【0013】 1)C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー 本明細書において、「C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー」とは、C型肝炎の治療効果を予測するための指標となるものであって、ヒトゲノム上に存在するDNA配列から選択される遺伝子多型を含むオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドである。本発明において、遺伝子多型(polymorphism)とは、遺伝子を構成しているDNAの配列の個体差であり、その頻度が母集団の1%以上であるものを意味し、SNP(single nucleotide polymorphism:一塩基多型)のみならず、1~数個のヌクレオチドの欠失、置換、付加、及び/又は挿入等の変異の他、VNTR(variable number of tandem repeat:反復配列多型)やSTRP(short tandem repeat polymorphism:マイクロサテライト多型)等をも含むものであり、反復多型部分の一部が、欠失、置換、付加、及び/又は挿入等の変異を受けているものも含む。
【0018】 本発明の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群を構成するマーカー関連SNPのうち、rs8099917はIL28Bタンパク質の遺伝子近傍にある。このIL28BはISG(interferon-stimulated genes)誘導及びTLR(Toll-Like Receptor)を介した抗ウイルス効果を発揮することが報告されていることから(Ank, N. et al. J Immunol 180, 2474-2485 (2008); Marcello, T. et al. Gastroenterology 131, 1887-1898 (2006))、IFNを基軸とする治療全般に影響を与える可能性が高く、IFNを用いた治療方法の効果確認に有用である可能性が非常に高いと考えられる。
【0029】 具体的なプローブとしては、以下に示す塩基配列からなるオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドが挙げられる。 a)rs8099917検出用プローブ(IL28B) Query probe 1 for rs8099917:GGTTCCAATTTGGGTGAC(配列番号1) Query probe 2 for rs8099917:GGTTCCAATTTGGGTGAA(配列番号2) Common probe for rs8099917:ATTGCTCACAGAAAGGAAAACAAAAGGAGGAAC(配列番号3)
【0030】 b)rs2076954検出用プローブ(RYR3) Query probe 1 for rs2076954:TGGCCTGAATTAAGGATCT(配列番号4) Query probe 2 for rs2076954:GGCCTGAATTAAGGATCC(配列番号5) Common probe for rs2076954:TCCTGCCATCCATACCTTGTAGGACTG(配列番号6)
【0031】 c)rs12907066検出用プローブ(RYR3) Query probe 1 for rs12907066:ATCTCTCCAGAAGATCCCTA(配列番号7) Query probe 2 for rs12907066:CTCTCCAGAAGATCCCTG(配列番号8) Common probe for rs12907066:AGCACATGTCTGGATGCCTCAGC(配列番号9)
【0032】 d)rs9528038検出用プローブ(DIAPH3) Query probe 1 for rs9528038:TCTAAAACTGTAGATTCACCAAGA(配列番号10) Query probe 2 for rs9528038:AACTGTAGATTCACCAAGC(配列番号11) Common probe for rs9528038:ATTTGACATGCCCATGAAAGTTTAGTTCTCAAATGG(配列番号12)
【0033】 e)rs341554検出用プローブ(DIAPH3) Query probe 1 for rs341554:ACATATGTGTGTATGTATATGGG(配列番号13) Query probe 2 for rs341554:GCACATATGTGTGTATGTATATGGA(配列番号14) Common probe for rs341554:CAACTCTTTTCATTTATGAATCTCATAGTTTTCTG(配列番号15)
【0036】 具体的なプライマーとしては、以下に示す塩基配列からなるオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドが挙げられる。 a)rs8099917増幅用プライマー(IL28B) sense primer:CCAACAAAGTGAGACTGCATCTCTGGGGAAAAAAA(配列番号16) antisense primer:AGTAACACTTGTTCCTTGTAAAAGATTCCATCCATACAAAAA(配列番号17)
【0037】 b)rs2076954増幅用プライマー(RYR3) forward primer for:GAGCCAAGACTGTATATAGAGCAGACATCTGCCATCTATA(配列番号18) reverse primer for:GGCTCATACTGGTTTTACGGAAATTTTACTGTCTATACAAGTA(配列番号19)