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METHOD FOR IDENTIFYING HYPOXIA-TOLERANT FLOUNDER

Foreign code F140008004
File No. S2012-1126-C0
Posted date Oct 28, 2014
Country WIPO
International application number 2013JP071790
International publication number WO 2014041937
Date of international filing Aug 12, 2013
Date of international publication Mar 20, 2014
Priority data
  • P2012-200031 (Sep 12, 2012) JP
Title METHOD FOR IDENTIFYING HYPOXIA-TOLERANT FLOUNDER
Abstract [Problem] To objectively ascertain the relationship between differences in the hypoxia tolerance of flounder and genetic factors, and using this lineage of fish, to develop a DNA marker associated with the appearance source of the hypoxia tolerance by quantitative trait analysis (QTL method) of hypoxia tolerance, and develop a method for identifying hypoxia-tolerant flounder using this marker. [Solution] A method for identifying whether flounder is hypoxia-tolerant, the method comprising a step for amplifying a sequence that includes a microsatellite sequence that is the sequence of a microsatellite region, or a portion thereof, of the following a) or b) of DNA extracted from the flounder, the eggs thereof, or a processed product of the same. a) 809th through 1158th bases of base sequence No. 1 and b) 507th through 788th bases of base sequence No. 1.
Scope of claims (In Japanese)[請求項1]
下記工程から成る低酸素耐性ヒラメの識別方法。
1)ヒラメ、その卵又はそれらの加工品から抽出したDNAについて、下記a)又はb)のいずれかのマイクロサテライト領域の配列若しくはその一部であってマイクロサテライト配列を含む配列を増幅する工程、
a)配列番号1の809~1158番目の塩基配列
b)配列番号1の507~788番目の塩基配列
2)別途継代飼育の結果、低酸素耐性と認められる系統のヒラメについて、上記1)の工程を実施する工程、及び
3)1)と2)の工程の増幅結果を比較し、これらが一致する場合に、ヒラメが低酸素耐性であると識別する工程
[請求項2]
下記工程から成る低酸素耐性ヒラメの識別方法。
1)ヒラメ、その卵又はその加工品から抽出したDNAについて、下記a-1)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチド、及びa-2)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
a-1)配列番号1の1~964番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
a-2)配列番号1の1001~1303番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
又は下記b-1)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチド、及びb-2)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
b-1)配列番号1の1~628番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
b-2)配列番号1の751~1030番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
をプライマーとして用いてPCR反応を行う工程、
2)別途継代飼育の結果、低酸素耐性と認められる系統のヒラメについて、上記1)の工程を実施する工程、及び
3)1)と2)の工程の増幅結果を比較し、これらが一致する場合に、ヒラメが低酸素耐性であると識別する工程
[請求項3]
前記プライマーが、(1)又は(2)の2つのオリゴヌクレオチドである請求項2の方法。
(1)5'-CATGTTGGTCTGAGACGATGAACTC-3' (配列番号2)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、及び5'-TAGATCCTGTTGTTTTCCTGCTCG-3' (配列番号3)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
(2)5'-CTCACTGTTCTGAAGCTTCTCT-3' (配列番号4)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、及び5'-CGTCTGAGTCGGAATCCTTCTG-3' (配列番号5)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
[請求項4]
工程2)の増幅結果が、(1)の2つのオリゴヌクレオチドであるプライマーを用いた場合、PCR産物のゲル電気泳動において119bpのバンドがあることであり、(2)の2つのオリゴヌクレオチドであるプライマーを用いた場合、PCR産物のゲル電気泳動において217bpのバンドがあることである、請求項3に記載の方法。
[請求項5]
下記いずれかのマイクロサテライト領域の配列若しくはその一部であってマイクロサテライト配列を含む配列から成るヒラメが低酸素耐性であるか否かを識別するためのDNAマーカー。
a)配列番号1の809~1158番目の塩基配列
b)配列番号1の507~788番目の塩基配列
[請求項6]
下記いずれかの配列若しくはその一部であってマイクロサテライト配列を含む配列を増幅するためのPCR用プライマー。
a)配列番号1の809~1158番目の塩基配列
b)配列番号1の507~788番目の塩基配列
[請求項7]
下記a-1)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチド、及びa-2)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
a-1)配列番号1の1~964番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
a-2)配列番号1の1001~1303番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
又は下記b-1)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチド、及びb-2)の塩基配列から成るオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
b-1)配列番号1の1~628番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
b-2)配列番号1の751~1030番目の塩基配列のうち連続する少なくとも18個の塩基配列
から成る請求項6に記載のPCR用プライマー。
[請求項8]
下記いずれかの請求項6に記載のPCR用プライマー。
(1)5'-CATGTTGGTCTGAGACGATGAACTC-3' (配列番号2)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、及び5'-TAGATCCTGTTGTTTTCCTGCTCG-3' (配列番号3)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
(2)5'-CTCACTGTTCTGAAGCTTCTCT-3' (配列番号4)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、及び5'-CGTCTGAGTCGGAATCCTTCTG-3' (配列番号5)の3’側末端から連続する少なくとも18個の塩基から成るオリゴヌクレオチド、又はこれらに相補的な配列の2つのオリゴヌクレオチド
[請求項9]
ヒラメが低酸素耐性であるか否かを識別するための診断キットであって、請求項6~8のいずれか一項に記載のPCR用プライマーを含むキット。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • TOKYO UNIVERSITY OF MARINE SCIENCE AND TECHNOLOGY
  • Inventor
  • OKAMOTO NOBUAKI
  • SAKAMOTO TAKASHI
  • HASEGAWA OSAMU
IPC(International Patent Classification)
Specified countries National States: AE AG AL AM AO AT AU AZ BA BB BG BH BN BR BW BY BZ CA CH CL CN CO CR CU CZ DE DK DM DO DZ EC EE EG ES FI GB GD GE GH GM GT HN HR HU ID IL IN IS KE KG KN KP KR KZ LA LC LK LR LS LT LU LY MA MD ME MG MK MN MW MX MY MZ NA NG NI NO NZ OM PA PE PG PH PL PT QA RO RS RU RW SA SC SD SE SG SK SL SM ST SV SY TH TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN ZA ZM ZW
ARIPO: BW GH GM KE LR LS MW MZ NA RW SD SL SZ TZ UG ZM ZW
EAPO: AM AZ BY KG KZ RU TJ TM
EPO: AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR
OAPI: BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW KM ML MR NE SN TD TG

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