Top > Search of International Patents > METHOD FOR CREATING DATABASE FOR IDENTIFICATION AND QUANTIFICATION OF PEPTIDE PEAKS IN MASS SPECTROMETRY

METHOD FOR CREATING DATABASE FOR IDENTIFICATION AND QUANTIFICATION OF PEPTIDE PEAKS IN MASS SPECTROMETRY

Foreign code F150008428
File No. S2015-0404-N0
Posted date Oct 9, 2015
Country WIPO
International application number 2014JP003600
International publication number WO 2015008453
Date of international filing Jul 7, 2014
Date of international publication Jan 22, 2015
Priority data
  • P2013-147591 (Jul 16, 2013) JP
Title METHOD FOR CREATING DATABASE FOR IDENTIFICATION AND QUANTIFICATION OF PEPTIDE PEAKS IN MASS SPECTROMETRY
Abstract The present invention addresses the problem of providing: a method for creating a database for comprehensively identifying/quantifying, with high sensitivity, the peaks of peptides constituting a protein to be examined, through analysis using LC-MS/MS; and a method in which use of the database makes it possible to comprehensively identify/quantify, with high sensitivity, the peaks of peptides constituting a protein to be examined, through analysis using LC-MS/MS. The elution time for each common peptide peak among identified peptide peaks of analyzed samples is used as a reference to normalize the elution time for all the peptide peaks of the analyzed samples. Thus, a database comprising an accumulation of the normalized elution times is created. Using this database, a protein to be examined in a sample is analyzed using LC-MS/MS to identify the peaks of peptides to be examined, and the identified peptide peaks are checked for validation, thereby identifying/quantifying the peaks of peptides constituting the protein to be examined in a sample.
Scope of claims (In Japanese)[請求項1]
液体クロマトグラフ-タンデム質量分析装置(LC-MS/MS)を用いた解析により複数の対象タンパク質を構成するペプチドのペプチドピークを同定及び/又は定量するための、ペプチドピークの溶出時間、及び該ペプチドピークの溶出時間に対応するMRMトランジション並びにピーク強度を格納したデータベースを作成する方法であって、以下の工程(a)~(f)を備えたことを特徴とする方法。
(a)LC-MS/MSを用いた質量分析で得られる、ペプチドピーク群の標準溶出時間、及び、前記ペプチドピーク群の標準溶出時間に対応するMRMトランジション並びにピーク強度を取得し、データベースに格納する工程;
(b)LC-MS/MSを用いた質量分析で得られる、ペプチドピーク’群の溶出時間、及び、前記ペプチドピーク’群の溶出時間に対応するMRMトランジション並びにピーク強度を取得する工程;
(c)前記ペプチドピーク群の中から前記ペプチドピーク’群と共通するペプチドピークを標準化用ペプチドピーク群として選択する工程;
(d)工程(c)で選択した標準化用ペプチドピーク群の標準溶出時間を基準に、前記ペプチドピーク群の標準溶出時間と前記ペプチドピーク’群の溶出時間とのアライメントを行い、前記ペプチドピーク’群の溶出時間を前記ペプチドピーク群の標準溶出時間に標準化し、前記ペプチドピーク’群の標準溶出時間を取得する工程;
(e)工程(d)で取得した前記ペプチドピーク’群の標準溶出時間を前記ペプチドピーク群の標準溶出時間に組み込み、新たなペプチドピーク群の標準溶出時間として前記データベースに格納する工程;
(f)ペプチドピーク’群の標準溶出時間に対応するMRMトランジション及びピーク強度を、前記データベースに格納する工程;
[請求項2]
工程(b)~(f)の工程を、2~25回繰り返すことを特徴とする請求項1に記載の方法。
[請求項3]
液体クロマトグラフ-タンデム質量分析装置(LC-MS/MS)を用いた解析により複数の対象タンパク質を構成するペプチドのペプチドピークを同定及び/又は定量するためのデータベースであって、請求項1又は2に記載の方法を用いて作成した、10万個以上のペプチドピークの溶出時間、及び該ペプチドピークの溶出時間に対応するMRMトランジション並びにピーク強度を備えたことを特徴とするデータベース。
[請求項4]
液体クロマトグラフ-タンデム質量分析装置(LC-MS/MS)を用いた解析により1又は複数の試料中の1又は複数の対象タンパク質を構成するペプチドのペプチドピークを同定する方法であって、以下の工程(A)~(E)を備えたことを特徴とする方法。
(A)試料中の対象タンパク質群をタンパク質消化酵素により断片化処理し、対象ペプチド群を調製する工程;
(B)工程(A)で調製した対象ペプチド群を用いて、液体クロマトグラフ-タンデム質量分析装置(LC-MS/MS)を用いた解析を行い、ペプチドピークの溶出時間、質量電荷比(m/z)、及びMRMクロマトグラム情報を含むデータを取得する工程;
(C)工程(B)で取得したペプチドピークの質量電荷比(m/z)を基に対象ペプチドピーク群を同定し、該対象ペプチドピーク群の中から請求項1又は2に記載の方法を用いて作成したデータベースに格納されるペプチドピーク群と共通するペプチドピークを標準化用対象ペプチドピーク群として選択する工程;
(D)工程(C)で選択した標準化用対象ペプチドピーク群の溶出時間を基準に、対象ペプチドピーク群の溶出時間と、請求項1又は2に記載の方法を用いて作成したデータベースに格納されるペプチドピーク群の標準溶出時間とのアライメントを行い、請求項1又は2に記載の方法を用いて作成したデータベースに格納されるペプチドピーク群の標準溶出時間を、対象ペプチドピーク群の溶出時間にシフトし、シフトした標準溶出時間と、該シフトした標準溶出時間に対応するMRMトランジション及びピーク強度とを再構築イオンライブラリとして取得する工程;
(E)工程(D)で取得した再構築イオンライブラリを用いて、工程(B)で取得したMRMクロマトグラム情報を含むデータからペプチドピークのMRMクロマトグラムを抽出し、前記MRMクロマトグラムから対象ペプチドピーク群を同定する工程;
[請求項5]
さらに、複数の試料間における対象タンパク質を構成するペプチドのペプチドピークを定量するための以下の工程(F)及び(G)を備えたことを特徴とする請求項4に記載の方法。
(F)工程(E)で同定した対象ペプチドピーク群の中から、ピーク面積とピーク強度との比を基に、対象ペプチドピーク群の定量用ペプチドピークを選択する工程;
(G)工程(F)で選択した対象ペプチドピーク群の定量用ペプチドピーク面積を複数の試料について算出し、算出したピーク面積の比から、複数の試料間における対象タンパク質を構成するペプチドのペプチドピークを定量する工程;
[請求項6]
タンパク質消化酵素による断片化処理が、トリプシンとリシルエンドペプチダーゼとの併用による断片化処理であることを特徴とする請求項4又は5に記載の方法。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • NATIONAL UNIVERSITY CORPORATION KUMAMOTO UNIVERSITY
  • Inventor
  • HTSUKI SUMIO
IPC(International Patent Classification)
Please contact us by E-mail or telephone if you have any interests on this patent.

PAGE TOP

close
close
close
close
close
close