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大規模並列処理技術を用いたタンパク質の構造解析システムの開発 分子シミュレーションの並列計算方式

研究報告コード R030000314
掲載日 2005年2月22日
研究者
  • 清水 謙多郎
研究者所属機関
  • 東京大学大学院農学生命科学研究科
研究機関
  • 東京大学
報告名称 大規模並列処理技術を用いたタンパク質の構造解析システムの開発 分子シミュレーションの並列計算方式
報告概要 本研究は、大規模並列処理により、膨大な計算量を要する分子シミュレーション計算を高速化・精密化するための手法及びそれを実現するシステムを開発することを意図した。具体例として、並列計算を基本ソフトウェアのレベルから支援するためのシステムParsleyの開発と、その上に実現した分子シミュレーションの並列プログラムの開発を行った。開発したプログラムを分子動力学シミュレーション(MD)に応用した。この結果、BPTI+水系(原子数1675)に対し、日立SR2201(プロセッサ数125台)上で、Parsley上のMDが、従来の空間分割法のMDに比べて3.49倍の性能向上を達成した。
画像

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研究分野
  • 演算方式
  • 計算機システム開発
  • 計算機シミュレーション
  • 分子・遺伝情報処理
研究制度
  • 計算科学技術活用型特定研究開発推進事業 生命・生体分野
研究報告資料
  • 清水 謙多郎. 大規模並列処理技術を用いたタンパク質の構造解析システムの開発 分子シミュレーションの並列計算方式. 計算科学技術活用型 特定研究開発推進事業 研究報告会 ~進展する第三の科学技術~ 2000. p.54 - 55.

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