TOP > 国内特許検索 > ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニット

ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニット コモンズ

国内特許コード P05P002333
整理番号 A251P40
掲載日 2005年9月22日
出願番号 特願2004-049312
公開番号 特開2005-239605
登録番号 特許第4628686号
出願日 平成16年2月25日(2004.2.25)
公開日 平成17年9月8日(2005.9.8)
登録日 平成22年11月19日(2010.11.19)
発明者
  • 関根 光雄
  • 清尾 康志
  • 大窪 章寛
出願人
  • 国立研究開発法人科学技術振興機構
発明の名称 ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニット コモンズ
発明の概要
【課題】DNAの鎖長伸長反応と全く同一の条件で、任意の塩基を含む3’末端ヌクレオシドを固相上の水酸基に結合する方法を提供すること。
【解決手段】以下の一般式(I)で示される化合物である、ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニット:
(N)-O-(R1)Si(R2)-(C)-(CH)n-O-P(OR3)N(R4)(R5) (I)
(式中、(N)は任意のヌクレオシド又はその誘導体であり、R1、R2R、4及びR5はアルキル基又はアリール基であり、R3はリン酸基の保護基であり、nは1~5の整数である)、該化合物である3’末端ヌクレオシドユニットが導入されている固相担体、及び、該固相担体を用いる、核酸オリゴマーの合成方法。
【選択図】図1
従来技術、競合技術の概要


従来のDNA合成では、3’末端ヌクレオシドの固相への導入は3’末端ヌクレオシドにサクシネートリンカーやシリル系のリンカーを使って、固相上のアミノ基とアミド結合を構築することによってなされていた。



例えば、中性条件で切り出しができるシリルリンカーとして、本発明者の一人である関根が開発した安息香酸型化合物であるiP2Si-C6H4-C(O)- 型のものが知られていた(非特許文献1)。しかし、このようなシリルリンカーを用いる場合にはアシル化反応によって固相担体のアミノ基に導入されるために、3’末端ヌクレオシドがdA,dC及びdGの場合にはそれら塩基に含まれるアミノ基をDMTr等の適切な保護基で予め保護する必要があった。



又、dCの塩基部にあるDMTr保護基は比較的安定なために、5%トリフルオロ酢酸―CH2Cl2溶液で30分間処理しないと完全に脱保護することが出来なかった。ところが、このような強い酸性条件においては、シリルリンカーとシリルリンカーと合成されたDNAオリゴマー間のSiO結合が開裂してしまう可能性がある。



【非特許文献1】
Wada, T.; Mochizuki, A.; Sato, T.; Seike, M., Tetrahedron Letters, 1998, 39, 5593-5596

産業上の利用分野


本発明は、本発明者が開発した塩基部無保護ホスホロアミダイト法で有利に使用することが出来る、ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニットに関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
以下の一般式(I)で示される化合物である、ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニット:
(N)-O-(R1)Si(R2)-(C)-(CH)n-O-P(OR3)N(R4)(R5) (I)
(式中、(N)は任意のヌクレオシド又はその誘導体であり、R1、R2、R4及びR5は、アルキル基、又はアリール基であり、R3は2-シアノエチル基、4-ニトロフェニルエチル基、N-(トリフロオロアセチル)アミノブチル基、又は、4-[N-メチルーN-(2,2,2、-トリフルオロアセチル)アミノ]ブチル基からなるリン酸基の保護基であり、nは1~5の整数である)

【請求項2】
R1及びR2が炭素原子数が1~5を有するアルキル基である、請求項1記載の化合物。

【請求項3】
R1及びR2のアリール基が、アルキル基、ニトロ基、シアノ基、ハロゲノ基、又はメトキシ基で置換されている、請求項1記載の化合物。

【請求項4】
リン酸基の保護基が2-シアノエチル基である、請求項3記載の化合物。

【請求項5】
R4及びR5は炭素数1~4のアルキル基、ベンジル基、フェニル基、又はナフチル基である、請求項1~4のいずれか一項に記載の化合物。

【請求項6】
R4及びR5はイソプロピル基である、請求項5記載の化合物。

【請求項7】
ベンゼン環骨格が置換基を有する、請求項1~6のいずれか一項に記載の化合物。

【請求項8】
ベンゼン環骨格の置換基が炭素原子数が1~4を有するアルキル基、ハロゲノ基、ニトロ基、シアノ基、又はメトキシ基から成る群から選択される、請求項7記載の化合物。

【請求項9】
5’-[O-(4,4’-ジメトキシトリチル)], 3’-O-[4-O-(2-シアノエチル N,N-ジイソプロピルホスホロアミダイト)ベンジル-ジイソプロピルシリル] チミジンである請求項1記載の化合物。

【請求項10】
5’-O-(4,4’-ジメトキシトリチル), 3’-O-[4-O-(2-シアノエチル N,N-ジイソプロピルホスホロアミダイト)ベンジル-ジイソプロピルシリル] 2’-デオキシアデノシンである請求項1記載の化合物。

【請求項11】
請求項1~10のいずれか一項に記載された化合物である3’末端ヌクレオシドユニットが導入されている固相担体。

【請求項12】
3’末端ヌクレオシドユニットが20-30μmol/gの割合で導入されている、請求項11記載の固相担体。

【請求項13】
HCP固相担体である、請求項11又は12記載の固相担体。

【請求項14】
請求項11、12又は13に記載の固相担体を用いる、核酸オリゴマーの合成方法。

【請求項15】
アルコール型化合物、又はアルコール型化合物及び酸触媒の混合物を活性化剤として使用するホスホロアミダイト法である、請求項14記載の合成方法。
国際特許分類(IPC)
Fターム
画像

※ 画像をクリックすると拡大します。

JP2004049312thum.jpg
出願権利状態 登録
参考情報 (研究プロジェクト等) CREST 医療に向けた化学・生物系分子を利用したバイオ素子・システムの創製 領域
ライセンスをご希望の方、特許の内容に興味を持たれた方は、問合せボタンを押してください。


PAGE TOP

close
close
close
close
close
close
close