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イグサ品種「ひのみどり」の識別マーカー

国内特許コード P05A007536
整理番号 植物バイオ-195
掲載日 2005年9月21日
出願番号 特願2003-408330
公開番号 特開2005-168309
登録番号 特許第4441638号
出願日 平成15年12月5日(2003.12.5)
公開日 平成17年6月30日(2005.6.30)
登録日 平成22年1月22日(2010.1.22)
発明者
  • 齋藤 彰
  • 土門 英司
出願人
  • 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
発明の名称 イグサ品種「ひのみどり」の識別マーカー
発明の概要

【課題】 イグサの品種識別に利用し得るDNAマーカーを同定し、イグサ産業における品種識別の判断材料を提供すること。
【解決手段】 イグサ由来の特定の塩基配列に存在する多型を判別するためのプライマーが提供される。さらに、イグサの品種識別に利用し得るDNAマーカーを用いるキットもまた提供され、ゲノムDNAの特定位置の塩基配列の相違を判別するために用いられるPCRプライマー、または多型を判別するためのプライマーを備える。
【選択図】 なし

従来技術、競合技術の概要


イグサは主に栄養繁殖で増殖・栽培されており、これまで育成された品種は、栄養系品種である。



従来、イグサの品種特性は茎長(草丈)、茎の太さ、幹茎色(茎の色)、茎数(一株あたりの茎の数)花序着生率(着花の頻度)、先枯程度(先端部分の枯れの程度)など産業上の品質に関わる特徴で表されてきた。しかし、これらの特性は量的形質であって、生育環境の変化に応じてそれらの形質も変化するため、一定の栽培環境における品種の特徴を説明することはできても、確実に品種を識別するマーカーとしては利用できなかった。このため、いったん入手経路が不確実になるとどの品種であるのか断定することは困難であった。その結果、いくつかの品種が混ざって製品の均一性が失われたり、あるいは優良品種の盗難、不法栽培を防止・規制することができなかった。



近年の分子生物学的技術の適用に関しては、九州農業試験場と熊本県農業研究センターい業研究所が平成9~10年に「RAPD法によるイグサ品種識別」について共同研究を行った。しかし、DNA多型率が極めて低い結果となり、実用的な品種識別マーカーは全く得られなかった。このため、イグサの品種を識別することは極めて困難であった。

産業上の利用分野


本発明は、イグサ品種識別に関し、より詳細には、イグサ主要栽培品種のうち、最も優良な品質を持ち産業価値の高い品種「ひのみどり」と他の品種を識別するためのDNAマーカーおよび該マーカーを標的としてイグサ主要栽培品種から品種「ひのみどり」を識別する方法に関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
イグサ「ひのみどり」の識別マーカーとしての配列番号1の333~334位の使用。

【請求項2】
配列番号1に示される塩基配列に存在する多型を判別するためのプライマーであって、
プライマーが、少なくとも17ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドであり、該オリゴヌクレオチドの配列は、配列番号1の333~334位に対応する領域を含む配列番号1に示す塩基配列またはその対応鎖の一部であって、
但し、プライマーは、該配列番号1の333~334位に対応する領域においてAAまたはTTの塩基配列を含み、ここで該AAまたはTTの塩基配列は、プライマーの3’末端に位置する、プライマー。

【請求項3】
少なくとも20ヌクレオチドである、請求項2に記載のプライマー。

【請求項4】
配列番号6のオリゴヌクレオチドである、プライマー。

【請求項5】
配列番号1に示される塩基配列に存在する多型を判別するためのプライマー対であって、プライマーの各々は、独立して、少なくとも17ヌクレオチドの連続する配列を含むオリゴヌクレオチドであり、鋳型となる二本鎖ポリヌクレオチドの一方の鎖が配列番号1に示され、ここで少なくとも17ヌクレオチドの連続する配列の一方は、配列番号1に示す塩基配列における配列番号1の333~334位に示す塩基配列より5’側にある領域の配列の対応する対応鎖にハイブリダイズし得、かつ少なくとも17ヌクレオチドの連続する配列の他方は、該配列番号1に示す塩基配列に対応する対応鎖の塩基配列における配列番号1の333~334位に示す塩基配列に対応する塩基配列より5’側にある領域の配列に対応する対応鎖にハイブリダイズし得、それによって配列番号1に示す塩基配列の一部であって配列番号1の333~334位に示す塩基配列を含む領域の増幅を可能にする、プライマー対。

