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NUCLEIC ACID-BINDING PROTEIN ASSAY METHOD AND KIT meetings

Foreign code F110006014
File No. S2008-0245
Posted date Dec 27, 2011
Country WIPO
International application number 2009JP051006
International publication number WO 2009/093667
Date of international filing Jan 22, 2009
Date of international publication Jul 30, 2009
Priority data
  • P2008-011750 (Jan 22, 2008) JP
Title NUCLEIC ACID-BINDING PROTEIN ASSAY METHOD AND KIT meetings
Abstract Disclosed is a method for the detection of a nucleic acid-binding protein. Also disclosed is a method for the screening of an inhibitor or an promoter of the binding of a nucleic acid-binding protein. Specifically disclosed is a method for the detection of the binding between a nucleic acid and a nucleic acid-binding protein, which involves measuring the degree of change in structure of a nucleic acid complex having at least two nucleic acid double-stranded parts.
Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】核酸と核酸結合タンパク質との結合を検出する方法であって、少なくとも二つの核酸二本鎖部分を有する核酸複合体の構造変化の程度を測定することを含んでなる、方法。

【請求項2】構造変化が、二つの核酸二本鎖間のヌクレオチド鎖交換である、請求項1に記載の方法。

【請求項3】少なくとも二つの核酸二本鎖部分を有する核酸複合体が、二つの核酸二本鎖がそれらの末端配列において互いに結合してなる複合体(核酸二本鎖複合体)である、請求項1または2に記載の方法。

【請求項4】下記工程を含んでなる、請求項3に記載の方法:(i)核酸結合タンパク質と、核酸二本鎖Aと、核酸二本鎖Bとを接触させる工程(ここで、核酸二本鎖Aは二つの核酸一本鎖(以下、それぞれ「核酸A1」および「核酸A2」とする)からなり、核酸二本鎖Bは二つの核酸一本鎖(以下、それぞれ「核酸B1」および「核酸B2」とする)からなる);および(ii)核酸二本鎖複合体の構造変化の程度を測定する工程。

【請求項5】工程(ii)において、核酸A1と核酸B1とからなる核酸二本鎖(核酸二本鎖C)および/または核酸A2と核酸B2とからなる核酸二本鎖(核酸二本鎖D)の量を測定することにより核酸二本鎖複合体の構造変化の程度を測定する、請求項4に記載の方法。

【請求項6】工程(ii)において、核酸二本鎖Aおよび/または核酸二本鎖Bの量を測定することにより核酸二本鎖複合体の構造変化の程度を測定する、請求項4に記載の方法。

【請求項7】核酸二本鎖Aおよび核酸二本鎖Bの少なくとも一つが核酸結合タンパク質の結合部位を有する、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。

【請求項8】核酸A1が第一のヌクレオチド配列および第二のヌクレオチド配列を有する核酸一本鎖からなり、核酸A2が前記第一のヌクレオチド配列に対応する配列および第三のヌクレオチド配列を有する核酸一本鎖からなり、核酸B1が前記第二のヌクレオチド配列に対応する配列および第四のヌクレオチド配列を有する核酸一本鎖からなり、核酸B2が前記第三のヌクレオチド配列に対応する配列および第四のヌクレオチド配列に対応する配列を有する核酸一本鎖からなる、請求項4に記載の方法。

【請求項9】核酸A1のヌクレオチド配列における、核酸B1のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;核酸B1のヌクレオチド配列における、核酸A1のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;核酸A2のヌクレオチド配列における、核酸B2のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;および核酸B2のヌクレオチド配列における、核酸A2のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基から選択されるミスマッチ塩基を単独でまたは組み合わせて有する、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。

【請求項10】少なくとも二つの核酸二本鎖部分を有する核酸複合体が、二つの核酸二本鎖部分が可逆的に鎖交換するように構成されてなる複合体(一体型核酸複合体)である、請求項1または2に記載の方法。

