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遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム

シーズコード S090004379
掲載日 2010年3月30日
研究者
  • 安倍 真澄
  • 笠間 康次
  • 門田 幸二
技術名称 遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム
技術概要 波形ピーク検出処理手段21には、関数近似手段211、サチレーション検出手段212、複合ピーク検出手段213、ノイズ除去手段214、波形異常の検出手段215を備えており、オリジナル波形を取込む。波形補正処理手段22にはグローバル補正手段221と、ローカル補正手段222とが含まれ、取込んだ波形を補正する。波形ピーク対応付け処理手段23にはクラスタリング手段231が含まれ、最長距離法に基づくクラスタリングを行っている。波形ピーク編集処理手段24は、ピークの追加削除手段241を備え、波形ピーク検出処理手段21に対して条件を変えた局所的な実行を試みる実行手段242と、ピーク対応の修正変更を可能とするピーク対応修正変更手段243とを備える。波形規格化処理手段25は、波形ピークにおけるピーク強度または面積の総和で表わされる発現総量が保存されるとの前提に基づく波形の規格化を行うが、発現総量が変化する場合に、特定のピークを目印にして高さを校正する特定ピークによる規格化を行うこともできる。波形ピークリスト出力手段26は、波形規格化処理手段25により規格化された波形ピークリストを出力する。
画像

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研究分野
  • 分子・遺伝情報処理
  • 遺伝学研究法
展開可能なシーズ 転写産物の所定範囲位置における情報を波形データとして入力した遺伝子発現プロファイルを少なくとも二つ作成し、波形データに対して関数近似に基づくピーク情報補間抽出処理を行い、複数の波形データ間で波形補正処理を行って、少なくとも二つの遺伝子発現プロファイル間で各波形データのピーク同士を対応付ける処理を行った結果を1つの発現マトリクスとしてリスト出力する方法を提供する。
遺伝子発現プロファイルの解析にさらなる改善をもたらす。これによるデータ比較効率の向上により、例えば医療分野において、これまで良いマーカが知られていない種類の癌などの疾病に関する、マーカ候補の探索や、毒性検査、創薬ターゲットの化合物のスクリーニング、マイクロアレイなど診断用に使われるプローブの見極め、摘出組織などからのタイピングを行って予後の投薬種類や方法への反映、等多様な効果が期待できる。
用途利用分野 遺伝子発現変動解析システム
出願特許   特許 国際特許分類(IPC)
( 1 ) 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, . 安倍 真澄, 笠間 康次, 門田 幸二, . 遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム. 特開2008-226095. 2008-09-25
  • G06F  19/20     
  • G06F  19/00     

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