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遺伝子の類縁性検索方法および遺伝子の類縁性検索システム

シーズコード S110004814
掲載日 2011年1月4日
研究者
  • 渡邊 克二
  • 奥田 充
技術名称 遺伝子の類縁性検索方法および遺伝子の類縁性検索システム
技術概要 この塩基配列類縁性検索システムは、制限酵素の種別と制限酵素が切断する切断箇所の塩基配列パターンと塩基配列パターン内における切断位置とが関連付けられて保持されている制限酵素データ21を備える。更に、既知遺伝子の種別と既知遺伝子の塩基配列とが関連付けられて保持されている塩基配列データとを基に、既知遺伝子を制限酵素で切断したときの切断長理論値を計算する。更に、既知遺伝子の種別と制限酵素の種別と既知遺伝子を制限酵素で切断したときの切断長理論値とが関連付けられて保持された切断長理論値データ23として出力する理論値計算部11と、切断長理論値データと、を備える。その上、制限酵素の種別と制限酵素を用いて試料を切断して測定した結果得られた切断長実測値とが関連付けられて保持されている切断長実測値データ25とを比較することにより、既知遺伝子と試料との類似度を算出して解析結果データ27として出力する比較部13とを備える。また、この塩基配列類縁性検索システムは、解析結果データを基に、相互に類似度の高い試料同士または相互に類似度の高い既知遺伝子と試料とを関連付けて図形的に表示する表示部15を備える。
画像

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展開可能なシーズ 制限酵素による切断片長の実測データを基に、効率的に既知の塩基配列との類縁性を解析するための塩基配列類縁性検索方法および塩基配列類縁性検索システムを提供する。
切断長理論値データと入力される切断長実測値データとを非加重結合法などを用いて分析するため、既知遺伝子と試料との類似度を高速かつ効率的に算出することが可能となる。また、多種の既知遺伝子および試料との類似度を基に、類似度の高いもの同士を関連付けて、樹形図などを用いて図形的に表示するため、解析結果を利用者に理解しやすくなる。
用途利用分野 遺伝子検索システム、類縁性検索システム
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 渡邊 克二, . 渡邊 克二, 奥田 充, . 遺伝子の類縁性検索方法および遺伝子の類縁性検索システム. 特開2002-032377. 2002-01-31
  • G06F  17/30     
  • C12N  15/09     

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