【請求項11】下記工程を含んでなる、請求項10に記載の方法:(iii)核酸結合タンパク質と、一体型核酸複合体Eとを接触させる工程(ここで、一体型核酸複合体Eは、核酸二本鎖部分を有する核酸複合体Gと核酸二本鎖部分を有する核酸複合体Hとを含んでなり、核酸複合体Gは二つの核酸一本鎖含有体(以下、それぞれ「核酸G1」および「核酸G2」とする)を含んでなり、核酸複合体Hは二つの核酸一本鎖含有体(以下、それぞれ「核酸H1」および「核酸H2」とする)を含んでなる);および(iv)一体型核酸複合体の構造変化の程度を測定する工程(ここで、核酸G1が、末端部分1と、第五のヌクレオチド配列と、末端部分3とからなり、第五のヌクレオチド配列の3’末端に末端部分1が、第五のヌクレオチド配列の5’末端に末端部分3が連結されてなる核酸一本鎖含有体であり、核酸G2が、末端部分2と、第五のヌクレオチド配列に対応する配列と、末端部分3に対応する部分とからなり、第五のヌクレオチド配列に対応する配列の5’末端に末端部分2が、第五のヌクレオチド配列に対応する配列の3’末端に末端部分3に対応する部分が連結されてなる核酸一本鎖含有体であり、核酸H1が、末端部分1に対応する部分と、第六のヌクレオチド配列と、末端部分4とからなり、第六のヌクレオチド配列の5’末端に末端部分1に対応する部分が、第六のヌクレオチド配列の3’末端に末端部分4が連結されてなる核酸一本鎖含有体であり、核酸H2が、末端部分4に対応する部分と、第六のヌクレオチド配列に対応する配列と、末端部分2に対応する部分とからなり、第六のヌクレオチド配列に対応する配列の5’末端に末端部分4に対応する部分が、第六のヌクレオチド配列に対応する配列の3’末端に末端部分2に対応する部分が連結されてなる核酸一本鎖含有体である)。

【請求項12】末端部分がポリヌクレオチドであり、末端部分1の5’末端のヌクレオチド配列と末端部分2の3’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成されず、かつ末端部分1に対応する部分の3’末端のヌクレオチド配列と末端部分2に対応する部分の5’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成されず;および/または末端部分1の5’末端のヌクレオチド配列と末端部分1に対応する部分の3’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成され、かつ末端部分2の3’末端のヌクレオチド配列と末端部分2に対応する部分の5’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成され;並びに末端部分3の3’末端のヌクレオチド配列と末端部分4の5’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成されず、かつ末端部分3に対応する部分の5’末端のヌクレオチド配列と末端部分4に対応する部分の3’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成されず;および/または末端部分3の3’末端のヌクレオチド配列と末端部分3に対応する部分の5’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成され、かつ末端部分4の5’末端のヌクレオチド配列と末端部分4に対応する部分の3’末端のヌクレオチド配列との間で安定性が高い塩基対群が形成される、請求項11に記載の方法。

【請求項13】工程(iv)において、一体型核酸複合体Eの量を測定することにより一体型核酸複合体の構造変化の程度を測定する、請求項11または12に記載の方法。

【請求項14】工程(iv)において、核酸G1および核酸H1を含んでなり、核酸二本鎖部分を有する核酸複合体Iと、核酸G2および核酸H2を含んでなり、核酸二本鎖部分を有する核酸複合体Jとを含んでなる一体型核酸複合体Fの量を測定することにより一体型核酸複合体の構造変化の程度を測定する、請求項11または12に記載の方法。

【請求項15】一体型核酸複合体Eおよび一体型核酸複合体Fのいずれか一つのみが核酸結合タンパク質の結合部位を有する、請求項10~14のいずれか一項に記載の方法。

【請求項16】核酸G1のヌクレオチド配列における、核酸H1のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;核酸H1のヌクレオチド配列における、核酸G1のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;核酸G2のヌクレオチド配列における、核酸H2のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;および核酸H2のヌクレオチド配列における、核酸G2のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基から選択されるミスマッチ塩基を単独でまたは組み合わせて有する、請求項10~15のいずれか一項に記載の方法。

【請求項17】核酸G1のヌクレオチド配列における、核酸G2のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;核酸G2のヌクレオチド配列における、核酸G1のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;核酸H1のヌクレオチド配列における、核酸H2のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基;または核酸H2のヌクレオチド配列における、核酸H1のヌクレオチド配列に対する1以上のミスマッチ塩基から選択されるミスマッチ塩基を単独でまたは組み合わせて有する、請求項10~15のいずれか一項に記載の方法。

【請求項18】構造変化の程度が、蛍光共鳴エネルギー転移を利用して測定される、請求項1~17のいずれか一項に記載の方法。

【請求項19】核酸が、DNAである、請求項1~18のいずれか一項に記載の方法。

【請求項20】核酸結合タンパク質が、転写因子である、請求項1~19のいずれか一項に記載の方法。

【請求項21】核酸結合タンパク質が、構造タンパク質である、請求項1~19のいずれか一項に記載の方法。

【請求項22】マルチプレックスで行われる、請求項1~21のいずれか一項に記載の方法。

【請求項23】被験物質存在下および非存在下において、請求項1~22のいずれか一項に記載の方法を行う、核酸結合タンパク質の結合阻害剤または促進剤のスクリーニング方法。

【請求項24】被験物質の標的となる核酸結合タンパク質とは結合しない核酸からなる核酸複合体の構造変化の程度を測定することをさらに含んでなる、請求項23に記載のスクリーニング方法。

