Top > Search of International Patents > SYSTEM FOR ANALYZING EXPRESSION PROFILE AND PROGRAM THEREOF

SYSTEM FOR ANALYZING EXPRESSION PROFILE AND PROGRAM THEREOF

Foreign code F110002384
Posted date Jan 20, 2011
Country WIPO
International application number 2010JP001867
International publication number WO 2010/106794
Date of international filing Mar 16, 2010
Date of international publication Sep 23, 2010
Priority data
  • P2009-063273 (Mar 16, 2009) JP
Title SYSTEM FOR ANALYZING EXPRESSION PROFILE AND PROGRAM THEREOF
Abstract Provided is a system for analyzing an expression profile whereby a great deal of expression profile data obtained by using a next-generation high-speed sequencer or a similar experimental technique is analyzed at a high speed with a computer commonly employed and thus the gene expression patterns are visualized to thereby easily analyze to what gene a novel gene is similar in function. A system for analyzing an expression profile whereby gene expression profile data is analyzed, which comprises: a memory unit for regarding the count of mRNAs, that have been expressed from a subject gene to be evaluated under each of a plural number of gene expression conditions, as expression data and memorizing the expression data with respect to the name of each subject gene; a correspondence analysis unit for reading out the expression data of each subject gene from the memory unit and conducting correspondence analysis on the basis of the count under each of the expression conditions in the expression data; a coordinate conversion unit for converting n-dimensional scores obtained by the correspondence analysis (wherein n represents a positive integer) into coordinate values for m-dimensionally assigning each gene (wherein m is a positive integer that is less than or equal to n); and an image processing unit for plotting the corresponding coordinate values with respect to each gene and displaying the plot in an image display unit.
Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】 遺伝子の発現プロファイルデータを解析する発現プロファイル解析システムであり、
 遺伝子の複数の発現条件毎の、評価対象の評価遺伝子から発現したmRNAのカウント数を発現データとして、前記評価遺伝子に対応して記憶する記憶部と、
 前記評価遺伝子毎に前記発現データを前記記憶部から読み出し、発現データにおける発現条件毎のカウント数により対応分析を行う対応分析処理部と、
 対応分析により得られるn(n:自然数)次元のスコアから、各評価遺伝子をm(m:自然数、m≦n)次元に配置する座標値に変換する座標変換処理部と、
 前記遺伝子毎に対応する座標値にプロットして画像表示部に表示する画像処理部と
 を有することを特徴とする発現プロファイル解析システム。

【請求項2】 機能が既知である既知遺伝子を対応分析の処理に含め、当該既知遺伝子と前記評価遺伝子との前記n次元における座標の距離により、前記既知遺伝子と機能が類似した評価遺伝子の抽出処理を行うことを特徴とする請求項1に記載の発現プロファイル解析システム。

【請求項3】 各発現パラメータのみで発現した前記既知遺伝子をダミー遺伝子として対応分析の処理に含め、このダミー遺伝子の座標を前記n次元により表示される図形におけるいずれかの発現パラメータのみの発現条件を示す頂点とすることを特徴とする請求項2に記載の発現プロファイル解析システム。

【請求項4】 前記頂点に配置された前記ダミー遺伝子の座標と、前記評価遺伝子の座標との距離を求め、前記頂点の座標に対して、予め設定された距離内の座標に位置する評価遺伝子を抽出する類似発現条件検索部を
 さらに有することを特徴とする請求項3に記載の発現プロファイル解析システム。

【請求項5】 前記評価遺伝子、前記既知遺伝子に対応する座標を選択することにより、この選択した遺伝子の画像の座標位置に配置されている遺伝子に関する情報を、前記記憶部から読み出して表示するデータ表示部を、さらに有することを特徴とする請求項2から請求項4のいずれか1項に記載の発現プロファイル解析システム。

【請求項6】 前記座標変換処理部が、対応分析処理部が求める各次元において、行スコアの寄与率が高い次元からその寄与率を積算し、積算結果の累積寄与率を予め設定した閾値と比較することにより、前記頂点からなる図形を、1次元、2次元または3次元のいずれかにて表示することを特徴とする請求項2から請求項5のいずれか1項に記載の発現プロファイル解析システム。

