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ESTクラスタリングと遺伝子発現データベース

研究報告コード R000000067
掲載日 2005年2月22日
研究者
  • 長谷川 亜樹
研究者所属機関
  • 科学技術振興事業団 創造科学技術推進事業
研究機関
  • 科学技術振興事業団 創造科学技術推進事業
報告名称 ESTクラスタリングと遺伝子発現データベース
報告概要 マウスの初期胚におけるcDNAライブラリから得れれた25438個のESTから,未受精卵,受精卵1,2,4,8細胞期を含む7つの発生段階の各々において,発現している遺伝子を独自の手法を用いて予測した。同ライブラリに含まれる遺伝子が9718個存在すると予測され,遺伝子の発現パターンが明らかになった。この内4351個は全く新規のものであることが判明した。遺伝子発現パターンをまとめてデータベースを構築し,インターネット上(http://bioa.jst.go.jp/).で公開した。ここではESTクラスタリングに用いた全EST,染色体上のマーカに対応した予測遺伝子,発生段階毎の発現程度が検索できる。遺伝子発現データベースの構築は染色体DNAおよび中心粒子の細胞分裂による分配のたびに生じる細胞分裂というイベントにおいて,変化する遺伝子の発現パターンを探る上で貴重な情報源となることを期待する。
研究分野
  • 遺伝子の構造と化学
  • 遺伝子発現
  • 細胞分裂・増殖
  • 発生と分化
  • 分子・遺伝情報処理
関連発表論文 (1)Minoru S. H. Ko, John R. Kitchen, Xiaohong Wang, Tracy A. Threat, Xueqian Wang, Aki Hasegawa, Tong Sun, Marija J. Grahovac, George J. Kargul, Meng K. Lim, YuShun Cui, Yuri Sano, Tetsuya Tanaka, Yuling Liang, Scott Mason, Paul D. Paonessa, Althea D. Sauls, Grace E. DePalma, Rana Sharara, Lucy B. Rowe, Janan Eppig, Chris Morrell, and Hirofumi Doi. Large-scale cDNA analysis reveals phased gene expression patterns during preimplantation mouse development. Development, Vol. 127, No. 8, pp. 1737-1749, 2000.
研究制度
  • 創造科学技術推進事業、土居バイオアシンメトリプロジェクト/科学技術振興事業団
研究報告資料
  • 長谷川 亜樹. ESTクラスタリングと遺伝子発現データベース. 創造科学技術推進事業 土居バイオアシンメトリプロジェクトシンポジウム要旨集 生命における非対称性を探る…バイオインフォマティクスから発生生物学まで(研究期間:1995-2000),2000. p.5 - 6.

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