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ダンベル型水溶性蛋白質の判別方法、及びその為のコンピュータプログラム

シーズコード S090003298
掲載日 2010年3月26日
研究者
  • 美宅 成樹
  • 高橋 俊哉
技術名称 ダンベル型水溶性蛋白質の判別方法、及びその為のコンピュータプログラム
技術概要 アミノ酸配列が決定された水溶性蛋白質が、ダンベル型構造の蛋白質であるかを判別する方法とコンピュータプログラムである。総電荷指標|CT|、蛋白質全体の電荷密度の絶対値|D|、アミノ酸配列を半分に分割した総電荷指標CN、CCから候補蛋白質を選定する。各アミノ酸の疎水性指標H及び両親媒性指標Aから、一回平均疎水性 [H] 及び一回平均両親媒性 [A]を計算し、Core領域の二回平均疎水性<H> 及び 二回平均両親媒性 <A> を計算する。<H> の値が-1.15以下、二回平均両親媒性 <A> の値が0.90以上の場合について、両端3残基を除いた領域の一回平均疎水性 [H]の最大値Maxと最小値Minを求めその値が2.0以下となるかを確認する。一回平均疎水性 [H] から中央ヘリックス候補セグメントを決定する。そのセグメントの総電荷指標CH、セグメント外アミノ基端側の総残基数NN、総電荷指標CNDとカルボキシル基端側の総残基数NC、総電荷指標CCDを計算する。(2/3)×NN≦ NC ≦(3/2)×NNで、CH 、CND 、CCDがすべて正あるいは負であればダンベル型蛋白質と判定する。
画像

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研究分野
  • 分子遺伝学一般
  • 蛋白質・ペプチド一般
展開可能なシーズ アミノ酸配列が決定された水溶性蛋白質がダンベル型水溶性蛋白質であるか否かを迅速且つ高い精度で判別する方法を提供する。またダンベル型水溶性蛋白質の中央ヘリックスを、高い精度で判別する方法を提供する。また水溶性蛋白質の一次構造情報を用いて、その蛋白質がダンベル型水溶性蛋白質であるか否か、ダンベル型水溶性蛋白質である場合には更にその中央ヘリックスを、高い精度で判別するコンピュータプログラムを提供する。
ダンベル型水溶液蛋白質の二次構造の特徴を考慮し、新たに各アミノ酸に対して設定した、電荷指標、K-D疎水性指標、及び両親媒性指標を用いて、特にダンベル型水溶性蛋白質に絞って判別を行うので、従来になく、迅速且つ精度良く判別することができる。
用途利用分野 ダンベル型蛋白質判別装置、ダンベル型蛋白質判定プログラム、アミノ酸配列から電荷を推定するプログラム、蛋白質一次構造から三次構造を推定するプログラム、蛋白質立体構造決定装置、蛋白質コア推定プログラム
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 国立研究開発法人科学技術振興機構, . 美宅 成樹, 高橋 俊哉, . ダンベル型水溶性蛋白質の判別方法、及びその為のコンピュータプログラム. 特開2002-286725. 2002-10-03
  • G01N  33/68     
  • G06F  17/30     

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