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汎生物高速遺伝子同定法の開発と遺伝的背景を支配する遺伝子群への応用

研究報告コード R000000117
掲載日 2002年9月30日
研究者
  • 林崎 良英
研究者所属機関
  • 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
研究機関
  • 理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター
報告名称 汎生物高速遺伝子同定法の開発と遺伝的背景を支配する遺伝子群への応用
報告概要 制限酵素の認識サイトをランドマークとし,ゲノム上の2000以上の座位を同時に検出するrestriction landmark genomic scanning(RKGS)法を開発し,それをベースとして任意の生物の任意の突然変異体の原因遺伝子を高速に単離することを目的とした第一世代のRLGSポジショナルクローニング法を確立してきた。さらに,新世代の高速ゲノム解析技術が不可欠であると判断し,高速に塩基配列を決定するシステム,高速にゲノムの多数の座位(転写単位)をスクリーニングし,標的の遺伝子を同定する技術開発を目標とし研究を進めてきた。表現形質の原因遺伝子をラフマップ後,染色体上の位置情報,発現情報cDNAマクロアレイ,完全長cDNA構造からの機能予測を用いて候補遺伝子のリストアップを行ない,ポジショナルキャンディデートクローニングを行なうシステムを開発した。
研究分野
  • 生物科学研究法一般
  • 生化学的分析法
  • 酵素一般
  • 遺伝子の構造と化学
関連発表論文 (1)Fukunishi Y., Suzuki H., Yoshino M., Konno H. and Hayashizaki Y., Prediction of human cDNA from its homologous mouse full-length cDNA and human shotgun database, FEBS Lett., 464, 129-132, 1999
(2)Takada S., Kamiya M., Arima T., Kagebayashi H., Shibata H., Muramatsu M., Chapman V.M., Wake N., Hayashizaki Y. and Takagi N., Detection and cloning of an X-linked locus associated with a NotI site that is not methylated on mouse inactivated X chromosome by the RLGS-M method, Genomics, 61, 92-100, 1999
(3)Kadota K., Miki R., Okazaki Y., Shimizu K., Hayashizaki Y., Development of an efficient data processing method for cDNA microarray and its application to tissue expression profiling, Genome Informatics Series, No.10, 221-222, 1999
(4)Konno H., Fukunishi Y., Endo T., Hayashizaki Y., Construction and application of mouse full-length cDNA database, Genome Informatics Series, No.10, 288-289, 1999
(5)Endo T., Yamanaka I., Konno H., Fukunishi Y., Kawai J., Suzuki H., Ozawa Y., Shibata K., Yoshino M., Itoh M., Carninci P., Okazaki Y., Hayashizaki Y., Systematic analysis on mouse genome encyclopedia, Genome Informatics Series, No.10, 338-339, 1999
(6)Kamiya M., Judson H., Okazaki Y., Kusakabe M., Muramatsu M., Takada S., Takagi N., Arima T., Wake N., Kamimura K., Satomura K., Hermann R., Bonthron D.T., Hayashizaki Y., The cell cycle control gene ZAC/PLAGL1 is imprinted—a strong candidate gene for transient neonatal diabetes, Hum. Mol. Genet., 9, 453-460, 2000
(7)Komatsu S, Okazaki Y., Tateno M., Kawai J., Konno H., Kusakabe M., Yoshiki A., Muramatsu M., Held W.A. and Hayashizaki Y., Methylation and downregulated expression of mac 25/insulin-like growth factor binding protein-7 is associated with liver tumorigenesis in SV40T/t antigen transgenic mice screened by Restriction Landmark Genomic Scanning for Methylation (RLGS-M), BBRC, 267, 109-117, 2000
(8)水野洋介,三木理雅,岡崎康司,林崎良英,4.cDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現プロフィール解析,シリーズ:ゲノム解析プロトコール,Molecular Medicine,中山書店,36,1068-1077,1999
(9)河合純,林崎良英,5.スラブゲルをもちいた蛍光DNAシーケンシング,シリーズ:ゲノム解析プロトコール,Molecular Medicine,中山書店,36,1191-1200,1999
(10)伊澤真樹,石川友一,林崎良英,6ル転写シーケンス法,シリーズ:ゲノム解析プロトコール,Molecular Medicine,中山書店,36,1339-1345,1999
(11)三木理雅,岡崎康司,林崎良英,DNAチップ,別冊実験医学 ザ・プロトコールシリーズ non-RI実験の最新プロトコール,羊土社,158-160,1999
(12)奥泉久人,林崎良英,RLGS法,実験医学別冊 新遺伝子工学ハンドブック改訂 第3版,羊土社,297-303,1999
(13)林崎良英,ゲノムエンサイクロペディアとポストシーケンスEra,第7回分子循環器研究会講演会講演記録集,37-50,1999
(14)吉野正康,林崎良英,基礎:ゲノム解析のモデル生物:マウスゲノムエンサイクロペディア,現代医療,現代医療社,32,181-188,2000
(15)横田倫子,福西快文,吉野正康,林崎良英,10.ショットガン・シーケンス,シリーズ:ゲノム解析プロトコール,Molecular Medicine,中山書店,37,358-363,2000
(16)福西快文,横田倫子,福田史郎,吉野正康,林崎良英 11.ショットガン・シーケンス(II)—アセンブリ,シリーズ:ゲノム解析プロトコール,Molecular Medicine,中山書店,37,483-487,2000
(17)今野英明,林崎良英,12.完全長cDNAデータベース,シリーズ:ゲノム解析プロトコール,Molecular Medicine,中山書店,37,597-603,2000
(18)林崎良英,巻頭言 序:ポストシーケンスにおけるSNPと遺伝子発現情報,特集 新世紀医療をめざして—SNPとDNAチップ,遺伝子医学,メディカル ドゥ,4,23,2000
(19)林崎良英,SNP研究の意義,特集 新世紀医療をめざして—SNPとDNAチップ,遺伝子医学,メディカル ドゥ,4,26-36,2000
(20)外丸靖浩,岡崎康司,林崎良英,SNPタイピング技術(SNP typing),特集 新世紀医療をめざして—SNPとDNAチップ,遺伝子医学,メディカル ドゥ,4,44-51,2000
(21)岡崎康司,三木理雅,水野洋介,門田幸二,外丸靖浩,今野英明,橘内徳司,林崎良英,RIKEN完全長マウスcDNAマイクロアレイを用いた発現プロフィール解析,特集 新世紀医療をめざして—SNPとDNAチップ,遺伝子医学,メディカル ドゥ,4,85-92,2000
(22)岡崎康司,三木理雅,林崎良英,マウスcDNAマイクロアレイを用いた発現解析,細胞工学別冊 ゲノムサイエンスシリーズ1 DNAマイクロアレイと最新PCR法,43-54,2000
研究制度
  • 戦略的基礎研究推進事業、研究領域「生命活動のプログラム」研究代表者 林崎 良英(理化学研究所ゲノム科学総合研究センター)/科学技術振興事業団
研究報告資料
  • 林崎 良英. 生命活動のプログラム 汎生物高速遺伝子同定法の開発と遺伝的背景を支配する遺伝子群への応用. 戦略的基礎研究推進事業 平成11年度 研究年報.科学技術振興事業団, 2000. p.40 - 45.

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