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コフィン-シリス症候群の検出方法

国内特許コード P150012535
整理番号 (S2012-0262-N0)
掲載日 2015年11月19日
出願番号 特願2013-552406
登録番号 特許第6004287号
出願日 平成24年12月20日(2012.12.20)
登録日 平成28年9月16日(2016.9.16)
国際出願番号 JP2012083113
国際公開番号 WO2013103094
国際出願日 平成24年12月20日(2012.12.20)
国際公開日 平成25年7月11日(2013.7.11)
優先権データ
  • 特願2012-000136 (2012.1.4) JP
発明者
  • 松本 直通
  • 鶴▲崎▼ 美徳
  • 三宅 紀子
出願人
  • 公立大学法人横浜市立大学
発明の名称 コフィン-シリス症候群の検出方法
発明の概要 要約
コフィン-シリス症候群(Coffin-Siris syndrome; CSS)の遺伝子診断を可能にする新規な手段が開示されている。典型的なCSS症例5名の全エキソーム配列解析及びさらにCSS患者計23名を対象として行なったhigh-resolution melting等の解析により、クロマチン再構築因子の1種であるSWI/SNF(switching defective/sucrose nonfermenting)複合体のサブユニットをコードする複数の遺伝子にCSS病因変異が同定された。従って、SWI/SNF複合体サブユニットをコードする各遺伝子の変異を指標としてCSSを検出することができる。CSSは常染色体優性疾患であり、患者は変異をヘテロで有する。
従来技術、競合技術の概要


コフィン-シリス症候群 (Coffin-Siris syndrome、MIM%135900、以下「CSS」と略記することがある) は、発育不全、精神遅滞、小頭、特異な顔貌、手足の第5指の爪の無形成を特徴とするまれな先天的異常症候群である(非特許文献1)。症例の大半は孤発例であり、遺伝形式は常染色体優性遺伝である。遺伝的原因は解明されていない。



CSSの診断は複数の症候の組み合わせによって診断されるが、症候の現れ方には患者ごとに差異があり、診断は容易ではない。出生後からなんらかの遺伝子異常が疑われても、CSSとの診断が下るまでに数年以上かかってしまうことがある。

産業上の利用分野


本発明は、コフィン-シリス症候群の検出方法に関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
生体から分離された試料を用いて、対象生体がSWI/SNF複合体のサブユニットをコードする遺伝子の少なくとも1つに少なくとも1つの変異を有するか否かを調べることを含む、コフィン-シリス症候群の検出を補助する方法であって、前記少なくとも1つの変異は、ミスセンス変異、フレームシフト変異、インフレーム欠失及び挿入変異、スプライシング異常を生じる変異、遺伝子領域の全体を欠失する変異、並びに遺伝子領域の一部を欠失する変異からなる群より選択される少なくとも1つであり、前記サブユニット遺伝子の少なくともいずれか1つの遺伝子の少なくとも一方のアレルに前記少なくとも1つの変異がある場合にコフィン-シリス症候群が検出される、方法。

【請求項2】
SWI/SNF複合体がBAF(BRG1-associated factor)複合体であり、対象生体がSMARCB1、SMARCA4、SMARCA2、SMARCC1、SMARCC2、ARID1A、ARID1B、SMARCE1、SMARCD1、SMARCD2、SMARCD3、ACTL6A、及びACTL6Bから選択される少なくとも1つの遺伝子に少なくとも1つの変異を有するか否かを調べることを含む、請求項1記載の方法。

【請求項3】
ゲノムDNA試料を用いてゲノム配列を調べることにより行なわれる請求項1又は2記載の方法。

【請求項4】
前記少なくとも1つの変異は、遺伝子領域の全体を欠失する変異、及び少なくとも1つのエクソンの全体を含む領域が欠失する変異からなる群より選択される少なくとも1つである請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

【請求項5】
対象生体がSMARCB1、SMARCA4、SMARCE1、ARID1A、ARID1B及びSMARCA2から選択される少なくとも1つの遺伝子に変異を有するか否かを調べることを含む請求項1ないしのいずれか1項に記載の方法。

【請求項6】
前記少なくとも1つの変異が、下記(1)~(19)からなる群より選択される少なくとも1つである請求項記載の方法。
(1) SMARCB1遺伝子コード領域の第1091位~第1093位(配列番号20の第305位~第307位)の塩基が欠失する変異
(2) SMARCB1遺伝子コード領域の第1130位(配列番号21の第212位)のGがAになる変異
(3) SMARCA4遺伝子コード領域の第1636位~第1638位(配列番号29の第243位~第245位)の塩基が欠失する変異
(4) SMARCA4遺伝子コード領域の第2576位(配列番号35の第271位)のCがTになる変異
(5) SMARCA4遺伝子コード領域の第2653位(配列番号36の第237位)のCがTになる変異
(6) SMARCA4遺伝子コード領域の第2761位(配列番号36の第345位)のCがTになる変異
(7) SMARCA4遺伝子コード領域の第3032位(配列番号38の第259位)のTがCになる変異
(8) SMARCA4遺伝子コード領域の第3469位(配列番号42の第287位)のCがGになる変異
(9) SMARCE1遺伝子コード領域の第218位(配列番号53の第262位)のAがGになる変異
(10) ARID1A遺伝子コード領域の第31位~第56位(配列番号58の第419位~第444位)の塩基が欠失する変異
(11) ARID1A遺伝子コード領域の第2758位(配列番号65の第226位)のCがTになる変異
(12) ARID1A遺伝子コード領域の第4003位(配列番号68の第1417位)のCがTになる変異
(13) ARID1B遺伝子コード領域の第1678位~第1688位(配列番号71の第336位~第346位)の塩基が欠失する変異
(14) ARID1B遺伝子コード領域の第1903位(配列番号73の第327位)のCがTになる変異
(15) ARID1B遺伝子コード領域の第3304位(配列番号81の第369位)のCがTになる変異
(16) ARID1B遺伝子コード領域の第2144位(配列番号75の第307位)のCがTになる変異
(17) ARID1B遺伝子コード領域の第5632位(配列番号88の第807位)の塩基が欠失する変異
(18) ARID1B遺伝子領域が欠失する変異
(19) SMARCA2遺伝子のエクソン20~27を含む領域が欠失する変異

【請求項7】
SWI/SNF複合体によるクロマチンリモデリングの促進を指標として化合物を選択することを含む、コフィン-シリス症候群の症状緩和剤のスクリーニング方法。

【請求項8】
SWI/SNF複合体による転写調節の促進を指標として化合物を選択することを含む、コフィン-シリス症候群の症状緩和剤のスクリーニング方法。
国際特許分類(IPC)
Fターム
出願権利状態 登録
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