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GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム

シーズコード S130011317
掲載日 2013年6月7日
研究者
  • 池田 有理
  • 大浦 修
  • 佐々木 貴規
  • 池田 修己
技術名称 GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム
技術概要 検査対象タンパク質のアミノ酸配列情報を取得する配列取得部と、取得したアミノ酸配列情報に対応する領域として、N末端側平均疎水性値を、抽出したアミノ酸残基のそれぞれに対して1残基ずつずらしながら複数算出するN末端側疎水性値算出部とを備える。さらに、算出した複数のN末端側平均疎水性値のうちの最大値が、既知のGPIアンカー型タンパク質における特性を示すN末端側疎水性閾値以上であるか否かを判定するN末端側疎水性判定部と、最大値が、既知のN末端外平均疎水性値の特性を示すN末端外疎水性閾値以上であるか否かを判定するN末端外疎水性判定部とを備える。また、基準位置からN末端側及びC末端側に連続する所定の残基数のアミノ酸残基からなる所定の領域におけるアミノ酸残基の部分配列と、既知のGPIアンカー型タンパク質の平均側鎖サイズが最小となる位置を基準位置とする所定の領域におけるアミノ酸残基の部分配列との類似度を示すスコアを算出するスコア算出部と、スコアが、検査対象タンパク質と既知のGPIアンカー型タンパク質とが類似するか否かを判定するスコア判定部と、スコアを用いたGPIアンカー型タンパク質判定部とを備える。
画像

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研究分野
  • 分子構造
  • 分子・遺伝情報処理
展開可能なシーズ 高感度且つ高選択的に検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定することが可能なGPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラムを提供する。
N末端側の疎水性及びC末端側の疎水性の高低と、新規のPSSM(position specific scoring matrix;位置特異的スコアリングマトリックス)とを用いているため、高感度且つ高選択的に検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定することができる。
用途利用分野 GPIアンカー型タンパク質の判定装置
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 学校法人明治大学, . 池田 有理, 大浦 修, 佐々木 貴規, 池田 修己, . GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム. 特開2011-060004. 2011-03-24
  • G06F  19/18     
  • G06F  19/00     

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