【請求項6】
各々のプライマーが少なくとも20ヌクレオチドである、請求項5に記載のプライマー対。

【請求項7】
配列番号4のオリゴヌクレオチドであるプライマーと配列番号5のオリゴヌクレオチドであるプライマーとからなる、プライマー対。

【請求項8】
配列番号1に示される塩基配列に存在する多型を判別するためのプライマーであって、
配列番号1に示す塩基配列の対応鎖の一部であって、配列番号1の333~334位の3’側に隣接する領域に特異的にハイブリダイズし得るか、または
配列番号1に示す塩基配列の一部であって、配列番号1の対応鎖における配列番号1の333~334位に対応する部位の3’側に隣接する領域に特異的にハイブリダイズし得、そして
プライマーは少なくとも17ヌクレオチドである、プライマー。

【請求項9】
少なくとも20ヌクレオチドである、請求項8に記載のプライマー。

【請求項10】
前記プライマーの融解温度が34℃~80℃である、請求項1からのいずれかに記載のプライマーまたはプライマー対

【請求項11】
イグサまたはイグサ製品が品種「ひのみどり」であるか否かを識別する方法であって、
品種識別を行うことを望むイグサまたはイグサ製品において、配列番号1の333~334位に示すゲノムDNAの塩基配列または該塩基配列に対応するDNAの塩基配列の相違を検出することによって、配列番号1に示される塩基配列に存在する多型を判別する工程
を包含する、方法。

【請求項12】
前記配列番号1の333~334位に示すゲノムDNAの塩基配列または該塩基配列に対応するDNAの塩基配列の相違の検出が、下記工程を包含する、請求項11に記載の方法:
(a)請求項2~4のうちのいずれか1つに記載のプライマーと、少なくとも1つの別のプライマーであって、該配列番号1に示すゲノムDNAの塩基配列または該塩基配列に対応するDNAの塩基配列にハイブリダイズするプライマーとを用いて、イグサの試料DNAを増幅させる工程;および
(b)該増幅産物を検出する工程。

【請求項13】
前記配列番号1の333~334位に示すゲノムDNAの塩基配列または塩基配列に対応する対応鎖の塩基配列の相違の検出が、下記工程を包含する、請求項11に記載の方法:
(a)請求項5~7のうちのいずれか1つに記載のプライマー対を用いて、イグサの試料DNAを増幅させる工程;
(b)該増幅産物を検出する工程;および
(c)該増幅産物の塩基配列を決定する工程。

【請求項14】
前記増幅産物の塩基配列を決定する工程(c)が、前記増幅産物を請求項8または9に記載のプライマーとハイブリダイズさせ、該プライマーの3’側に標識アデニンまたは標識グアニンを取り込ませてプライマー伸長反応を行う工程、および該標識アデニンまたは標識グアニンの取り込みを検出する工程を包含する、請求項13に記載の方法。

【請求項15】
イグサまたはイグサ製品から試料DNAを抽出する工程をさらに包含する、請求項12から14のいずれか一項に記載の方法。

【請求項16】
イグサまたはイグサ製品が品種「ひのみどり」であるか否かを識別するためのキットであって、請求項2~4のうちのいずれか1つに記載のプライマーを備える、キット。

【請求項17】
該配列番号1に示すゲノムDNAの塩基配列または該塩基配列に対応するDNAの塩基配列にハイブリダイズする少なくとも1つの別のプライマーをさらに備える、請求項16に記載のキット。

【請求項18】
イグサまたはイグサ製品が品種「ひのみどり」であるか否かを識別するためのキットであって、請求項5~7のうちのいずれか1つに記載のプライマー対を備える、キット。

【請求項19】
請求項8または9に記載のプライマーをさらに備える、請求項18に記載のキット。
産業区分
  • 微生物工業
  • 治療衛生
  • 試験、検査
国際特許分類(IPC)
Fターム
画像

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出願権利状態 権利存続中


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