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発現プロファイル解析システム及びそのプログラム

シーズコード S120009260
掲載日 2012年3月28日
研究者
  • 矢野 健太郎
  • 清水 顕史
技術名称 発現プロファイル解析システム及びそのプログラム
技術概要 遺伝子の発現プロファイルデータを解析する発現プロファイル解析システムは、遺伝子の複数の発現条件毎の、評価対象の評価遺伝子から発現したmRNAのカウント数を発現データとし、評価遺伝子名毎に記憶する記憶部7、評価遺伝子毎に発現データを記憶部7から読み出し、発現データにおける発現条件毎のカウント数により対応分析を行う対応分析処理部1を備える。解析システムは、対応分析で得られるn(n:自然数)次元のスコアから、各評価遺伝子をm(m:自然数、m≦n)次元に配置する座標値に変換する座標変換処理部2、遺伝子毎に対応する座標値にプロットして画像表示部4に表示する画像処理部3を備える。解析システムは、機能が既知である既知遺伝子を対応分析の処理に含め、既知遺伝子と評価遺伝子とのn次元における座標の距離により、既知遺伝子と機能が類似した評価遺伝子の抽出処理を行う。解析システムは、各発現パラメータのみで発現した既知遺伝子をダミー遺伝子として対応分析の処理に含め、ダミー遺伝子の座標をn次元表示される図形におけるいずれかの発現パラメータのみの発現条件を示す頂点とする。
画像

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研究分野
  • 遺伝子発現
  • 分子・遺伝情報処理
展開可能なシーズ 膨大な量の発現プロファイルデータを、通常のコンピュータでも、迅速に解析でき、遺伝子の発現パターンを可視化することにより、新規遺伝子がいずれのライブラリの遺伝子に近い機能を有するかを容易に解析できる発現プロファイル解析システムを提供する。
評価対象の評価遺伝子の発現条件毎のmRNA数のカウント値による対応分析により、各評価遺伝子をそれぞれの発現パターンに対応する座標値にて空間(解析空間)に配置し、画像表示部に表示可能な次元にて表示させるため、評価遺伝子の発現条件毎のカウント数からなる発現パターンの発現プロファイルが近い形状にある、すなわち、機能が類似した遺伝子を、ユーザが画像表示部の表示画面から容易に抽出できる。
用途利用分野 発現プロファイル解析システム、発現プロファイル解析プログラム
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 学校法人明治大学, . 矢野 健太郎, 清水 顕史, . 発現プロファイル解析システム及びそのプログラム. 特開2010-218150. 2010-09-30
  • G06F  19/20     
  • G06F  19/26     

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