TOP > 研究報告検索 > 蛋白質の表面形状と物性に基づく機能分類

蛋白質の表面形状と物性に基づく機能分類

研究報告コード R030000307
掲載日 2005年2月22日
研究者
  • 中村 春木
研究者所属機関
  • 大阪大学蛋白質研究所
研究機関
  • 大阪大学
報告名称 蛋白質の表面形状と物性に基づく機能分類
報告概要 現在、様々な生命体の遺伝子情報が明らかにされつつあり、その蓄積された膨大な情報の生命活動における意味を解析することが課題となっている。構造ゲノム科学では、解明したい遺伝子情報を、構造生物学の方式に従ってアミノ酸配列からその蛋白質立体構造として理解し、その立体構造に基づいて分子機能から個体の生命活動までを記述しようとする。ところが、蛋白質の構造型は異なるが、生化学的分子機能が類似しているものもあり、これに対する探索手法はまだ確立されていない。本研究では、蛋白質の立体構造と機能との関連を、分子表面の形状と物性の見地から分類・整理し、これを基にして各蛋白質の分子機能への関連付けを試みた。そのために、抗体分子の表面形状と物性(電位、疎水性、親水性など)の情報を含むデータベースeFsite(electrostatic-surface of Functional site)/antibody、および蛋白質のアミノ酸配列上のモチーフ・データベースを基に約千個の蛋白質の立体構造を対応させた分子表面に関するデータベースeFsite/prositeを作成し、また、幾何学的ハッシュ・アルゴリズムを用いて、eFsiteの表面図形を客観的に識別・分類を行なうための解析手法を開発した。
画像

※ 画像をクリックすると拡大します。

R030000307_01SUM.gif
研究分野
  • ドキュメンテーション
  • 分子構造
  • 生物学的機能
  • 遺伝子の構造と化学
  • 分子・遺伝情報処理
研究制度
  • 計算科学技術活用型特定研究開発推進事業 生命・生体分野
研究報告資料
  • 中村 春木. 蛋白質の表面形状と物性に基づく機能分類. 計算科学技術活用型 特定研究開発推進事業 研究報告会 ~進展する第三の科学技術~ 2000. p.40 - 41.

PAGE TOP