacccccca ccaccctttc cacatggaac tggctggcct 60

gcagcagcag gcactcagtc agcacatgtt aaatgcacag gcacttttgg accctgcttg 120

mactcactat agcaacaagg tcagcaggcc accttgcctt ccgcggagcc caccaactca 180

tggtgccctt tggatctctt tcccgctaca gggcatccag atggtgtgtg agacgttgac 240

t 241


<210> 5
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 5
gctgtccgcg cgattcccag cactcctctt acagcatctc acctcagtgt atgttccttg 60

cctccagtgc agttgaacct cagtcctgcc tctcctcatg tgtgcattca cctttcttgg 120

ygctctctcc ccatgggcca agttctacca tgagttatga aacattatgg agaaaacatg 180

tctttggaaa tgtgagccag aaagcccacc agtgcccctc agtcacggtt gttatgaatg 240

a 241


<210> 6
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 6
tgcttcatct ttagcaggtg actccaccct ctaacccttc tggggaggaa gtttcatgct 60

tggagggttt ttccccattc ccaggatcct aattctatta gaagaaagtc tgagatttgg 120

ragtagcaga gacagagggg aaagacttat gattaaatgt cctcatttgg gcggaaatga 180

gtttttgagt gaacagatgg aaaactactc tcttctcctg tcagtggggc gggtgagtcc 240

c 241


<210> 7
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 7
ataaacactg taaaaataaa aaatttggag agcttaccag tgcttctggc tgcccaagtg 60

gtttgtgtgt ggttgactcc caggagctca atcactttgg gtgcagtcca cccagagagc 120

yatgttccag ctacatcaac ctggagcctt agcttggtca gtctagattt ttgggtttgg 180

ctgcagacat ctcgtaatgt cacaaggaca gcctgtgtcc ttggtgaccc aaccctgggc 240

c 241


<210> 8
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 8
gaaagttatt aagctatatt atattaagat atattatttt tgggagccct gagagggctc 60

ctaccagtta ttctagagct gcatagagcc ttcctcaaac tatggctcca agcaagataa 120

wcacaacaag caaggacttt attttttgaa tttccaatgg ccttgcggta agcggtgcac 180

aagaagagca agccacggtg gcaatcacag tgaattgttg tggttcgatt tgttttcact 240

a 241


<210> 9
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 9
tgatcgccaa cctttccccc accagctaag gacatttccc agggttaata gggcctggtc 60

cctgggagga aatttgaatg ggtccatttt gcccttccat agcctaatcc ctgggcattg 120

ytttccactg aggttggggg ttggggtgta ctagttacac atcttcaaca gaccccctct 180

agaaattttt cagatgcttc tgggagacac ccaaagggtg aagctattta tctgtagtaa 240

a 241


<210> 10
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 10
cttgagtgta gagggagggg ggactctacc cttctcagcc ccaccagccc ccctctgccc 60

aaccacaatt ttcccttcct ccgccttcct ctccctctcc tgtttacact ccccaaatgc 120

rcacaggctg ttatcatggg tcctgagtca tcccacacac agcctgcccc agcgtccctg 180

cccccagctg gccgcagggc ccgccccatg gagccccctg ccgccctggg ctaatgggag 240

c 241


<210> 11
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 11
ggctccgagg ctgggtggtg tttacgtgat gggctgacac tttctctatt tgtatctgtg 60

tatatgtggg ctgcagctgc tgccaaatga cacagcccat gtgttacggg ccctgcagga 120

rtctctgtgt gtccacggcg gctctgagag gtgaatattt gtgtagtgtg gggcaccgtc 180

cgtgtttccc gccgtgtgag tgtgtctgca tgtgtacacg caccacatcc tcatagggct 240

g 241


<210> 12
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 12
aggaggggga cccagaacgg aaggagagtc aggctgggaa acaaggtagg agaagagggt 60

