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ウイルスDNAの宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する方法及びその応用

国内特許コード P150012571
整理番号 (S2014-0171-N0)
掲載日 2015年11月20日
出願番号 特願2014-254873
公開番号 特開2015-133957
出願日 平成26年12月17日(2014.12.17)
公開日 平成27年7月27日(2015.7.27)
優先権データ
  • 特願2013-261438 (2013.12.18) JP
発明者
  • 伊東 文生
  • 渡邊 嘉行
出願人
  • 学校法人 聖マリアンナ医科大学
発明の名称 ウイルスDNAの宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する方法及びその応用
発明の概要 【課題】ウイルス関連疾患の診断に利用可能な技術の提供。
【解決手段】ウイルスの配列をもとに作製したプライマーをベイトに用いて、宿主ゲノムの断片化DNAをハイブリダイズさせ次世代シーケンス解析を行うことで、ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位を決定することが可能である。さらに、組み込み部位におけるメチル化頻度を測定し、メチル化頻度に基づいてウイルス関連疾患の発症又は重症化のリスクを評価することが可能である。
【選択図】なし
従来技術、競合技術の概要


B型肝炎ウイルス(HBV)は、世界中で20億人に感染し、そのうち4億人は慢性感染となり、活動性肝炎、肝硬変及び肝細胞癌(HCC)のリスクが高い。慢性肝疾患を伴うHBV感染者は、100倍高いHCC発症のリスクを有し、世界で3番目の癌死の原因となっている。HBV関連HCCケースの90%は、ヒトゲノムへのHBVのDNAの組み込みが認められる。ヒトパピローマウイルス(HPV)は、子宮頸癌及び尖圭コンジローマの原因ウイルスとして知られている。全世界で年間3億人に対する子宮頸部への感染が認められ、子宮頸癌患者のほぼ100%からHPVは検出される。子宮頸癌の発症についても、ヒトゲノムへのHPVのDNAの組み込みが原因であることが知られている。

産業上の利用分野


本発明は、ウイルスDNAの宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する方法及びその応用に関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する方法であって、
a)ウイルス核酸とハイブリダイズするプライマーからなるプライマーライブラリーを準備する工程であって、プライマーライブラリーはウイルスの全核酸領域をカバーするものであり、プライマーは標識されている、工程
b)宿主ゲノムを断片化する工程
c)宿主ゲノムの断片化DNAを増幅する工程
d)宿主ゲノムの断片化DNAとプライマーをハイブリダイズする工程
e)宿主ゲノムの断片化DNA及びプライマーのハイブリッドを回収する工程
f)回収したハイブリッドからプライマーを除去する工程
g)プライマーが除去された宿主ゲノムの断片化DNAの配列決定を行い、ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する工程
を含む方法。

【請求項2】
ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位に対応する、非組み込みアレルにおけるDNAメチル化頻度を測定する方法であって、
a)ウイルス核酸とハイブリダイズするプライマーからなるプライマーライブラリーを準備する工程であって、プライマーライブラリーはウイルスの全核酸領域をカバーするものであり、プライマーは標識されている、工程
b)宿主ゲノムを断片化する工程
c)宿主ゲノムの断片化DNAを増幅する工程
d)宿主ゲノムの断片化DNAとプライマーをハイブリダイズする工程
e)宿主ゲノムの断片化DNA及びプライマーのハイブリッドを回収する工程
f)回収したハイブリッドからプライマーを除去する工程
g)プライマーが除去された宿主ゲノムの断片化DNAの配列決定を行い、ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する工程
h)ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位に対応する、非組み込みアレルにおいてDNAメチル化頻度を測定する工程
を含む方法。

【請求項3】
ウイルスに感染した患者におけるウイルス関連疾患の発症又は重症化のリスクの指標を得る方法であって、
a)ウイルス核酸とハイブリダイズするプライマーからなるプライマーライブラリーを準備する工程であって、プライマーライブラリーはウイルスの全DNA領域をカバーするものであり、プライマーは標識されている、工程
b)患者のゲノムを断片化する工程
c)患者のゲノムの断片化DNAを増幅する工程
d)患者のゲノムの断片化DNAとプライマーをハイブリダイズする工程
e)患者のゲノムの断片化DNA及びプライマーのハイブリッドを回収する工程
f)回収したハイブリッドからプライマーを除去する工程
g)プライマーが除去された患者のゲノムの断片化DNAの配列決定を行い、ウイルス核酸の患者のゲノムへの組み込み部位を決定する工程
h)ウイルス核酸の患者のゲノムへの組み込み部位に対応する、非組み込みアレルにおいてDNAメチル化頻度を測定する工程
を含み、
DNAメチル化頻度をウイルス関連疾患の発症又は重症化のリスクの指標とする、
方法。

【請求項4】
ウイルス核酸とハイブリダイズするプライマーからなるプライマーライブラリーであって、プライマーライブラリーはウイルスの全核酸領域をカバーするものであり、プライマーは標識されている、プライマーライブラリー。

【請求項5】
請求項1~3のいずれか一項に記載の方法に使用するための、請求項4に記載のプライマーライブラリー。
国際特許分類(IPC)
Fターム
出願権利状態 公開
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