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RNA選択的ハイブリダイズ試薬及びその利用

国内特許コード P110004622
整理番号 K027P09
掲載日 2011年7月25日
出願番号 特願2010-502852
登録番号 特許第5201639号
出願日 平成21年3月11日(2009.3.11)
登録日 平成25年2月22日(2013.2.22)
国際出願番号 JP2009054675
国際公開番号 WO2009113580
国際出願日 平成21年3月11日(2009.3.11)
国際公開日 平成21年9月17日(2009.9.17)
優先権データ
  • 特願2008-061751 (2008.3.11) JP
発明者
  • 上野 義仁
  • 北出 幸夫
出願人
  • 国立研究開発法人科学技術振興機構
発明の名称 RNA選択的ハイブリダイズ試薬及びその利用
発明の概要 【課題】、RNAに対して高い親和性を有するヌクレオシド誘導体を提供する。

【解決手段】以下の式(1)及び式(2)のいずれかで表されるヌクレオシド誘導体を用いる。
【化18】



(ただし、式(1)及び式(2)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、R1は、水素原子又は水酸基保護基を表し、R2は、水素原子又はホスホジエステル基を表す。)
【選択図】なし
従来技術、競合技術の概要


遺伝子発現産物につき、種々の解析手法が知られている。例えば、in situ ハイブリダイゼーション、蛍光共鳴エネルギー移動、蛍光偏光の解消等を利用した方法等が挙げられる。これらの各種解析手法において特定の塩基配列を検出するためのプローブやプライマーなどが用いられるが、解析の目的によりプローブ等に求められる特性は相違する。



これまで特定の塩基配列を検出するためのプローブ等につき、種々の修飾や改変がなされたヌクレオシド誘導体が開発されてきている。例えば、ペプチド核酸(PNA)やブリッジ型核酸(BNA)が挙げられる。さらに、糖部開環型のヌクレオチド誘導体も各種報告されている(非特許文献1~7)。また、塩基における環拡張型の修飾も試みられている(非特許文献8、9)



【非特許文献1】
P.E.Nielsen, M.Egholm, R.H.Berg, O.Buchardt, Science, 254, 497 (1991).
【非特許文献2】
S.Obika, D.Nanbu, Y.Hari, J.Andoh, K.Morio, T.Doi, T.Imanishi, Tetrahedron Lett., 39, 5401 (1998).
【非特許文献3】
K.C.Schneider, S.A.Benner, J. Am. Chem. Soc., 112, 453 (1990).
【非特許文献4】
K.Augustyns, A.V.Aerschot, A.V.Schepdael, C.Urbanke, P.Herdewijn, Nucleic Acids Res., 19, 2589 (1991).
【非特許文献5】
M.Azymah, C.Chavis, M.Lucas, F.Morvan, J.-L.Imbach, Nucleosides & Nucleotides, 11, 1241 (1992).
【非特許文献6】
P.Nielsen, F.Kirpekar, J.Wengel, Nucleic Acids Res., 22, 703 (1994).
【非特許文献7】
L.Zang, A.Peritz, E.Meggers, J. Am. Chem. Soc., 127, 4174 (2005).
【非特許文献8】
N.Minakawa, N.Kojima, S.Hikishima, T.Sasaki, A.Kiyosue, N.Atsumi, Y.Ueno, A.Matsuda, J. Am. Chem. Soc., 125, 9970 (2003).
【非特許文献9】
H.Liu, J.Gao, L.Maynard, Y.D.Saito, E.T.Kool, J. Am. Chem. Soc., 126, 1102 (2004).

産業上の利用分野


本発明は、RNAに対して高い選択性でハイブリダイズするハイブリダイズ試薬及びその用途に関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
以下の式(5)及び式(6)のいずれかで表される、1種又は2種以上のヌクレオチド誘導体単位を備える、RNAハイブリダイズ試薬。
【化15】


(ただし、式(5)及び式(6)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、X1は、O、S又はSeを表し、X2は、SH(若しくはS)、S又はSe、炭素数1~4個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。)

【請求項2】
前記ヌクレオチド誘導体単位は、式(5)で表され、前記Zは窒素原子ある、請求項に記載のRNAハイブリダイズ試薬。

【請求項3】
前記ヌクレオチド誘導体単位を末端に備える、請求項1又は2に記載のハイブリダイズ試薬。

【請求項4】
ステム-ループ構造を形成可能な塩基配列を有し、前記ループに前記ヌクレオチド誘導体単位を備える、請求項1~3のいずれか一項に記載のハイブリダイズ試薬。

【請求項5】
RNA上の変異を検出するためのプローブセットであって、
以下の式(5)及び式(6)のいずれかで表される1種又は2種以上のヌクレオチド誘導体単位を前記変異部位に相当する5’末端又は3’末端に備える第1のプローブと、
前記変異部位において存在可能性のある塩基に相補的な塩基を有するデオキシヌクレオチドを前記変異部位に相当する3’末端又は5’末端に備える1種又は2種以上の第2のプローブと、
を含むプローブセット。
【化16】


(ただし、式(5)及び式(6)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、X1は、O、S又はSeを表し、X2は、SH(若しくはS)、S又はSe、炭素数1~4個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。)

【請求項6】
一塩基多型の検出方法であって、
以下のプローブセット:
以下の式(5)及び式(6)のいずれかで表されるヌクレオチド誘導体単位を前記一塩基多型部位に相当する5’末端又は3’末端に備える第1のプローブと、前記一塩基多型部位において存在可能性のある塩基に相補的な塩基を有するデオキシヌクレオチドを前記一塩基多型部位に相当する3’末端又は5’末端に備える1種又は2種以上の第2のプローブと、を含むプローブセット、
【化17】


(ただし、式(5)及び式(6)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、X1は、O、S又はSeを表し、X2は、SH(若しくはS)、S又はSe、炭素数1~4個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。)
から選択される1種の前記第1のプローブと1種の前記第2のプローブとを組み合わせて得られる1種又は2種以上の組み合わせで前記第1のプローブ及び前記第2のプローブと、前記一塩基多型を含む可能性のある遺伝子発現産物としてのRNA試料と、をハイブリダイゼーション可能に接触させる工程と、
前記RNA試料と前記第1のプローブと前記第2のプローブとのハイブリダイズ産物の前記第1のプローブに基づく蛍光シグナルを検出する工程と、
を備える、検出方法。
国際特許分類(IPC)
Fターム
画像

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JP2010502852thum.jpg
出願権利状態 登録
参考情報 (研究プロジェクト等) さきがけ RNAと生体機能 領域
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