Top > Search of International Patents > METHOD FOR DETECTING COFFIN-SIRIS SYNDROME

METHOD FOR DETECTING COFFIN-SIRIS SYNDROME

Foreign code F130007581
File No. S2012-0262-N0
Posted date Jul 24, 2013
Country WIPO
International application number 2012JP083113
International publication number WO 2013103094
Date of international filing Dec 20, 2012
Date of international publication Jul 11, 2013
Priority data
  • P2012-000136 (Jan 4, 2012) JP
Title METHOD FOR DETECTING COFFIN-SIRIS SYNDROME
Abstract Disclosed is a novel means with which genetic diagnosis of Coffin-Siris syndrome (CSS) is possible. The CSS pathogenic mutation was identified in multiple genes encoding a subunit of SWI/SNF (switching defective/sucrose nonfermenting) complex, which is a type of chromatin remodeling factor, by full exome sequence analysis of five typical CSS cases and further, analysis such as high resolution melting in a total of 23 CSS patients as subjects. Consequently, CSS can be detected using mutation of each gene encoding the SWI/SNF complex subunit as the indicator. CSS is an autosomal dominant disorder and the patient has the disorder by heterozygous mutation.
Outline of related art and contending technology BACKGROUND ART
Syndrome (Coffin-Siris syndrome Coffin -, MIM % 135900, may be referred to as' CSS' is equal to or less than) is, hypoplasia, mental retardation, microcephaly, specific , 5 of the limbs of the first layer of the non-characterized by formation of a rare congenital abnormalities syndrome (non-patent document 1). Example the majority of sporadic cases and, in the autosomal dominant genetic genetic format. Genetic origin has not been resolved.
A combination of CSS diagnosis of more symptoms of the disease is diagnosed by, the appearance of symptoms and differs for each patient, the diagnosis is not easy. From post-natal also some genetic abnormality is suspected, is diagnosed CSS down take longer than several years to be.
Scope of claims (In Japanese)請求の範囲 [請求項1]
 生体から分離された試料を用いて、対象生体がSWI/SNF複合体のサブユニットをコードする遺伝子の少なくとも1つに少なくとも1つの変異を有するか否かを調べることを含む、コフィン-シリス症候群の検出方法であって、前記サブユニット遺伝子の少なくともいずれか1つの遺伝子の少なくとも一方のアレルに少なくとも1つの変異がある場合にコフィン-シリス症候群が検出される、方法。

[請求項2]
 SWI/SNF複合体がBAF(BRG1-associated factor)複合体であり、対象生体がSMARCB1、SMARCA4、SMARCA2、SMARCC1、SMARCC2、ARID1A、ARID1B、SMARCE1、SMARCD1、SMARCD2、SMARCD3、ACTL6A、及びACTL6Bから選択される少なくとも1つの遺伝子に少なくとも1つの変異を有するか否かを調べることを含む、請求項1記載の方法。

[請求項3]
 ゲノムDNA試料を用いてゲノム配列を調べることにより行なわれる請求項1又は2記載の方法。

[請求項4]
 前記少なくとも1つの変異は、ミスセンス変異、フレームシフト変異、インフレーム欠失及び挿入変異、スプライシング異常を生じる変異、並びに遺伝子領域の全体若しくは一部を欠失する変異からなる群より選択される少なくとも1つである請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

[請求項5]
 前記少なくとも1つの変異は、遺伝子領域の全体を欠失する変異、及び少なくとも1つのエクソンの全体を含む領域が欠失する変異からなる群より選択される少なくとも1つである請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

[請求項6]
 対象生体がSMARCB1、SMARCA4、SMARCE1、ARID1A、ARID1B及びSMARCA2から選択される少なくとも1つの遺伝子に変異を有するか否かを調べることを含む請求項1ないし5のいずれか1項に記載の方法。

[請求項7]
 前記少なくとも1つの変異が、下記(1)~(19)からなる群より選択される少なくとも1つである請求項6記載の方法。
(1) SMARCB1遺伝子コード領域の第1091位~第1093位(配列番号20の第305位~第307位)の塩基が欠失する変異
(2) SMARCB1遺伝子コード領域の第1130位(配列番号21の第212位)のGがAになる変異
(3) SMARCA4遺伝子コード領域の第1636位~第1638位(配列番号29の第243位~第245位)の塩基が欠失する変異
(4) SMARCA4遺伝子コード領域の第2576位(配列番号35の第271位)のCがTになる変異
(5) SMARCA4遺伝子コード領域の第2653位(配列番号36の第237位)のCがTになる変異
(6) SMARCA4遺伝子コード領域の第2761位(配列番号36の第345位)のCがTになる変異
(7) SMARCA4遺伝子コード領域の第3032位(配列番号38の第259位)のTがCになる変異
(8) SMARCA4遺伝子コード領域の第3469位(配列番号42の第287位)のCがGになる変異
(9) SMARCE1遺伝子コード領域の第218位(配列番号53の第262位)のAがGになる変異
(10) ARID1A遺伝子コード領域の第31位~第56位(配列番号58の第419位~第444位)の塩基が欠失する変異
(11) ARID1A遺伝子コード領域の第2758位(配列番号65の第226位)のCがTになる変異
(12) ARID1A遺伝子コード領域の第4003位(配列番号68の第1417位)のCがTになる変異
(13) ARID1B遺伝子コード領域の第1678位~第1688位(配列番号71の第336位~第346位)の塩基が欠失する変異
(14) ARID1B遺伝子コード領域の第1903位(配列番号73の第327位)のCがTになる変異
(15) ARID1B遺伝子コード領域の第3304位(配列番号81の第369位)のCがTになる変異
(16) ARID1B遺伝子コード領域の第2144位(配列番号75の第307位)のCがTになる変異
(17) ARID1B遺伝子コード領域の第5632位(配列番号88の第807位)の塩基が欠失する変異
(18) ARID1B遺伝子領域が欠失する変異
(19) SMARCA2遺伝子のエクソン20~27を含む領域が欠失する変異

[請求項8]
 SWI/SNF複合体によるクロマチンリモデリングの促進を指標として化合物を選択することを含む、コフィン-シリス症候群の症状緩和剤のスクリーニング方法。

[請求項9]
 SWI/SNF複合体による転写調節の促進を指標として化合物を選択することを含む、コフィン-シリス症候群の症状緩和剤のスクリーニング方法。

  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • PUBLIC UNIVERSITY CORPORATION YOKOHAMA CITY UNIVERSITY
  • Inventor
  • MATSUMOTO, Naomichi
  • TSURUSAKI, Yoshinori
  • MIYAKE, Noriko
IPC(International Patent Classification)
Specified countries National States: AE AG AL AM AO AT AU AZ BA BB BG BH BN BR BW BY BZ CA CH CL CN CO CR CU CZ DE DK DM DO DZ EC EE EG ES FI GB GD GE GH GM GT HN HR HU ID IL IN IS JP KE KG KM KN KP KR KZ LA LC LK LR LS LT LU LY MA MD ME MG MK MN MW MX MY MZ NA NG NI NO NZ OM PA PE PG PH PL PT QA RO RS RU RW SC SD SE SG SK SL SM ST SV SY TH TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN ZA ZM ZW
ARIPO: BW GH GM KE LR LS MW MZ NA RW SD SL SZ TZ UG ZM ZW
EAPO: AM AZ BY KG KZ RU TJ TM
EPO: AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR
OAPI: BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG
Please contact us by E-mail or facsimile if you have any interests on this patent.

PAGE TOP

close
close
close
close
close
close