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イネゲノムの1塩基多型判別法の開発とイネ品種識別への応用

シーズコード S100002263
掲載日 2010年10月7日
研究者
  • 田淵 宏朗
  • 林 敬子
  • 芦川 育夫
技術名称 イネゲノムの1塩基多型判別法の開発とイネ品種識別への応用
技術概要 (A)または(B)のプライマー対を含むプライマーのセットである。(A)配列番号1(6P1N-522)と2(6P1N-322)、配列番号(326P1K-5)と4(26P1-3-1)、配列番号5(17P1K-51)と6(17P1K-32)、配列番号7(4P1K-5-2)と8(4P1-3-11)、(B)配列番号1と2、配列番号5と6、配列番号7と8;配列番号9と10とする。このプライマーセットを使用して、イネゲノムの1塩基多型の遺伝子型の判別する。SNPs判別法において使用するプライマーを検討し、簡便、かつ再現性の高い、ゲノムDNAの多型性の識別に使用可能なプライマーをはじめて見出す。プライマーの3’末端から3番目の塩基を他の塩基に置換して、人工的なミスマッチを作り、PCRの選択性を高める。このミスマッチを作る際は、例えば元の塩基がGの場合はTへ、Aの場合はCへ、Tの場合はGへ、Cの場合はAへ、置換すると最も高い確率で選択性のあるマーカーができる。
研究分野
  • 分子遺伝学一般
  • 稲作
展開可能なシーズ 簡便、かつ再現性の高いゲノムDNAの多型性の識別方法を提供し、イネの品種識別、さらにはイネの育種選抜におけるDNAマーカーに使用可能とする。
このプライマーを使用することにより、高精度に、1塩基レベルの変異を判別することが可能である。また、SNPs遺伝子型の判別において、この判別方法を用いた場合、特に高額な機械を使用する必要がなく、簡易で安定的な品種識別が可能である。1塩基置換を擬陽性の問題を生じることなく判定するので、従来法よりも多くのゲノム上の部位での変異を安定的に判別可能である。、イネなどの育種において、選抜育種用のDNAマーカーとしても、有用である。
用途利用分野 イネ品種識別、選抜育種用DNAマーカー
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, . 田淵 宏朗, 林 敬子, 芦川 育夫, . イネゲノムの1塩基多型判別法の開発とイネ品種識別への応用. 特開2004-248635. 2004-09-09
  • C12N  15/09     
  • C12Q   1/68     

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