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OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, OLIGONUCLEOTIDE STRUCTURE OBTAINED BY USING OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, COMPOUND FOR SYNTHESIZING OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE AND METHOD FOR PRODUCING OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE commons meetings

Patent code P100000234
File No. GI-H20-50
Posted date Jun 19, 2009
Application number P2009-032022
Publication number P2010-189276A
Patent number P5424236
Date of filing Feb 13, 2009
Date of publication of application Sep 2, 2010
Date of registration Dec 6, 2013
Inventor
  • (In Japanese)北出 幸夫
Applicant
  • (In Japanese)国立大学法人岐阜大学
Title OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, OLIGONUCLEOTIDE STRUCTURE OBTAINED BY USING OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, COMPOUND FOR SYNTHESIZING OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE AND METHOD FOR PRODUCING OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE commons meetings
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an oligonucleotide derivative exhibiting good nuclease resistance.
SOLUTION: The oligonucleotide derivative has a unit having a benzene skeleton (1) bearing a fluoromethyl group as a substituent in place of a nucleoside.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)


特に注目される核酸技術としては、RNA干渉(RNAi)を利用した、特定遺伝子のノックダウン法が挙げられる。RNAiとは、二本鎖RNA(dsRNA)の働きによって、それと配列の相同な遺伝子の働きが抑制される現象をいう。RNAiによる遺伝子発現の抑制は、dsRNAがRNaseIIIファミリーの一種であるDicerによって認識され、切断されて21~23量体のsiRNAs(short interfering RNAs)となり、このsiRNAがRISC(RNA-induced silencing complex)に取り込まれ、続いて取り込まれたsiRNAに相同的なmRNAが中央部で切断され、分解されることによる。



しかしながら、生体内において外来性のDNAやRNAは、各種のヌクレアーゼに曝されており、特にRNAはヌクレアーゼにより分解されやすいため、意図したノックダウン効果が充分得られなかったり、ノックダウン効果を安定的に維持させるのが困難であったりするという問題があった。



こうした問題を解決するため、RNAを化学修飾してヌクレアーゼ抵抗性を向上させることが検討されている(非特許文献1~3)



例えば、siRNAについても、図3に示すように、様々な化学修飾が試みられている(非特許文献4)。また、本発明者は、siRNAの3’末端ダングリングエンドのリン酸ジエステル結合部分をカルバメート結合やウレア結合に変換し、これによって結合部分の負電荷をなくし、siRNAのヌクレアーゼ抵抗性とサイレンシング活性とを高めることに成功している(非特許文献5)。また、本発明者は、ヌクレオシドに替えてベンゼン骨格を有するユニットをRNA等の核酸オリゴマーに導入することによって、ヌクレアーゼ抵抗性を高めることにも成功し、さらには、ベンゼン骨格を導入するためのアミダイト試薬をCPG樹脂に修飾し、これを用いたヌクレオチドの修飾にも成功している(特許文献1)。

Field of industrial application (In Japanese)


本発明は、オリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド誘導体を用いたオリゴヌクレオチド構築物、オリゴヌクレオチド誘導体を合成するための化合物及びオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法に関する。



近年、DNAやRNAなど各種のオリゴヌクレオチドが治療、診断等の用途に用いられるようになってきている。例えば、診断用途においては、DNAチップやDNAマイクロアレイが挙げられ、治療用途では、治療関連遺伝子の導入ほか、疾患関連遺伝子のノックダウンによる発現抑制等が挙げられる。また、特定の分子と特異的に結合する核酸分子やペプチドであるアプタマーを治療薬として用いる試みもなされている。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
以下に示す式(3)で表されるオリゴヌクレオチド誘導体。
【化3】
 


式中、R1及びR2は、それぞれ独立して水素又はヒドロキシル保護基を表し、a、b及びcは独立して0以上の整数であって少なくとも1つが1以上であり、A及びBは独立して改変されてもよいオリゴヌクレオチドであってAとBとを合わせた鎖長が3以上のオリゴヌクレオチドを表す。ただし、A及びBにおいてオリゴヌクレオチドの3’末端と5’末端の水酸基を含まない。

【請求項2】
 
R1及びR2はHであることを特徴とする請求項1に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項3】
 
bは0であることを特徴とする請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項4】
 
a及びbはともに0であることを特徴とする請求項1乃至3のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項5】
 
cは1以上5以下であることを特徴とする請求項4記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項6】
 
A及びBは、所定の遺伝子mRNAの部分配列又はその相補配列を有する請求項1乃至5のいずれか1項記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項7】
 
A及びBを合わせた鎖長は、10以上35以下である請求項1乃至6のいずれか1項記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項8】
 
A及びBはオリゴリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項1乃至7のいずれか1項記載のオリゴヌクレオチド誘導体。

【請求項9】
 
遺伝子発現調節用オリゴヌクレオチド構築物であって、
請求項1乃至8のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘導体を有する構築物。

【請求項10】
 
1本鎖及び2本鎖DNA、1本鎖及び2本鎖RNA、DNA/RNAキメラ並びにDNA/RNAハイブリッドから選択される遺伝子発現調節用オリゴヌクレオチド構築物であって請求項9に記載の構築物。

【請求項11】
 
アンチジーン、アンチセンス、アプタマー、siRNA、miRNA、shRNA及びリポザイムから選択される請求項9又は10に記載の構築物。

【請求項12】
 
ダングリングエンド部分に以下の式(4)で表されるユニットを有する請求項9乃至11のいずれか1項記載の構築物。
【化4】
 



【請求項13】
 
siRNAであって、前記オリゴヌクレオチド誘導体において、a及びbは0であり、cは1又は2であり、3’末端ダングリングエンド部分に以下の式(4)で表されるユニットを含む請求項12記載の構築物。
【化5】
 



【請求項14】
 
遺伝子診断用オリゴヌクレオチド構築物であって、請求項1乃至8のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド誘導体を有する構築物。

【請求項15】
 
プローブ又はプライマーであることを特徴とする請求項14に記載の構築物。

【請求項16】
 
以下の式(5)で表される化合物(ただし式(5)のベンゼン環に直接結合する水素に替えて、水素以外の置換基が結合しているものも含む)。
【化6】
 


式中W1はヒドロキシル保護基を表し、W2はH、ホスホロアミダイト基又は固相担体に結合される若しくは結合されたコハク酸エステルリンカー、シュウ酸エステルリンカー、シランジイルリンカー及びシリルリンカーのいずれかの連結基を表す。

【請求項17】
 
siRNAのダングリングエンドユニット用である請求項16に記載の化合物。

【請求項18】
 
請求項16に記載の化合物から選択される1種又は2種以上を用いることを特徴とするオリゴヌクレオチドの修飾方法。
IPC(International Patent Classification)
F-term
State of application right Registered
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