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NOVEL GENETIC ABNORMALITY RELATED TO ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA, AND USES THEREOF

Foreign code F170009136
File No. (S2016-0212-N0)
Posted date Jul 28, 2017
Country WIPO
International application number 2016JP088570
International publication number WO 2017111129
Date of international filing Dec 22, 2016
Date of international publication Jun 29, 2017
Priority data
  • P2015-255179 (Dec 25, 2015) JP
Title NOVEL GENETIC ABNORMALITY RELATED TO ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA, AND USES THEREOF
Abstract The present invention addresses the problem of discovering a novel genetic abnormality, which is useful for the determination of treatment strategies or prognostic prediction of acute lymphoblastic leukemia, and contributing to the improvement of treatment outcomes. A genetic abnormality characterized by the formation of a fusion gene comprising the MEF2D gene and the BCL9 gene has been discovered from recurrent childhood acute lymphoblastic leukemia patients. This genetic abnormality will serve as a new indicator when determining treatment strategies.
Outline of related art and contending technology BACKGROUND ART
Acute lymphoblastic leukemia (ALL; acute lymphoblastic leukemia) is the most frequent leukemia in childhood. 500 Cases per year in Japan and example occurs, and posterior to the long-term survival is 80%. As a feature of a wide variety ALL genetic abnormality (gene fusion, gene deletion, amplification, point mutations) develop with (non-patent document 1) are known. Then, by a difference in a genetic abnormality, life prognosis and various therapies of different reactivity. For example, TCF3-PBX1 fusion gene or fusion gene ETV6-RUNX1 ALL and is usually respond well to chemotherapy, a good prognosis. ALL BCR-ABL fusion gene but has a poor prognosis and, molecular target drugs BCR-ABL(imatinib, such as the second probe ) treatment with a clearly improved prognosis. TP53 Gene or IKZF1 gene point mutations, deletions or ALL, partial chromosome No. 21 with amplifications in ALL has a poor prognosis. NT5C2 Gene having a point mutation at a specific chemical therapy ALL (6 - mercaptopurine) (Patent Document 1) a resistance to. In recent large scale studies, activated mutations (point mutations or genetic fusion) one group of identified having ALL, by corresponding inhibitor was shown to be treated.
Scope of claims (In Japanese)[請求項1]
以下のステップ(1)~(3)を含む、急性リンパ性白血病の検査方法:
(1)急性リンパ性白血病患者から単離した白血病細胞を含む検体を用意するステップ;
(2)前記検体における、MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子又は該融合遺伝子がコードする融合タンパク質の存否を検出するステップ;
(3)前記融合遺伝子又は前記融合タンパク質が検出された場合に予後不良又は治療困難と判定するステップ。
[請求項2]
MEF2D遺伝子ではイントロン6又は7に切断点が存在し、BCL9遺伝子ではエクソン8又はイントロン9に切断点が存在する染色体逆位によって前記融合遺伝子が形成される、請求項1に記載の検査方法。
[請求項3]
ステップ(2)における前記融合遺伝子の検出が、RT-PCR法、PCR法、PCR-RFLP、PCR-SSCP法、RNAシーケンス解析、ターゲットシーケンス解析、FISH法及び全ゲノム解析からなる群より選択されるいずれかの検出法によって行われ、ステップ(2)における前記融合タンパク質の検出が免疫学的測定法によって行われる、請求項1又は2に記載の検査方法。
[請求項4]
前記急性リンパ性白血病患者が小児である、請求項1~3のいずれか一項に記載の検査方法。
[請求項5]
以下のステップ(4)又は(4')を更に含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の検査方法:
(4)前記ステップ(3)の判定に基づき、前記急性リンパ性白血病患者が属するリスク群を特定し、治療方針を決定又は変更するステップ;
(4')前記ステップ(3)の判定と、他の検査の結果に基づき、前記急性リンパ性白血病患者が属するリスク群を特定し、治療方針を決定又は変更するステップ。
[請求項6]
前記リスク群が高リスク群である、請求項5に記載の検査方法。
[請求項7]
前記ステップ(4)又は(4')で変更した後の治療方針が、変更前よりも強化された療法を含む、請求項5又は6に記載の検査方法。
[請求項8]
前記ステップ(4)又は(4')で決定した又は変更した後の治療方針が、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤及び/又はプロテアソーム阻害剤の投与による処置を含む、請求項5又は6に記載の検査方法。
[請求項9]
前記ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤がヒストン脱アセチル化酵素9阻害剤である、請求項8に記載の検査方法。
[請求項10]
前記ステップ(4)又は(4')で決定した又は変更した後の治療方針が、造血幹細胞移植の適応を含む、請求項5又は6に記載の検査方法。
[請求項11]
前記造血幹細胞移植が第1寛解期に実施される、請求項10に記載の検査方法。
[請求項12]
請求項5~11のいずれか一項に記載の検査方法で決定した又は変更した後の治療方針に従って前記急性リンパ性白血病患者を処置することを含む、急性リンパ性白血病の治療方法。
[請求項13]
ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤及び/又はプロテアソーム阻害剤を含む、MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子の形成で特徴付けられる急性リンパ性白血病患者を治療するための医薬。
