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蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体及びその利用 コモンズ

国内特許コード P120006587
整理番号 NU-0437
掲載日 2012年2月1日
出願番号 特願2011-221332
公開番号 特開2013-078298
登録番号 特許第5920763号
出願日 平成23年10月5日(2011.10.5)
公開日 平成25年5月2日(2013.5.2)
登録日 平成28年4月22日(2016.4.22)
発明者
  • 浅沼 浩之
  • 樫田 啓
  • 近藤 展代
  • 大澤 卓矢
  • 赤羽 真理子
出願人
  • 国立大学法人名古屋大学
発明の名称 蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体及びその利用 コモンズ
発明の概要 【課題】標的核酸との非ハイブリダイズ時の消光状態及びハイブリダイズ時の発光状態を効果的に実現できる蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体を提供する。
【解決手段】蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体を、少なくともヌクレオチド又はその誘導体を第1のモノマー単位として備える一本鎖ポリマー鎖を備え、蛍光色素を備える第2のモノマー単位を3個以上前記ポリマー鎖中に備えるとともに、これらの第2のモノマー単位間には、少なくとも一つの前記第1のモノマー単位を備えるようにする。
【選択図】図1
従来技術、競合技術の概要


核酸の有する塩基が相補的な塩基と塩基対を形成することに基づくハイブリダイゼーションは、標的とする塩基配列(標的配列)を有する標的核酸を同定、検出、定量等などの広い用途に用いられている。標的とする塩基配列は、相補的な塩基配列を有するプローブとのハイブリダイゼーションによって二重鎖を形成する。こうした二重鎖を特異的に検出するためのプローブとして、いくつかの手法が試みられている。



一つはモレキュラービーコンである。モレキュラービーコンは、標的配列と相補的な一本鎖DNAのループと、このプローブを配列を挟むように設計された相補鎖のアームがアニールした二本鎖のステムと、から構成されている。ステムの末端には蛍光色素と蛍光色素を消光するクエンチャーとを備えるようにし、ステム形成時には、蛍光色素はクエンチャーにより消光されているが、標的核酸とプローブとがハイブリダイズすると、ステムがほどけて蛍光色素とクエンチャーとが分離して蛍光色素が発光して、ハイブリダイズした二重鎖を検出できる。



こうしたモレキュラービーコンとしては、ステムの両末端に蛍光色素を配してこれらが会合して消光し、標的核酸とのハイブリダイゼーションにより会合状態が解けて本来の蛍光を発するようになっている(特許文献1)。DNAプローブアレイ上における複数のプローブに配した蛍光色素を近接する他のプローブの蛍光色素と会合させてさらに、蛍光色素の自己会合による消光とその解消による発光とを利用したプローブを固定化したDNAプローブアレイも提案されている(特許文献2)。



さらに、DNAなどの一本鎖のチミンを介してチアゾールオレンジなどの2つの色素を導入することで、相補的塩基配列をハイブリダイゼーションしたときのみ色素由来の蛍光が発光するシステムも検討されている(特許文献3)。

産業上の利用分野


本発明は、蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体とその利用に関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体であって、
少なくともヌクレオチド又はその誘導体を第1のモノマー単位として備える一本鎖ポリマー鎖を備え、
蛍光色素を備える第2のモノマー単位を3個以上前記ポリマー鎖中に備えるとともに、
これらの第2のモノマー単位間には、2個以上4個以下の前記第1のモノマー単位を備える、
、オリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項2】
前記第2のモノマー単位は、少なくとも4個以上前記ポリマー鎖に備えられる、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項3】
前記第2のモノマー単位は、以下の式(1)で表される、請求項1又は2に記載のオリゴヌクレオチド誘導体
【化15】


(式中、Xは、蛍光色素を表し、R1は、炭素数が2又は3であって置換されていてもよいアルキレン鎖を表す。また、R2は、炭素数が0以上2以下であって置換されていてもよいアルキレン鎖を表し、Zは、直接の結合又は連結基を表す。A1は、オリゴヌクレオチド誘導体の5’側の水素原子、リン酸基、ホスホジエステル結合を介して連結されるヌクレオチド誘導体又はオリゴヌクレオチド誘導体を表し、B1は、オリゴヌクレオチド誘導体の3’側の水素原子、リン酸基、ホスホジエステル結合を介して連結されるヌクレオチド誘導体又はオリゴヌクレオチド誘導体を表す。)

【請求項4】
共鳴によるエネルギー移動を生じる2つの蛍光色素をそれぞれ有する2個以上の前記第2のモノマー単位を備える、請求項1~のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項5】
前記蛍光色素は、縮合環系色素である、請求項1~のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項6】
請求項1~のいずれかに記載の蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体が固相体に固定化された固定化体。

【請求項7】
標的核酸の検出方法であって、
請求項1~のいずれかに記載の蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体と標的核酸を含有する可能性のある核酸試料とを両者をハイブリダイズ可能に接触させるハイブリダイゼーション工程と、
前記蛍光色素を検出可能な条件下で前記ハイブリダイゼーション工程における前記蛍光標識オリゴヌクレオチド誘導体と前記標的核酸とのハイブリダイズ産物を検出しようとする検出工程と、
を備える、検出方法。
国際特許分類(IPC)
Fターム
画像

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出願権利状態 登録
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