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OLIGONUCLEOTIDE AND USE THEREOF

Patent code P110001520
File No. NU-0395
Posted date Jan 28, 2011
Application number P2010-206043
Publication number P2012-060901A
Patent number P5717169
Date of filing Sep 14, 2010
Date of publication of application Mar 29, 2012
Date of registration Mar 27, 2015
Inventor
  • (In Japanese)浅沼 浩之
  • (In Japanese)樫田 啓
  • (In Japanese)関口 康司
  • (In Japanese)近藤 展代
Applicant
  • (In Japanese)国立大学法人名古屋大学
Title OLIGONUCLEOTIDE AND USE THEREOF
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a detective system easily detectable of base's deletion and insertion.
SOLUTION: The detective system is provided, which uses an oligonucleotide having two kinds of units selected from a first unit represented by formula (1) (wherein, R1 is a 2-4C alkynylene group; R2 is a phenylene group; A1 is H, a phosphate group, or nucleotide or oligonucleotide linked via a phosphodiester linkage, and B1 represents a hydrogen atom, phosphate group, nucleotide or oligonucleotide), a second unit represented by formula (2) (wherein, R2 is H or a 1-4C alkylene group) and a quencher unit; wherein, the two kinds of units are set apart from nucleotide(s) of one or two or more bases.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)


潜在的な又は将来における疾病の発症可能性や薬剤の有効性や副作用を予め知得しておくことは、患者のQOL向上とともに医療経済的にも好ましい。このようなヒトや動物の各個体の特有の特性の検査には、遺伝子検査が適している。現在、遺伝子的な検査は、主として、一つの塩基が他の塩基に置換している一塩基多型(SNPs)を指向している。しかしながら、ヒトなどにおける遺伝子多型は、SNPsに限らず、一塩基の欠失や挿入に関するもの、及び二以上の塩基の挿入や欠失に広く及んでいる。SNPs以外の多型が、ヒトにおける遺伝子多型の75%を占めているという報告もある(非特許文献1)。



一方、SNPsを含めて遺伝子多型や変異を検出する方法は各種知られている(非特許文献2、非特許文献3)。また、蛍光色素としてペリレンを用い、1塩基欠失及び2塩基欠失を、2つのペリレンのそれぞれのモノマー発光から2分子会合によるエキシマー発光による波長シフトにより検出できることも報告されている(非特許文献4)

Field of industrial application (In Japanese)


本発明は、オリゴヌクレオチド及びその利用に関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
オリゴヌクレオチドであって、
1塩基以上6塩基以下のヌクレオチドで離間されて、第1のユニット;
【化20】
 


(式(1)中、R1は、炭素数2~4のアルキニレン基を表し、R2は、フェニレン基を表し、A1は、水素原子、リン酸基、ホスホジエステル結合を介して連結されるヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表し、B1は、水素原子、リン酸基、ヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表す。)
、第2のユニット;
【化21】
 


(式(2)中、R3は、炭素数2~4のアルキニレン基を表し、R4は、炭素数1~4のアルキレン基を表し、A1は、水素原子、リン酸基、ホスホジエステル結合を介して連結されるヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表し、B1は、水素原子、リン酸基、ヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表す。)、及び
クエンチャーユニットから選択される2種を備える、オリゴヌクレオチド。

【請求項2】
 
前記第1のユニットは、以下の式で表される、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド。
【化22】
 



【請求項3】
 
前記第2のユニットは、以下の式で表される、請求項1又は2に記載のオリゴヌクレオチド。
【化23】
 



【請求項4】
 
前記オリゴヌクレオチドは、3塩基以上の欠失変異又は挿入変異の検出用プローブである、請求項1~3のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。

【請求項5】
 
モレキュラービーコンを形成可能であって、モレキュラービーコン形成時におけるステムの一方の鎖に前記第1のユニット及び前記第2のユニットを備えるとともに、前記第1のユニット及び前記第2のユニットに対するクエンチャーを前記ステムの他方の鎖に備える、請求項1~4のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。

【請求項6】
 
オリゴヌクレオチドプローブ固定化体であって、
請求項1~5のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドをプローブとして固相担体に固定化された固定化体。

【請求項7】
 
欠失変異又は挿入変異の検査方法であって、
前記欠失変異又は前記挿入変異の存否をそれぞれの野生型との間で区別可能に構成した請求項1~5のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドと、被験DNA含有試料とを接触させる工程、
を備える、検出方法。

【請求項8】
 
前記被験DNA含有試料は、ヒト又は動物から採取したDNAを含む、請求項7に記載の検出方法。

【請求項9】
 
疾病の発症可能性の有無の検査方法である、請求項7又は8に記載の検査方法。

【請求項10】
 
欠失変異又は挿入変異の検査キットであって、
前記欠失変異又は前記挿入変異の存否をそれぞれの野生型との間で区別可能に構成した請求項1~5のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブを含む、キット。

【請求項11】
 
以下の式(3)で表される化合物。
【化24】
 


(式(3)中、R1は、炭素数2~4のアルキニレン基を表し、R2は、フェニレン基を表し、Peryleneは、ペリレン基を表す。C1は、水素原子又は水酸基保護基を表し、D1は、水素原子、水酸基保護基、ホスホアミダイト基又は固相担体に結合される若しくは結合された連結基を表す。)

【請求項12】
 
以下の式(4)で表される化合物。
【化25】
 


(式(4)中、R3は、炭素数2~4のアルキニレン基を表し、R4は、炭素数1~4のアルキレン基を表し、Peryleneは、ペリレン基を表す。C1は、水素原子又は水酸基保護基を表し、D1は、水素原子、水酸基保護基、ホスホアミダイト基又は固相担体に結合される若しくは結合された連結基を表す。)

【請求項13】
 
オリゴヌクレオチドであって、
第1のユニット;
【化26】
 


(式(1)中、R1は、炭素数2~4のアルキニレン基を表し、R2は、フェニレン基を表し、A1は、水素原子、リン酸基、ホスホジエステル結合を介して連結されるヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表し、B1は、水素原子、リン酸基、ヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表す。)
及び
第2のユニット;
【化27】
 


(式(2)中、R3は、炭素数2~4のアルキニレン基を表し、R4は、炭素数1~4のアルキレン基を表し、A1は、水素原子、リン酸基、ホスホジエステル結合を介して連結されるヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表し、B1は、水素原子、リン酸基、ヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを表す。)
のいずれか一方又は双方を備える、オリゴヌクレオチド。
IPC(International Patent Classification)
F-term
State of application right Registered
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