【請求項7】 遺伝子の発現プロファイルデータを解析する発現プロファイル解析プログラムであり、
 遺伝子の複数の発現条件毎の、評価対象の評価遺伝子から発現したmRNAのカウント数を発現データとして、前記評価遺伝子に対応して記憶する記憶部から、対応分析処理部が、前記評価遺伝子毎に前記発現データを読み出し、発現データにおける発現条件毎のカウント数により対応分析を行う対応分析処理と、
 座標変換処理部が、対応分析により得られるn(n:自然数)次元のスコアから、各評価遺伝子をm(m:自然数、m≦n)次元に配置する座標値に変換する座標変換処理と、
 画像処理部が、前記遺伝子毎に対応する座標値にプロットして画像表示部に表示する画像処理と
 をコンピュータに実行させる発現プロファイル解析プログラム。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • MEIJI UNIVERSITY
  • The University of Shiga Prefecture
  • Inventor
  • YANO, Kentaro
  • SHIMIZU, Akifumi
IPC(International Patent Classification)
Specified countries AE(UTILITY MODEL),AG,AL(UTILITY MODEL),AM(PROVISIONAL PATENT)(UTILITY MODEL),AO(UTILITY MODEL),AT(UTILITY MODEL),AU,AZ(UTILITY MODEL),BA,BB,BG(UTILITY MODEL),BH(UTILITY MODEL),BR(UTILITY MODEL),BW,BY(UTILITY MODEL),BZ(UTILITY MODEL),CA,CH,CL(UTILITY MODEL),CN(UTILITY MODEL),CO(UTILITY MODEL),CR(UTILITY MODEL),CU(INVENTOR'S CERTIFICATE),CZ(UTILITY MODEL),DE(UTILITY MODEL),DK(UTILITY MODEL),DM,DO(UTILITY MODEL),DZ,EC(UTILITY MODEL),EE(UTILITY MODEL),EG(UTILITY MODEL),ES(UTILITY MODEL),FI(UTILITY MODEL),GB,GD,GE(UTILITY MODEL),GH(UTILITY CERTIFICATE),GM,GT(UTILITY MODEL),HN(UTILITY MODEL),HR(CONSENSUAL PATENT),HU(UTILITY MODEL),ID,IL,IN,IS,KE(UTILITY MODEL),KG(UTILITY MODEL),KM,KN,KP(INVENTOR'S CERTIFICATE)(UTILITY MODEL),KR(UTILITY MODEL),KZ(PROVISIONAL PATENT)(UTILITY MODEL),LA,LC,LK,LR,LS(UTILITY MODEL),LT,LU,LY,MA,MD(UTILITY MODEL),ME,MG,MK,MN,MW,MX(UTILITY MODEL),MY(UTILITY-INNOVATION),MZ(UTILITY MODEL),NA,NG,NI(UTILITY MODEL),NO,NZ,OM(UTILITY MODEL),PE(UTILITY MODEL),PG,PH(UTILITY MODEL),PL(UTILITY MODEL),PT(UTILITY MODEL),RO,RS(PETTY PATENT),RU(UTILITY MODEL),SC,SD,SE,SG,SK(UTILITY MODEL),SL(UTILITY MODEL),SM,ST,SV(UTILITY MODEL),SY,TH(PETTY PATENT),TJ(UTILITY MODEL),TM(PROVISIONAL PATENT),TN,TR(UTILITY MODEL),TT(UTILITY CERTIFICATE),TZ,UA(UTILITY MODEL),UG(UTILITY CERTIFICATE),US,UZ(UTILITY MODEL),VC(UTILITY CERTIFICATE),VN(PATENT FOR UTILITY SOLUTION),ZA,ZM,ZW,EP(AT,BE,BG,CH,CY,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,FR,GB,GR,HR,HU,IE,IS,IT,LT,LU,LV,MC,MK,MT,NL,NO,PL,PT,RO,SE,SI,SK,SM,TR),OA(BF(UTILITY MODEL),BJ(UTILITY MODEL),CF(UTILITY MODEL),CG(UTILITY MODEL),CI(UTILITY MODEL),CM(UTILITY MODEL),GA(UTILITY MODEL),GN(UTILITY MODEL),GQ(UTILITY MODEL),GW(UTILITY MODEL),ML(UTILITY MODEL),MR(UTILITY MODEL),NE(UTILITY MODEL),SN(UTILITY MODEL),TD(UTILITY MODEL),TG(UTILITY MODEL)),AP(BW(UTILITY MODEL),GH(UTILITY MODEL),GM(UTILITY MODEL),KE(UTILITY MODEL),LS(UTILITY MODEL),MW(UTILITY MODEL),MZ(UTILITY MODEL),NA(UTILITY MODEL),SD(UTILITY MODEL),SL(UTILITY MODEL),SZ(UTILITY MODEL),TZ(UTILITY MODEL),UG(UTILITY MODEL),ZM(UTILITY MODEL),ZW(UTILITY MODEL)),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM)
Please contact us by E-mail o if you have any interests on this patent.

PAGE TOP

close
close
close
close
close
close