ctgtcaacat gggggcctcc ggagggtgtc agtgggagga gggggcaaca ggacacctga 120

rggatggaag ggtcaggagg cagacacctg taagaattgc tctcctttac tgagcacctc 180

ccatgtggct aagcagcctc ctgtcactca acaccctgcg accccataca tttactgtcc 240

c 241


<210> 13
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 13
cttcctctcc catgataacc cactaatcca ttaacccatt aatccatgaa tgggtaatga 60

gcatagtgag cacgggataa gtcttcaata tcattttatt acgattctca ccccatattt 120

wcaagcctag tccaaggatt aagatggggc caagggtacc ctccaggagc gcatcctgaa 180

acacacataa caatttcgat cctactgagg ggtgataatg atagctaaaa tgcactgagt 240

g 241


<210> 14
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 14
gctgtattcc caggacccag cactgaacct aggaacagag cagagattct caaaaagtat 60

ctcctgaata aaaagtgttt gtggtggtgg cacctctagc agtcaggaac tccctctttg 120

yctctgagtt ttgatcctca ggcagtattt atgctggtta atgagtaatt cttctctggg 180

tttatggttc agagtagaat aggagacctc aggcagcctg gcaacctctg gcctcgtggg 240

a 241


<210> 15
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 15
cacctgcctt ggcatacgcc aatgccacct cagccagccg ctggcggctc tcctcagccc 60

ggaatgctcc gttttcactc aggagccctt caggacagat gactgggttt tggggagcac 120

sttgggccct ggcctgtccc caccctgttg agaagtgggc agtaggagtg tgggtggcag 180

cagggctggt gggagggagg gaactcaccg cagtgaccat gggaggtgta gggacacagg 240

c 241


<210> 16
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 16
agagaccccg gcacataaga cctccattaa atatagagat gaaaaggcat tataagagcc 60

atttaataga agaaatgatt catttacggt taccagggag acagctctag caatcttgcc 120

kgttaggtct tcaaagaact gatcatttga gaggtggaaa ggggctcctc ctctcctgct 180

atactcactt actgcactta cccattccag aagcttttac caatacctcc cgtcttaccc 240

t 241


<210> 17
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 17
tgaaatgagg tcataagcca gagaatttgt aaaactatgt ctcttatcag tcaaaaagaa 60

tttctgtggg actgaagttt gctttctaat tcttaagctt tgaacaggaa gactttacac 120

kgggatgttg gtgttatttc ttcatccatc tgtacaagaa acatgagttg agcctactgt 180

gtgccaggtg ataggtgtaa gaaaactgca tagatcctgt cctcagggag cctgcactta 240

g 241


<210> 18
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 18
cttatctcta gtggaggagg agctgctgcc ttgttatttt atttgtattt tgttgccacc 60

acgctccatt gcatgtgttg gtgtttctgc ctggcgtggt agtcatacct tcaactcagg 120

rctcctttgc acagaaggca ggatattata ctgaaaagct ttggattcaa aggctagcct 180

cacttcgact ttagcccaaa gttattttac tttcctcact cttgatttat tttcttttct 240

t 241


<210> 19
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 19
agcatatcag agtgggaaag gaggagacct ttgcagccag tcagcccttt ctctgaacct 60

cagtttttca tctgaaactg gagataacat ttcttgccta atgagttcct gtgaggagaa 120

ygcctaggtt aagtgtctgg cacacaagat gcggaaggag taggttactg tcaggatttt 180

tcttgtcatc ttgaacatgg ttcatatttc ccctaaggtt ggcttgtgat tctaaaacca 240

c 241


<210> 20
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 20
ctttgaatga gggtaaaagg ctcctccaaa gccaatgaaa gccttccaga gtatggatgt 60

gggagtgatg tgttggagaa tcatttgttc ctgctgtagg taagccaaga aatgctcaca 120

rgagtgtgtt ctctgtgcct gtctgcctga gagaaaatct tggtctttaa taacacggtt 180

ttgacctaga gagtcagatt tctccaaaat taatcaatga atatgtattc taccagtgtc 240

a 241


<210> 21
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 21
agtgctctgt ggttgaggaa gctcttatcg tagttctcct agtaggattt aaaagagaaa 60

