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高速ゲノム解析システムRISAとRLGSの開発とその応用

研究報告コード R013000255
掲載日 2003年10月1日
研究者
  • 林崎 良英
研究者所属機関
  • 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
研究機関
  • 理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター
報告名称 高速ゲノム解析システムRISAとRLGSの開発とその応用
報告概要 制限酵素の認識サイトをランドマークとし,ゲノム上の2,000以上の座位を同時に検出するRLGS法(Restriction Landmark Genomic Scanning)を開発した。さらにこの手法を拡張し,メチル化感受性制限酵素を利用することによって,メチル化サイトを大量スクリーニングした。メチル化はGenomic Imprintingの主要なメカニズムであると考えられたため,結果として疾病に関与する数個のインプリント遺伝子の発見に成功した。ヒトにおいては新生児一過性糖尿病遺伝子や偽副甲状腺機能亢進症の遺伝子のポジショナル・キャンディデード・クローニングに成功した(図1)。
また,モデル動物として重要なマウスの遺伝子エンサイクロペディアを作成することを目標に,各成長段階・各組織で発現しているmRNAを収集した。一生のうちに発現するmRNAは何万種類にもなることが予想されたため,大規模解析に必須とされる一連の技術(完全長cDNAライブラリー作成技術,シーケンス検体高速調整法,高速塩基配列決定技術,配列データベース関連プログラム)を開発し,効率よく収集することに成功した。なかでもRISA(RIKEN Integrated Sequence Analysis System,図2)は,高速塩基配列決定技術から製品化されたものの一つである。これの新規開発技術を駆使し,これまでに収集したマウスの完全長cDNAクローンは6万種を超え,2002年末に追加データが公開された。
画像

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研究分野
  • 生物科学研究法一般
  • 遺伝学研究法
  • 遺伝的変異
  • 代謝異常・栄養性疾患一般
関連発表論文 (1)Okuizumi et al., Mammalian Genome, 8, 121, 1997
(2)Shibata et al., Genomics, 35, 248, 1996
(3)Plass et al., Nature Genetics, 14, 106-109, 1996
(4)Tateno et al., Cancer Research, 61, 1144, 2001
(5)Kamiya et al., Human Molecular Genetics, 9, 453, 2000
(6)Bonthron et al., PNAS, 95, 10038, 1998
(7)Carninci et al., DNA Research, 4, 61, 1997
(8)Carninci et al., Genomics, 37, 327, 1996
(9)Carninci et al., PNAS, 95, 520, 1998
(10)Carninci et al., Genome Research, 10, 1617, 2000
(11)Carninci et al., BioTechniques, 32, 984, 2002
(12)Carninci et al., Genomics, 77, 79, 2002
(13)Shibata et al., BioTechniques, 30, 1250, 2001
(14)Shibata et al., BioTechniques, 31, 1042, 2001
(15)Ito et al., Nucleic Acids Research, 25, 1315, 1997
(16)Ito et al., Genome Research, 9, 463, 1999
(17)Shibata et al., Genome Research, 10, 1757, 2000
(18)Sasaki et al., PNAS, 95, 3455, 1998
(19)Izawa et al., Journal of Biological Chemistry, 273, 14242, 1998
(20)Sasaki et al., Genomics, 49, 167, 1998
(21)Fukunishi et al., Physiological Genomics, 5, 81, 2001
(22)RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team et al., Nature, 409, 685, 2001
(23)International Human Genome Sequencing Consortium, Nature, 409, 860, 2001
(24)FANTOM consortium et al., Nature, 420, 563, 2002
(25)Mouse Genome Sequencing Consortium, Nature, 420, 520, 2002
研究制度
  • 戦略的基礎研究推進事業、生命活動のプログラム/研究代表者 林崎 良英(理化学研究所ゲノム科学総合研究センター)/科学技術振興事業団
研究報告資料
  • 林崎 良英. 高速ゲノム解析システムの開発と疾病遺伝子の単離 新生児一過性糖尿病とヒトインプリント遺伝子. 戦略的基礎研究推進事業 「生命活動のプログラム」 平成7年度 採択研究課題 終了シンポジウム 講演予稿集,2001. p.16 - 20.

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