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METHOD FOR DETECTION OF METHYLCYTOSINE USING PHOTORESPONSIVE PROBE

Foreign code F110006034
File No. S2008-0435
Posted date Dec 27, 2011
Country WIPO
International application number 2009JP001090
International publication number WO 2009/113303
Date of international filing Mar 11, 2009
Date of international publication Sep 17, 2009
Priority data
  • P2008-063290 (Mar 12, 2008) JP
Title METHOD FOR DETECTION OF METHYLCYTOSINE USING PHOTORESPONSIVE PROBE
Abstract Disclosed is a method for detecting methylcytosine in DNA rapidly, conveniently, and with high sensitivity. The method for detecting methylcytosine uses a methylcytosine photoligating agent (a photoresponsive probe) comprising a nucleic acid having a group represented by formula (I), (II), (III) or (IV) as a base moiety.
Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】塩基部分として、次の式I、式II、式III、又は式IV:【化21】(ただし、式I中、Xは、O、SまたはNHを示し、R1及びR3は、それぞれ独立に、水素、C1~C6のアルキル基、C1~C6のアルコキシ基、シアノ基、又はC1~C6のアシル基を示し、R2は、C1~C12の炭素数を有する疎水性基を示す。)【化22】(ただし、式II中、R4及びR6は、それぞれ独立に、水素、C1~C6のアルキル基、C1~C6のアルコキシ基、シアノ基、又はC1~C6のアシル基を示し、R5は、C1~C12の炭素数を有する疎水性基を示す。)【化23】(ただし、式III中、Yは、O、SまたはNHを示し、Zは、YがOまたはSであるときNH2を示し、YがNHであるときは水素原子を示し、R7及びR9は、それぞれ独立に、水素、C1~C6のアルキル基、C1~C6のアルコキシ基、シアノ基、又はC1~C6のアシル基を示し、R8は、C1~C12の炭素数を有する疎水性基を示す。)【化24】(ただし、式IV中、R10及びR12は、それぞれ独立に、水素、C1~C6のアルキル基、C1~C6のアルコキシ基、シアノ基、又はC1~C6のアシル基を示し、R11は、C1~C12の炭素数を有する疎水性基を示す。)で表される基を有する核酸類(ただし、核酸類には、核酸、モノヌクレオチド及びペプチド核酸が含まれる)。

【請求項2】R2,R5,R8及びR11が、C1~C12の炭素数を有する炭化水素基である、請求項1に記載の核酸類(ただし、核酸類には、核酸、モノヌクレオチド及びペプチド核酸が含まれる)。

【請求項3】請求項1~2の何れかに記載の核酸類からなる、メチルシトシン光連結剤。

【請求項4】請求項1~2の何れかに記載の核酸類からなる、光応答性メチルシトシン検出剤。

【請求項5】請求項1~2の何れかに記載の核酸類を使用して、メチルシトシンを光連結する方法。

【請求項6】請求項1~2の何れかに記載の核酸類を使用して、メチルシトシンを検出する方法。

【請求項7】請求項1又は請求項2に記載の式I、式II、式III、又は式IVで表される基を塩基部分として末端に有する核酸又はペプチド核酸であって、担体に固定化された核酸又はペプチド核酸、及び、メチルシトシンを有する被験核酸を、鋳型核酸又は鋳型ペプチド核酸と、ハイブリダイズする工程、鋳型核酸又は鋳型ペプチド核酸とハイブリダイズすることによって、近接して配置された被験核酸と、固定化された核酸又はペプチド核酸とに対して、光照射を行って、被験核酸を、固定化された核酸又はペプチド核酸に光連結する工程、ハイブリダイズしていた鋳型核酸又は鋳型ペプチド核酸を、解離して除去する工程、固定化された核酸又はペプチド核酸に連結した被験核酸と、被験核酸にハイブリダイズ可能な核酸又はペプチド核酸であって、標識部位を有する標識核酸又は標識ペプチド核酸とを、ハイブリダイズする工程、標識核酸又は標識ペプチド核酸が有する標識部位を、検出する工程、を含む、被験核酸中のメチルシトシンを検出する方法。

【請求項8】鋳型核酸又は鋳型ペプチド核酸が、固定化された核酸又はペプチド核酸の一部又は全部の配列とハイブリダイズ可能な配列、及び被験核酸の一部又は全部の配列とハイブリダイズ可能な配列を有し、これらのハイブリダイズ可能な配列が、固定化された核酸又はペプチド核酸、及び被験核酸を、ハイブリダイズした場合に、被験核酸のメチルシトシンと、固定化された核酸又はペプチド核酸の式I、式II、式III、又は式IVで表される基とが、隣接して配置される配列である、請求項7に記載の方法。

