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NMRシグナル帰属支援システム

国内特許コード P03A000513
整理番号 U2001P152
掲載日 2003年8月28日
出願番号 特願2001-333904
公開番号 特開2003-139832
登録番号 特許第3607948号
出願日 平成13年10月31日(2001.10.31)
公開日 平成15年5月14日(2003.5.14)
登録日 平成16年10月22日(2004.10.22)
発明者
  • 稲垣 冬彦
  • 横地 政志
出願人
  • 国立大学法人 北海道大学
発明の名称 NMRシグナル帰属支援システム
発明の概要 NMRシグナルの正確な帰属を行うための支援システムを提供する。アミノ酸配列のファイルを読み込むことで、この帰属の処理を開始している(S102)。このときに、ログ・ファイルも作成する(S104)。このログ・ファイルには、例えばボンド・コネクティビティの確立(S118),クラスタ・タグの作成(S122),フラグメントの帰属(S126)等の帰属のための操作を行うごとに、その操作により発行されるコマンドを格納している。これにより、帰属の操作過程は、一連の操作コマンド列として、ログ・ファイルに書き込まれる。帰属を修正した場合でも、修正を含めて帰属過程の全てのログを残すことにより、帰属過程を再現することができる。
産業上の利用分野
本発明は、NMRによるタンパク質の立体構造の解析に関するものであり、特に、立体構造の解析に必要なNMRシグナルの帰属に対する支援システムに関するものである。
特許請求の範囲 【請求項1】少なくとも、アミノ酸配列、2次元スペクトル、複数の3次元スペクトルを用いて行うNMRシグナル帰属支援システムであって、
前記アミノ酸配列を記録しているアミノ酸配列記録手段及びタンパク質のスペクトルを記録しているスペクトル記録手段とを有し、
前記アミノ酸配列記録手段から、アミノ酸配列の読み込みを指示するアミノ酸配列読み込み指示入力手段と、
前記スペクトル記録手段から前記2次元及び3次元スペクトルの読み込みを指示するスペクトル読み込み指示入力手段と、
前記2次元スペクトルを表示する2次元スペクトル表示手段と、
前記2次元スペクトル表示手段に表示されたピークが指定されることで、対応する前記複数の3次元スペクトルを表示する3次元スペクトル表示手段と、
表示された前記2次元スペクトル又は前記3次元スペクトルを用いて前記ピークが帰属するボンド・コネクティビティを関連づけるボンド・コネクティビティの指示を入力するボンド・コネクティビティ指示入力手段と
前記ボンド・コネクティビティの原子型を指示する原子型指示入力手段と、
前記ボンド・コネクティビティの一意に連続したものをまとめてクラスタとし、アミノ酸配列の候補と前記作成されたクラスタとを、両者の関連性の確率を計算し、計算された確率により対応させて表示するクラスタ表示手段と、
表示された前記アミノ酸配列の候補と、前記クラスタの両者を関連づけるクラスタ帰属指示を入力するクラスタ帰属指示入力手段と、
前記クラスタに含まれないピークをフラグメントとして検出し、前記アミノ酸配列の候補と対応させて表示するフラグメント表示手段と、
表示された前記アミノ酸配列の候補と前記フラグメントの両者を関連づけるフラグメントの帰属の指示を入力するフラグメント帰属指示入力手段と、
前記入力された指示をコマンドとして、コマンド記録手段に帰属過程を記録するログ手段とを備え、
帰属の支援を行うとともに帰属過程を記録することを特徴とするNMRシグナル帰属支援システム。
【請求項2】請求項に記載のNMRシグナル帰属支援システムにおいて、
さらに、前記コマンド記録手段に記録したコマンドを再度実行することにより、帰属過程を再現可能とするコマンド実行手段を備えることを特徴とするNMRシグナル帰属支援システム。
【請求項3】請求項1又は2に記載のNMRシグナル帰属支援システムにおいて、
前記原子型指示入力手段は、予め設定したパターンを用いて自動的に原子型を帰属する自動帰属処理手段を含むことを特徴とするNMRシグナル帰属支援システム。
【請求項4】請求項1~3のいずれかに記載のNMRシグナル帰属支援システムにおいて、前記クラスタ表示手段は、前記アミノ酸配列の候補と前記作成されたクラスタとの関連性の確率を、化学シフトに依存した項とクラスタ両末端の化学シフトの同一性に関わる項から計算して表示することを特徴とするNMRシグナル帰属支援システム。
【請求項5】請求項に記載のNMRシグナル帰属支援システムにおいて、前記クラスタ表示手段は、前記アミノ酸配列の候補と前記作成されたクラスタとの帰属指示が行われると、確率を計算し直して表示することを特徴とするNMRシグナル帰属支援システム。
【請求項6】請求項1~5のいずれかに記載のNMRシグナル帰属支援システムの機能をコンピュータ・システムに実現させるプログラム。
【請求項7】請求項1~5のいずれかに記載のNMRシグナル帰属支援システムの機能をコンピュータ・システムに実現させるプログラムを記録した記録媒体。
産業区分
  • 測定
  • 計算機応用
国際特許分類(IPC)
Fターム
出願権利状態 権利存続中
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