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ゲノムワイドの遺伝子発現データマイニング 酵母菌老化研究への応用

研究報告コード R000000072
掲載日 2005年2月22日
研究者
  • 上村 泰央
研究者所属機関
  • 科学技術振興事業団 創造科学技術推進事業
研究機関
  • 科学技術振興事業団 創造科学技術推進事業
報告名称 ゲノムワイドの遺伝子発現データマイニング 酵母菌老化研究への応用
報告概要 DNAマイクロアレイなど大規模遺伝子発現解析実験の結果得られる大量の遺伝子発現データを解析する一連のソフトウェアを開発し,これを酵母菌の老化に伴う遺伝子発現解析データに適用した。DNAマイクロアレイの実験で得られる画像データから各スポットにおけるシグナル強度を測定し,各遺伝子の発現量を定量化するソフト,発現プロファイルの解釈支援データベース,染色体表示解析ソフトなどを開発した。酵母菌の遺伝子,ゲノムに関する知識を活用し,特に染色体地図,遺伝子発現調節ネットワーク,蛋白質間相互作用ネットワークでの各遺伝子の位置と発現量に注目して解析を行った。本システムを用いて遺伝子発現プロファイルを作製することにより,計算機上にデータ蓄積が可能となり,ゲノムワイドな遺伝子発現データマイニングが生体内で起きている変化の全体像を捉える有効な手段を得た。
研究分野
  • 遺伝学研究法
  • 遺伝子の構造と化学
  • 遺伝子発現
  • 細胞分裂・増殖
  • 分子・遺伝情報処理
研究制度
  • 創造科学技術推進事業、土居バイオアシンメトリプロジェクト/科学技術振興事業団
研究報告資料
  • 上村 泰央. ゲノムワイドの遺伝子発現データマイニング 酵母菌老化研究への応用. 創造科学技術推進事業 土居バイオアシンメトリプロジェクトシンポジウム要旨集 生命における非対称性を探る…バイオインフォマティクスから発生生物学まで(研究期間:1995-2000),2000. p.15 - 17.

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