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プロテオーム配列空間からの正規構造の抽出

研究報告コード R030000313
掲載日 2005年2月22日
研究者
  • 芝 清隆
研究者所属機関
  • (財)癌研究会癌研究所
研究機関
  • (財)癌研究会癌研究所
報告名称 プロテオーム配列空間からの正規構造の抽出
報告概要 本研究は、プロテオーム正規構造としての繰り返し性の研究の一環として、ペプチドの一次構造レベルの繰り返し性を、進化的に関連のある蛋白質ファミリーに焦点を絞り解析するシステムを構築した。蛋白質ファミリーを形成するプロテオームを「パラログとしての縦軸」、「生物種としての横軸」の2つの座標軸から亜群に分類し、これらの亜群内でのペプチド繰り返しの特徴を抽出し、繰り返し性を求めることを意図した。ウェブ上での利用の利便性を目的として、JAVAによるプログラムの構築を進めた。最も古い起源を持つ酵素である「アミノアシルtRNA合成酵素」を研究の対象として選んだ。既にゲノムの全構造が解明されている22種の生物の同合成酵素配列のデータベースを構築し、その中から自由に亜群を作成できるようにした。作成された種々の亜群のデータセットの中から、「任意の長さ以上」のペプチド配列を「任意の回数(以上)」、1つの読み枠の中に持つものを「repetition」コマンドを用いて抽出できるようになった。
画像

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研究分野
  • ドキュメンテーション
  • 蛋白質・ペプチド一般
  • データベースシステム
  • 分子・遺伝情報処理
研究制度
  • 計算科学技術活用型特定研究開発推進事業 生命・生体分野
研究報告資料
  • 芝 清隆. プロテオーム配列空間からの正規構造の抽出. 計算科学技術活用型 特定研究開発推進事業 研究報告会 ~進展する第三の科学技術~ 2000. p.52 - 53.

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