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相同性検索システム

シーズコード S130011409
掲載日 2013年6月7日
研究者
  • 五條堀 孝
  • 池尾 一穂
  • 岡山 利次
技術名称 相同性検索システム
技術概要 相同性検索装置1は、CPU101、RAM102、記憶手段103、入出力インターフェイス105、表示手段(ディスプレイ)106、入力手段107、通信デバイス108、および、ドライブ109を備えている。問合せ配列を対象配列と対比して対象配列における類似箇所を検索する際、従来よりも優れた精度で相同性検索を可能とする。問合せ配列とゲノムスケールの対象配列との配列情報を取得し、同一塩基が2個以上連続したホモポリマー領域を前記塩基1個に置き換えた圧縮問合せ配列と圧縮対象配列とに圧縮変換する。そして、両者を対比して、圧縮対象配列において圧縮問合せ配列と一致する圧縮対象部分配列を絞り込み検索する。絞り込んだ圧縮候補配列と問合せ配列とについて、各々の圧縮前配列における同一塩基連続数の情報に基づき、両圧縮配列の間で対応塩基ごとに連続数を対比し、連続数の一致度または不一致度から候補配列の問合せ配列に対する相同性を示す類似度を演算する。この類似度から問合せ配列と相対的に相同性が高い任意数の候補配列を順位付けて選択することで、ホモポリマーの同一塩基連続数の影響を回避して精度良く相同性検索を行える。
画像

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研究分野
  • 分子・遺伝情報処理
展開可能なシーズ 問合せ配列について、対象配列において相同する部分配列を検索する際に、両者の対応するホモポリマー領域において同一塩基の連続数に差が生じる場合であっても、従来よりも優れた精度で、迅速に、相同性検索を可能とする。
ホモポリマー領域の同一塩基連続数の変動を考慮した上で、相同性検索を行うため、従来法では検索できなかった相同する部分配列を検索でき、また、従来法のように誤って相同性が判断されるおそれを回避できる。さらに、ホモポリマー領域の同一塩基連続数の影響をうけない圧縮配列同士を対比するため、データ処理速度を格段に向上できる。
用途利用分野 相同性検索システム、相同性検索装置、遺伝子解析装置
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構, . 五條堀 孝, 池尾 一穂, 岡山 利次, . 相同性検索システム. . 2010-06-17
  • G06F  19/22     

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