【請求項25】末端配列において結合し得る核酸二本鎖Aと核酸二本鎖Bとを含んでなる、キット(ここで、核酸二本鎖Aおよび核酸二本鎖Bは請求項4において定義された内容と同義である)。

【請求項26】一体型核酸複合体Eまたは一体型核酸複合体Fを含んでなる、キット(ここで、一体型核酸複合体Eは請求項11に、一体型核酸複合体Fは請求項14において定義された内容と同義である)。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • HIROSHIMA UNIVERSITY
  • WAKUNAGA PHARMACEUTICAL CO., LTD.
  • Inventor
  • TAHARA, Hidetoshi
  • MIYAGI, Toru
IPC(International Patent Classification)
Specified countries AE(UTILITY MODEL),AG,AL(UTILITY MODEL),AM(PROVISIONAL PATENT)(UTILITY MODEL),AO(UTILITY MODEL),AT(UTILITY MODEL),AU,AZ(UTILITY MODEL),BA,BB,BG(UTILITY MODEL),BH(UTILITY MODEL),BR(UTILITY MODEL),BW(UTILITY MODEL),BY(UTILITY MODEL),BZ(UTILITY MODEL),CA,CH,CN(UTILITY MODEL),CO(UTILITY MODEL),CR(UTILITY MODEL),CU(INVENTOR'S CERTIFICATE),CZ(UTILITY MODEL),DE(UTILITY MODEL),DK(UTILITY MODEL),DM(UTILITY MODEL),DO(UTILITY MODEL),DZ,EC(UTILITY MODEL),EE(UTILITY MODEL),EG(UTILITY MODEL),ES(UTILITY MODEL),FI(UTILITY MODEL),GB,GD,GE(UTILITY MODEL),GH(UTILITY CERTIFICATE),GM,GT(UTILITY MODEL),HN,HR(CONSENSUAL PATENT),HU(UTILITY MODEL),ID,IL,IN,IS,JP(UTILITY MODEL),KE(UTILITY MODEL),KG(UTILITY MODEL),KM,KN,KP(INVENTOR'S CERTIFICATE)(UTILITY MODEL),KR(UTILITY MODEL),KZ(PROVISIONAL PATENT)(UTILITY MODEL),LA,LC,LK,LR,LS(UTILITY MODEL),LT,LU,LY,MA,MD(UTILITY MODEL),ME,MG,MK,MN,MW,MX(UTILITY MODEL),MY(UTILITY-INNOVATION),MZ(UTILITY MODEL),NA,NG,NI(UTILITY MODEL),NO,NZ,OM(UTILITY MODEL),PG,PH(UTILITY MODEL),PL(UTILITY MODEL),PT(UTILITY MODEL),RO,RS(PETTY PATENT),RU(UTILITY MODEL),SC,SD,SE,SG,SK(UTILITY MODEL),SL(UTILITY MODEL),SM,ST,SV(UTILITY MODEL),SY,TJ(UTILITY MODEL),TM(PROVISIONAL PATENT),TN,TR(UTILITY MODEL),TT(UTILITY CERTIFICATE),TZ,UA(UTILITY MODEL),UG(UTILITY CERTIFICATE),US,UZ(UTILITY MODEL),VC(UTILITY CERTIFICATE),VN(PATENT FOR UTILITY SOLUTION),ZA,ZM,ZW,EP(AT,BE,BG,CH,CY,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,FR,GB,GR,HR,HU,IE,IS,IT,LT,LU,LV,MC,MK,MT,NL,NO,PL,PT,RO,SE,SI,SK,TR),OA(BF(UTILITY MODEL),BJ(UTILITY MODEL),CF(UTILITY MODEL),CG(UTILITY MODEL),CI(UTILITY MODEL),CM(UTILITY MODEL),GA(UTILITY MODEL),GN(UTILITY MODEL),GQ(UTILITY MODEL),GW(UTILITY MODEL),ML(UTILITY MODEL),MR(UTILITY MODEL),NE(UTILITY MODEL),SN(UTILITY MODEL),TD(UTILITY MODEL),TG(UTILITY MODEL)),AP(BW(UTILITY MODEL),GH(UTILITY MODEL),GM(UTILITY MODEL),KE(UTILITY MODEL),LS(UTILITY MODEL),MW(UTILITY MODEL),MZ(UTILITY MODEL),NA(UTILITY MODEL),SD(UTILITY MODEL),SL(UTILITY MODEL),SZ(UTILITY MODEL),TZ(UTILITY MODEL),UG(UTILITY MODEL),ZM(UTILITY MODEL),ZW(UTILITY MODEL)),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM)

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