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蛋白質機能部位の予測方法と予測装置

シーズコード S130009522
掲載日 2013年6月5日
研究者
  • 土居 洋文
  • 平木 秀明
  • 金井 昭夫
技術名称 蛋白質機能部位の予測方法と予測装置
技術概要 蛋白質は20種類のアミノ酸残基の配列によって構成されているが、その並びはランダムではない。従って、任意の生物種において、アミノ酸配列の部分配列である特定のオリゴペプチドがゲノムでコードされる全蛋白質中に出現する頻度は均一ではなく、種々の蛋白質に高頻度で出現するオリゴペプチドや、まれにしか出現しないオリゴペプチドが存在する。このうち種々の蛋白質に共通して高頻度に出現するオリゴペプチドは、個々の蛋白質の独自性、すなわち機能を決める能力がなく、一方、低頻度で出現するオリゴペプチドが個々の蛋白質の独自性や機能を決定している。つまり、蛋白質の機能部位はその部分を構成しているオリゴペプチドの出現頻度と対応している。AjオリゴペプチドとXiオリゴペプチドの出現頻度の比Yjiによって、アミノ酸残基AjがAjオリゴペプチドの出現頻度に寄与している程度が評価され、従って蛋白質の任意の位置のアミノ酸残基Ajについて算出された関数値Z(j,n)値が、その位置にあるアミノ酸残基Ajの出現指数(すなわち、その機能代表値となる)。
画像

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研究分野
  • 分子・遺伝情報処理
  • 遺伝子の構造と化学
展開可能なシーズ 機能未知の蛋白質について、その機能部位を予測するための新しい方法と、装置を提供する。
ゲノム解析やcDNA解析から得られた機能未知の蛋白質について、その機能部位を予測することが可能となる。また、機能未知または既知の蛋白質について、その新たな機能部位を予測することも可能となる。
用途利用分野 蛋白質の機能部位予測装置
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 独立行政法人科学技術振興機構, 土居 洋文, セレスター・レキシコ・サイエンシズ株式会社, . 土居 洋文, 平木 秀明, 金井 昭夫, . 蛋白質機能部位の予測方法と予測装置. 特開平11-213003. 1999-08-06
  • G06F  19/00     
  • G06F  17/30     

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