[請求項14]
前記ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤がヒストン脱アセチル化酵素9阻害剤である、請求項13に記載の医薬。
[請求項15]
MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子の形成で特徴付けられる急性リンパ性白血病患者に対して、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤及び/又はプロテアソーム阻害剤を含む医薬を治療上有効量投与することを含む、急性リンパ性白血病の治療方法。
[請求項16]
前記ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤がヒストン脱アセチル化酵素9阻害剤である、請求項15に記載の治療方法。
[請求項17]
MEF2D遺伝子ではイントロン6又は7に切断点が存在し、BCL9遺伝子ではエクソン8又はイントロン9に切断点が存在する染色体逆位によって形成される、MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子の転写産物であるmRNAに相補的なDNAを特異的に増幅できるように設計したフォワードプライマーとリバースプライマーからなるプライマーセット。
[請求項18]
MEF2D遺伝子ではイントロン6又は7に切断点が存在し、BCL9遺伝子ではエクソン8又はイントロン9に切断点が存在する染色体逆位によって形成される、MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子を特異的に増幅できるように設計したフォワードプライマーとリバースプライマーからなるプライマーセット。
[請求項19]
請求項17又は18に記載のプライマーセットを含む、MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子の形成で特徴付けられる遺伝学的異常の検出用キット。
[請求項20]
前記プライマーセットとして以下のプライマーセットを含む、請求項19に記載の検出用キット:
MEF2D遺伝子のエクソン1~6の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるフォワードプライマーと、BCL9遺伝子のエクソン10の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるリバースプライマーからなるプライマーセット
[請求項21]
前記プライマーセットとして以下の(a1)~(a3)の中の一つ以上を含む、請求項19に記載の検出用キット:
(a1)MEF2D遺伝子のエクソン3~4の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるフォワードプライマーと、BCL9遺伝子のエクソン10の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるリバースプライマーからなるプライマーセット;
(a2)MEF2D遺伝子のエクソン5~6の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるフォワードプライマーと、BCL9遺伝子のエクソン10の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるリバースプライマーからなるプライマーセット;
(a3)MEF2D遺伝子のエクソン6の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるフォワードプライマーと、BCL9遺伝子のエクソン10の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるリバースプライマーからなるプライマーセット。
[請求項22]
前記プライマーセットとして以下の(b1)及び/又は(b2)を含む、請求項19に記載の検出用キット:
(b1)MEF2D遺伝子のエクソン2の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるフォワードプライマーと、BCL9遺伝子のエクソン10の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるリバースプライマーからなるプライマーセット;
(b2)MEF2D遺伝子のエクソン5の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるフォワードプライマーと、BCL9遺伝子のエクソン10の領域の一部分であって13塩基以上からなる部分に相補的な配列からなるリバースプライマーからなるプライマーセット。
[請求項23]
以下のステップ(i)~(iii)を含む、MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子の形成で特徴付けられる急性リンパ性白血病患者の治療に有効な物質のスクリーニング方法:
(i)MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子を発現する細胞を用意するステップ;
(ii)試験物質の存在下、前記細胞を培養するステップ;
(iii)細胞の生存数を測定し、前記試験物質の有効性を判定するステップ。
[請求項24]
MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子。
[請求項25]
MEF2D遺伝子ではイントロン6又は7に切断点が存在し、BCL9遺伝子ではエクソン8又はイントロン9に切断点が存在する染色体逆位によって生ずる、請求項24に記載の融合遺伝子。
[請求項26]
MEF2D遺伝子のエクソン1~6とBCL9遺伝子のエクソン10又はその一部を含む、請求項25に記載の融合遺伝子。
[請求項27]
配列番号11の配列と配列番号12の配列を含む、請求項26に記載の融合遺伝子。
[請求項28]
請求項24~27のいずれか一項に記載の融合遺伝子がコードする融合タンパク質。
[請求項29]
配列番号13の配列と配列番号14の配列を含む、請求項28に記載の融合タンパク質。
[請求項30]
請求項24~27のいずれか一項に記載の融合遺伝子の転写産物であるmRNAに相補的なDNA。
[請求項31]
配列番号15の配列と配列番号16の配列を含む、請求項30に記載のDNA。
[請求項32]
MEF2D遺伝子とBCL9遺伝子との融合遺伝子がコードする融合タンパク質を認識する抗体。
[請求項33]
前記融合タンパク質が、請求項28又は29に定義される融合タンパク質である、請求項32に記載の抗体。
  • Applicant
  • ※All designated countries except for US in the data before July 2012
  • NAGOYA UNIVERSITY
  • Inventor
  • OKUNO Yusuke
  • KOJIMA Seiji
  • SUZUKI Kyogo
  • KAWASHIMA Nozomu
  • SEKIYA Yuko
IPC(International Patent Classification)
Specified countries National States: AE AG AL AM AO AT AU AZ BA BB BG BH BN BR BW BY BZ CA CH CL CN CO CR CU CZ DE DJ DK DM DO DZ EC EE EG ES FI GB GD GE GH GM GT HN HR HU ID IL IN IR IS JP KE KG KH KN KP KR KW KZ LA LC LK LR LS LU LY MA MD ME MG MK MN MW MX MY MZ NA NG NI NO NZ OM PA PE PG PH PL PT QA RO RS RU RW SA SC SD SE SG SK SL SM ST SV SY TH TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN ZA ZM ZW
ARIPO: BW GH GM KE LR LS MW MZ NA RW SD SL SZ TZ UG ZM ZW
EAPO: AM AZ BY KG KZ RU TJ TM
EPO: AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR
OAPI: BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW KM ML MR NE SN ST TD TG
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