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光架橋核酸二重鎖の光架橋を光開裂させる方法

国内特許コード P160013196
整理番号 S2015-0115-N0
掲載日 2016年8月9日
出願番号 特願2014-224574
公開番号 特開2016-086724
出願日 平成26年11月4日(2014.11.4)
公開日 平成28年5月23日(2016.5.23)
発明者
  • 藤本 健造
  • 中村 重孝
出願人
  • 国立大学法人北陸先端科学技術大学院大学
発明の名称 光架橋核酸二重鎖の光架橋を光開裂させる方法
発明の概要 【課題】低温で長波長の光照射によって核酸二重鎖の鎖間の光架橋を高い効率で開裂させること。
【解決手段】核酸二重鎖内の鎖間に光応答性塩基によって形成された光架橋を有する、光架橋核酸二重鎖に対して、光照射して、光架橋を光開裂させる方法であって、光架橋核酸二重鎖は、光架橋性のビニル構造を有する光応答性塩基を有する光応答性修飾核酸の鎖と、該光応答性修飾核酸に対して相補的な配列を有する被光架橋性核酸の鎖とによって二重鎖形成され、光応答性修飾核酸の鎖と被光架橋性核酸の鎖とは、光応答性塩基によって光架橋され、光架橋核酸二重鎖は、二重鎖の末端に一重鎖部分を有しており、該末端の一重鎖部分を有する鎖の一重鎖部分と二重鎖部分に対して相補的な配列を有する挿入核酸の鎖を、光架橋核酸二重鎖と溶液中で接触可能に添加して、光照射する工程、を含む、方法。
【選択図】なし
従来技術、競合技術の概要


分子生物学的の分野において、核酸の連結と切断は、あらゆる応用の基礎となる重要な基本技術である。



光反応による核酸の連結の技術として、5-シアノビニルデオキシウリジンを使用した光連結技術(特許文献1:特許第3753938号、特許文献2:特許第3753942号)、3-ビニルカルバゾール構造を塩基部位に持つ修飾ヌクレオシド又はヌクレオシドアナログを使用した光架橋技術(特許文献3:特許第4814904号、特許文献4:特許第4940311号、特許文献5:国際公開WO2014/157565A1号公報)がある。これらの技術によって核酸二重鎖の鎖間に光架橋を形成することができる。この光架橋は、共有結合による架橋であり、化学的に安定であるが、光反応によって再び開裂することができる。

産業上の利用分野


本発明は、光架橋核酸二重鎖の光架橋を光開裂させる方法に関する。

特許請求の範囲 【請求項1】
核酸二重鎖内の鎖間に光応答性塩基によって形成された光架橋を有する、光架橋核酸二重鎖に対して、光照射して、光架橋を光開裂させる方法であって、
光架橋核酸二重鎖は、光架橋性のビニル構造を有する光応答性塩基を有する光応答性修飾核酸の鎖と、該光応答性修飾核酸に対して相補的な配列を有する被光架橋性核酸の鎖とによって二重鎖形成され、
光応答性修飾核酸の鎖と被光架橋性核酸の鎖とは、光応答性塩基によって光架橋され、
光架橋核酸二重鎖は、二重鎖の末端に一重鎖部分を有しており、
該末端の一重鎖部分を有する鎖の一重鎖部分と二重鎖部分に対して相補的な配列を有する挿入核酸の鎖を、光架橋核酸二重鎖と溶液中で接触可能に添加して、光照射する工程、
を含む、方法。

【請求項2】
光架橋性のビニル構造を有する光応答性塩基を有する光応答性修飾核酸が、次の式(I):
【化1】


(ただし、式I中、R11は、シアノ基、アミド基、カルボキシル基、C2~C7のアルコキシカルボニル基、又は水素であり、
R12及びR13は、それぞれ独立に、シアノ基、アミド基、カルボキシル基、C2~C7のアルコキシカルボニル基、又は水素であり、
R4は、水素を表し、
R5は、水酸基を表し、
R6は、水素又は水酸基である)
で表される修飾ヌクレオシドが、光架橋性のビニル構造を有する光応答性塩基として、リン酸ジエステル結合によって塩基配列中に導入されてなる修飾核酸であり、
光応答性塩基によって形成された光架橋が、
光応答性修飾核酸の塩基配列中の光架橋性のビニル構造を有する光応答性塩基と、
被光架橋性核酸の塩基配列中のT又はUとの間に形成された光架橋である、請求項1に記載の方法。

【請求項3】
末端の一重鎖部分を有する鎖が、光応答性修飾核酸の鎖、又は挿入核酸の鎖であり、
該末端の一重鎖部分が、光応答性修飾核酸の鎖の3’末端又は5’末端、または挿入核酸の鎖の3’末端又は5’末端である、請求項1~2のいずれかに記載の方法。

【請求項4】
光架橋核酸二重鎖の末端の一重鎖部分が、1~30塩基の塩基長である、請求項1~3のいずれかに記載の方法。

【請求項5】
末端の一重鎖部分を有する鎖の一重鎖部分と二重鎖部分に対して相補的な配列を有する挿入核酸の鎖が、一重鎖、又は一重鎖部分を有する二重鎖である、請求項1~4のいずれかに記載の方法。

【請求項6】
末端の一重鎖部分を有する鎖が、光応答性修飾核酸の鎖であり、
末端の一重鎖部分が、光応答性修飾核酸の鎖の3’末端又は5’末端であり、
挿入核酸の鎖が、光応答性修飾核酸に対して相補的な配列を有する一重鎖である、請求項1~5のいずれかに記載の方法。

【請求項7】
光照射が、312~400nmの範囲の波長の光照射によって行われる、請求項1~6のいずれかに記載の方法。

【請求項8】
光照射が、1~60℃の範囲の温度において行われる、請求項1~7のいずれかに記載の方法。

【請求項9】
光照射が、4~40℃の範囲の温度において行われる、請求項1~7のいずれかに記載の方法。

【請求項10】
請求項1~9のいずれかに記載の方法によって、
核酸二重鎖内の鎖間の光架橋を光開裂させて、光架橋されていない光応答性修飾核酸を、製造する方法。

【請求項11】
請求項1~9のいずれかに記載の方法によって、
核酸二重鎖内の鎖間の光架橋を光開裂させて、光架橋されていない被光架橋性核酸を、製造する方法。

【請求項12】
請求項1~9のいずれかに記載の挿入核酸からなる、光架橋核酸二重鎖用光開裂促進剤。

【請求項13】
請求項1~9のいずれかに記載の挿入核酸の、光架橋核酸二重鎖内光開裂促進のための使用。
国際特許分類(IPC)
Fターム
出願権利状態 公開
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