【請求項9】標識部位が、蛍光色素、ビオチン、ハプテン、酵素、フェロセン、スピン活性化合物、及び放射性物質からなる群より選択された標識によって標識されている、請求項7~8の何れかに記載の方法。

【請求項10】請求項1又は請求項2に記載の式I、式II、式III、又は式IVで表される基を塩基部分として末端に有する核酸又はペプチド核酸であって、担体に固定化された核酸又はペプチド核酸、鋳型核酸又は鋳型ペプチド核酸、及び、標識部位を有する標識核酸又は標識ペプチド核酸、を含んでなる、メチルシトシン検出用キット。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • JAPAN ADVANCED INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY
  • JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY
  • Inventor
  • FUJIMOTO, Kenzo
  • OGINO, Masayuki
  • TAYA, Yuta
IPC(International Patent Classification)
Specified countries AE(UTILITY MODEL),AG,AL(UTILITY MODEL),AM(PROVISIONAL PATENT)(UTILITY MODEL),AO(UTILITY MODEL),AT(UTILITY MODEL),AU,AZ(UTILITY MODEL),BA,BB,BG(UTILITY MODEL),BH(UTILITY MODEL),BR(UTILITY MODEL),BW(UTILITY MODEL),BY(UTILITY MODEL),BZ(UTILITY MODEL),CA,CH,CN(UTILITY MODEL),CO(UTILITY MODEL),CR(UTILITY MODEL),CU(INVENTOR'S CERTIFICATE),CZ(UTILITY MODEL),DE(UTILITY MODEL),DK(UTILITY MODEL),DM(UTILITY MODEL),DO(UTILITY MODEL),DZ,EC(UTILITY MODEL),EE(UTILITY MODEL),EG(UTILITY MODEL),ES(UTILITY MODEL),FI(UTILITY MODEL),GB,GD,GE(UTILITY MODEL),GH(UTILITY CERTIFICATE),GM,GT(UTILITY MODEL),HN,HR(CONSENSUAL PATENT),HU(UTILITY MODEL),ID,IL,IN,IS,JP(UTILITY MODEL),KE(UTILITY MODEL),KG(UTILITY MODEL),KM,KN,KP(INVENTOR'S CERTIFICATE)(UTILITY MODEL),KR(UTILITY MODEL),KZ(PROVISIONAL PATENT)(UTILITY MODEL),LA,LC,LK,LR,LS(UTILITY MODEL),LT,LU,LY,MA,MD(UTILITY MODEL),ME,MG,MK,MN,MW,MX(UTILITY MODEL),MY(UTILITY-INNOVATION),MZ(UTILITY MODEL),NA,NG,NI(UTILITY MODEL),NO,NZ,OM(UTILITY MODEL),PG,PH(UTILITY MODEL),PL(UTILITY MODEL),PT(UTILITY MODEL),RO,RS(PETTY PATENT),RU(UTILITY MODEL),SC,SD,SE,SG,SK(UTILITY MODEL),SL(UTILITY MODEL),SM,ST,SV(UTILITY MODEL),SY,TJ(UTILITY MODEL),TM(PROVISIONAL PATENT),TN,TR(UTILITY MODEL),TT(UTILITY CERTIFICATE),TZ,UA(UTILITY MODEL),UG(UTILITY CERTIFICATE),US,UZ(UTILITY MODEL),VC(UTILITY CERTIFICATE),VN(PATENT FOR UTILITY SOLUTION),ZA,ZM,ZW,EP(AT,BE,BG,CH,CY,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,FR,GB,GR,HR,HU,IE,IS,IT,LT,LU,LV,MC,MK,MT,NL,NO,PL,PT,RO,SE,SI,SK,TR),OA(BF(UTILITY MODEL),BJ(UTILITY MODEL),CF(UTILITY MODEL),CG(UTILITY MODEL),CI(UTILITY MODEL),CM(UTILITY MODEL),GA(UTILITY MODEL),GN(UTILITY MODEL),GQ(UTILITY MODEL),GW(UTILITY MODEL),ML(UTILITY MODEL),MR(UTILITY MODEL),NE(UTILITY MODEL),SN(UTILITY MODEL),TD(UTILITY MODEL),TG(UTILITY MODEL)),AP(BW(UTILITY MODEL),GH(UTILITY MODEL),GM(UTILITY MODEL),KE(UTILITY MODEL),LS(UTILITY MODEL),MW(UTILITY MODEL),MZ(UTILITY MODEL),NA(UTILITY MODEL),SD(UTILITY MODEL),SL(UTILITY MODEL),SZ(UTILITY MODEL),TZ(UTILITY MODEL),UG(UTILITY MODEL),ZM(UTILITY MODEL),ZW(UTILITY MODEL)),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM)
Please contact us by e-mail or facsimile if you have any interests on this patent. Thanks.

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