aagcttcaga gtctctttgc tgctctttgg actctttcca agtaagataa tctaaatgta 120

ytccttttct ataaggtgga agatttatat agatttggca ttatgtgtct tttctgctta 180

tttggtcgat atggccataa tttttaaaaa ttctgtgtct ttagtgaaac tggacatata 240

t 241


<210> 22
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 22
cctgttgtcc ccaccccagg tgcactttga tgaggggaag gctgtctacc tgaagctgga 60

cttgctggtg gatggtgtgc tggccctgcg ctgcctggag gaattctcag ccactgcggc 120

sagttccctc gggccccagc tccgcctctg ccaggtgtct ggtctgttgg ccctgcggcc 180

agggtcctcc ctgcggatcc gcaccctccc ctgggcccat ctcaaggctg cccccttcct 240

c 241


<210> 23
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 23
tgaggcatct cgggggcagg ggagggctgg gaaggcaggc tggctgggac cctcgcatct 60

taacctaacc ttgaccctct ttccatgagc agagttccga tgccctggaa gcctgggaga 120

rtggggagag atcccggaaa aggagagcag tgctcaccca aaaacagaag agtgaggctt 180

ccagggtgca gcaggggtgg gaggtgatca agcagcgtgg ggattgtaag cccgagtcag 240

g 241


<210> 24
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 24
tcacggtact gccccctcca caaccttgag tgtgacggtc ccaatggggt agagccagct 60

gggccatcac ccagggtgtg ggagaatgag gctccagagg gcaggggctt tgggaagagg 120

rtcccccagg gtgcaggctt ggcctcaagg tggccaccca gacttaggct cacaaagacc 180

tgggagtgac cctggtctcc tgtgtcccag ccctggcccc tgggcgcaga cccccagtcc 240

c 241


<210> 25
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 25
accaggagca gctcctgcgg cgcttcggac cccctggacc tgaggcctgg tgaccttgca 60

agcatcccat ggggcggggg cgggaccagg gagaattaat aaagttctgg acttttgcta 120

yatggtgctt tgtggtctct gggggacact gtctggtttc ataagccctg gccttggctg 180

ggaccctcct gaggcccgca ccgcccctca tcctcagcaa aagcccccgg actcccacct 240

g 241


<210> 26
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 26
gtagaatttc ttgtgatttt tttttttctt tgtgctttct attctggttg ttctccccct 60

cccccccata acgtgtatcc tttttgaatg taaaagtaaa agtagctacc attcctgcct 120

yaataaaata gcccaacata atagaatcta tttttttcgt attaagaatt tgcaatacct 180

ggagtttagg aacataaata ttaattttgc ttttacaggg cagtagatga agaaacagtg 240

t 241


<210> 27
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 27
gtcctaagat tagggaacga tcagttcgtt cttaatcata agcataagag aatgactcaa 60

acgctgctgt ttgatctacc tgtacttaca tttcttctta attttaaatt cttctctgct 120

mgtattcttt agacccaaca ttggttgttt cccctatttc ttcaatattt ctatttattt 180

tccatccttt ttacagggtc atctaaataa aaatatctta aagcaataaa ccattgttat 240

t 241


<210> 28
<211> 241
<212> DNA
<213> human

<400> 28
tggacagtct ttctcacaag gcttttagaa gtgagcttta tgtcaagttg agcaatgcct 60

gagagtaatt tggtaggatt atttctttgg tttgaaaaat ctacataaga cagtgaagac 120

rtgtttttca aatttcttca acctgctaca tgtatctgaa gtattttctg ttttggaaac 180

agcttttcaa gctttaattt actcaaccat ttcaggagaa gctactgtgt gtcaggcatc 240

c 241