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完全長cDNA間の共通ドメイン検索システムの開発

研究報告コード R030000363
掲載日 2005年2月22日
研究者
  • 松田 秀雄
研究者所属機関
  • 大阪大学大学院情報科学研究科
研究機関
  • 大阪大学
報告名称 完全長cDNA間の共通ドメイン検索システムの開発
報告概要 高等動物の遺伝子が有する多様なドメイン構造を計算科学技術により明らかにするため、タンパク質配列の間に共通して存在するドメイン(共通ドメイン)を検索するシステムである共通ドメイン検索システムの開発を行った。これには、理化学研究所のグループによって決定された約6万個という大量のマウス完全長cDNA配列を利用した。新規ドメイン候補として検索された共通ドメインの妥当性の評価では、そのドメインを持つ遺伝子の機能情報、遺伝子が発現している組織と時期の情報や、当該遺伝子産物がどのタンパク質と相互作用を示すかの情報が有用であることがわかった。このドメインについては、別の研究グループによってタンパク質結合ドメインであることが報告された。さらに、この遺伝子機能情報を格納したデータベース、公共配列データベースの更新に伴う遺伝子機能情報の見直しを組織間で効率的に行うため、配列相同性検索の結果をXMLを用いて整形するシステム、共通ドメイン検索システムから得られた共通ドメイン情報を視覚的に閲覧するためのデータベースをそれぞれ開発した。
画像

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研究分野
  • 分子構造
  • 遺伝子の構造と化学
  • 分子・遺伝情報処理
関連発表論文 H. Matsuda,“Detection of Conserved Domains in Protein Sequences using a Maximum-Density Subgraph Algorithm”, IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences, E83-A(4), 713-721 (2000).
研究制度
  • 計算科学技術活用型特定研究開発推進事業 生命・生体分野
研究報告資料
  • 松田 秀雄. 完全長cDNA間の共通ドメイン検索システムの開発. 計算科学技術活用型 特定研究開発推進事業 平成11・12年度採択課題 研究開発終了シンポジウム 予稿集 ~計算で、見る・知る・予測する~ 2003. p.39 - 42.

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