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CELL TYPING DEVICE, CELL TYPING METHOD, AND PROGRAM

Foreign code F150008143
File No. E096P01WO
Posted date Mar 13, 2015
Country WIPO
International application number 2013JP068489
International publication number WO 2014007363
Date of international filing Jul 5, 2013
Date of international publication Jan 9, 2014
Priority data
  • P2012-151695 (Jul 5, 2012) JP
Title CELL TYPING DEVICE, CELL TYPING METHOD, AND PROGRAM
Abstract The present invention acquires a gene list containing genetic information, detects stored genetic information that matches the genetic information contained in the acquired gene list, specifies the type of cell or tissue that corresponds to the gene list on the basis of the detected genetic information and stored cell or tissue information, and outputs the specified information to be output that contains cell information comprising the cell type and/or tissue information comprising the tissue type.
Scope of claims (In Japanese)[請求項1]
出力部と記憶部と制御部とを少なくとも備えた細胞種解析装置であって、
上記記憶部は、
細胞または組織の種類に依存して特異的に高発現となる遺伝子に関する遺伝子情報と、当該細胞に関する細胞情報または当該組織に関する組織情報と、を対応付けて記憶する特異的高発現記憶手段、
を備え、
上記制御部は、
上記遺伝子情報を含む遺伝子リストを取得する遺伝子リスト取得手段と、
上記遺伝子リスト取得手段により取得された上記遺伝子リストに含まれる上記遺伝子情報と一致する、上記特異的高発現記憶手段に記憶された上記遺伝子情報を検出する遺伝子情報検出手段と、
上記遺伝子情報検出手段により検出された上記遺伝子情報、および、上記特異的高発現記憶手段に記憶された上記細胞情報または上記組織情報に基づき、上記遺伝子リストに対応する上記細胞または上記組織の種類を特定する種類特定手段と、
上記種類特定手段により特定された、上記細胞の種類を含む上記細胞情報、および/または、上記組織の種類を含む上記組織情報を含む出力情報を上記出力部を介して出力させる情報出力手段と、
を備えたことを特徴とする細胞種解析装置。
[請求項2]
請求項1に記載の細胞種解析装置において、
上記記憶部は、
上記細胞または上記組織における遺伝子発現情報を記憶する遺伝子発現情報記憶手段、
を更に備え、
上記制御部は、
上記遺伝子発現情報記憶手段に記憶された上記細胞または上記組織における上記遺伝子発現情報に基づき、当該細胞または当該組織において特異的に高発現となる上記遺伝子を特定し、当該遺伝子に関する上記遺伝子情報と、当該細胞に関する上記細胞情報または当該組織に関する組織情報と、を対応付けて上記特異的高発現記憶手段に格納する遺伝子情報格納手段、
を更に備えたことを特徴とする細胞種解析装置。
[請求項3]
請求項1または2に記載の細胞種解析装置において、
上記記憶部は、
複数種類の上記細胞を含む上記組織における遺伝子発現情報を記憶する組織発現情報記憶手段、
を更に備え、
上記制御部は、
上記組織発現情報記憶手段に記憶された上記組織における上記遺伝子発現情報に基づく遺伝子発現のユニークなパターンを識別することにより、当該組織における遺伝子発現情報を複数のクラスタにクラスタリングするクラスタリング手段、
を更に備え、
上記遺伝子リスト取得手段は、
上記クラスタリング手段によりクラスタリングされた上記クラスタに含まれる上記遺伝子発現情報に対応する上記遺伝子情報に基づき、遺伝子セット解析を用いて上記遺伝子リストを取得することを特徴とする細胞種解析装置。
[請求項4]
出力部と記憶部と制御部とを少なくとも備えた細胞種解析装置において実行される細胞種解析方法であって、
上記記憶部は、
細胞または組織の種類に依存して特異的に高発現となる遺伝子に関する遺伝子情報と、当該細胞に関する細胞情報または当該組織に関する組織情報と、を対応付けて記憶する特異的高発現記憶手段、
を備え、
上記制御部において実行される、
上記遺伝子情報を含む遺伝子リストを取得する遺伝子リスト取得ステップと、
上記遺伝子リスト取得ステップにて取得された上記遺伝子リストに含まれる上記遺伝子情報と一致する、上記特異的高発現記憶手段に記憶された上記遺伝子情報を検出する遺伝子情報検出ステップと、
上記遺伝子情報検出ステップにて検出された上記遺伝子情報、および、上記特異的高発現記憶手段に記憶された上記細胞情報または上記組織情報に基づき、上記遺伝子リストに対応する上記細胞または上記組織の種類を特定する種類特定ステップと、
上記種類特定ステップにて特定された、上記細胞の種類を含む上記細胞情報、および/または、上記組織の種類を含む上記組織情報を含む出力情報を上記出力部を介して出力させる情報出力ステップと、
を含むことを特徴とする細胞種解析方法。
[請求項5]
出力部と記憶部と制御部とを少なくとも備えた細胞種解析装置に実行させるためのプログラムであって、
上記記憶部は、
細胞または組織の種類に依存して特異的に高発現となる遺伝子に関する遺伝子情報と、当該細胞に関する細胞情報または当該組織に関する組織情報と、を対応付けて記憶する特異的高発現記憶手段、
を備え、
上記制御部において、
上記遺伝子情報を含む遺伝子リストを取得する遺伝子リスト取得ステップと、
上記遺伝子リスト取得ステップにて取得された上記遺伝子リストに含まれる上記遺伝子情報と一致する、上記特異的高発現記憶手段に記憶された上記遺伝子情報を検出する遺伝子情報検出ステップと、
上記遺伝子情報検出ステップにて検出された上記遺伝子情報、および、上記特異的高発現記憶手段に記憶された上記細胞情報または上記組織情報に基づき、上記遺伝子リストに対応する上記細胞または上記組織の種類を特定する種類特定ステップと、
上記種類特定ステップにて特定された、上記細胞の種類を含む上記細胞情報、および/または、上記組織の種類を含む上記組織情報を含む出力情報を上記出力部を介して出力させる情報出力ステップと、
を実行させるためのプログラム。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY
  • Inventor
  • SHOEMAKER JASON
  • KITANO HIROAKI
  • KAWAOKA YOSHIHIRO
IPC(International Patent Classification)
Reference ( R and D project ) ERATO KAWAOKA Infection-induced Host Responses AREA
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