Top > Search of Japanese Patents > (In Japanese)RNA選択的ハイブリダイズ試薬及びその利用

(In Japanese)RNA選択的ハイブリダイズ試薬及びその利用

Patent code P110004622
File No. K027P09
Posted date Jul 25, 2011
Application number P2010-502852
Patent number P5201639
Date of filing Mar 11, 2009
Date of registration Feb 22, 2013
International application number JP2009054675
International publication number WO2009113580
Date of international filing Mar 11, 2009
Date of international publication Sep 17, 2009
Priority data
  • P2008-061751 (Mar 11, 2008) JP
Inventor
  • (In Japanese)上野 義仁
  • (In Japanese)北出 幸夫
Applicant
  • (In Japanese)国立研究開発法人科学技術振興機構
Title (In Japanese)RNA選択的ハイブリダイズ試薬及びその利用
Abstract (In Japanese)
【課題】
 、RNAに対して高い親和性を有するヌクレオシド誘導体を提供する。

【解決手段】
 以下の式(1)及び式(2)のいずれかで表されるヌクレオシド誘導体を用いる。
【化18】
 



(ただし、式(1)及び式(2)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、R1は、水素原子又は水酸基保護基を表し、R2は、水素原子又はホスホジエステル基を表す。)
【選択図】
 なし
Outline of related art and contending technology (In Japanese)


遺伝子発現産物につき、種々の解析手法が知られている。例えば、in situ ハイブリダイゼーション、蛍光共鳴エネルギー移動、蛍光偏光の解消等を利用した方法等が挙げられる。これらの各種解析手法において特定の塩基配列を検出するためのプローブやプライマーなどが用いられるが、解析の目的によりプローブ等に求められる特性は相違する。



これまで特定の塩基配列を検出するためのプローブ等につき、種々の修飾や改変がなされたヌクレオシド誘導体が開発されてきている。例えば、ペプチド核酸(PNA)やブリッジ型核酸(BNA)が挙げられる。さらに、糖部開環型のヌクレオチド誘導体も各種報告されている(非特許文献1~7)。また、塩基における環拡張型の修飾も試みられている(非特許文献8、9)



【非特許文献1】
P.E.Nielsen, M.Egholm, R.H.Berg, O.Buchardt, Science, 254, 497 (1991).
【非特許文献2】
S.Obika, D.Nanbu, Y.Hari, J.Andoh, K.Morio, T.Doi, T.Imanishi, Tetrahedron Lett., 39, 5401 (1998).
【非特許文献3】
K.C.Schneider, S.A.Benner, J. Am. Chem. Soc., 112, 453 (1990).
【非特許文献4】
K.Augustyns, A.V.Aerschot, A.V.Schepdael, C.Urbanke, P.Herdewijn, Nucleic Acids Res., 19, 2589 (1991).
【非特許文献5】
M.Azymah, C.Chavis, M.Lucas, F.Morvan, J.-L.Imbach, Nucleosides & Nucleotides, 11, 1241 (1992).
【非特許文献6】
P.Nielsen, F.Kirpekar, J.Wengel, Nucleic Acids Res., 22, 703 (1994).
【非特許文献7】
L.Zang, A.Peritz, E.Meggers, J. Am. Chem. Soc., 127, 4174 (2005).
【非特許文献8】
N.Minakawa, N.Kojima, S.Hikishima, T.Sasaki, A.Kiyosue, N.Atsumi, Y.Ueno, A.Matsuda, J. Am. Chem. Soc., 125, 9970 (2003).
【非特許文献9】
H.Liu, J.Gao, L.Maynard, Y.D.Saito, E.T.Kool, J. Am. Chem. Soc., 126, 1102 (2004).

Field of industrial application (In Japanese)


本発明は、RNAに対して高い選択性でハイブリダイズするハイブリダイズ試薬及びその用途に関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
以下の式(5)及び式(6)のいずれかで表される、1種又は2種以上のヌクレオチド誘導体単位を備える、RNAハイブリダイズ試薬。
【化15】
 


(ただし、式(5)及び式(6)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、X1は、O、S又はSeを表し、X2は、SH(若しくはS)、S又はSe、炭素数1~4個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。)

【請求項2】
 
前記ヌクレオチド誘導体単位は、式(5)で表され、前記Zは窒素原子ある、請求項1に記載のRNAハイブリダイズ試薬。

【請求項3】
 
前記ヌクレオチド誘導体単位を末端に備える、請求項1又は2に記載のハイブリダイズ試薬。

【請求項4】
 
ステム-ループ構造を形成可能な塩基配列を有し、前記ループに前記ヌクレオチド誘導体単位を備える、請求項1~3のいずれか一項に記載のハイブリダイズ試薬。

【請求項5】
 
RNA上の変異を検出するためのプローブセットであって、
以下の式(5)及び式(6)のいずれかで表される1種又は2種以上のヌクレオチド誘導体単位を前記変異部位に相当する5’末端又は3’末端に備える第1のプローブと、
前記変異部位において存在可能性のある塩基に相補的な塩基を有するデオキシヌクレオチドを前記変異部位に相当する3’末端又は5’末端に備える1種又は2種以上の第2のプローブと、
を含むプローブセット。
【化16】
 


(ただし、式(5)及び式(6)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、X1は、O、S又はSeを表し、X2は、SH(若しくはS)、S又はSe、炭素数1~4個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。)

【請求項6】
 
一塩基多型の検出方法であって、
以下のプローブセット:
以下の式(5)及び式(6)のいずれかで表されるヌクレオチド誘導体単位を前記一塩基多型部位に相当する5’末端又は3’末端に備える第1のプローブと、前記一塩基多型部位において存在可能性のある塩基に相補的な塩基を有するデオキシヌクレオチドを前記一塩基多型部位に相当する3’末端又は5’末端に備える1種又は2種以上の第2のプローブと、を含むプローブセット、
【化17】
 


(ただし、式(5)及び式(6)中、Zは、炭素原子又は窒素原子を表し、X1は、O、S又はSeを表し、X2は、SH(若しくはS)、S又はSe、炭素数1~4個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。)
から選択される1種の前記第1のプローブと1種の前記第2のプローブとを組み合わせて得られる1種又は2種以上の組み合わせで前記第1のプローブ及び前記第2のプローブと、前記一塩基多型を含む可能性のある遺伝子発現産物としてのRNA試料と、をハイブリダイゼーション可能に接触させる工程と、
前記RNA試料と前記第1のプローブと前記第2のプローブとのハイブリダイズ産物の前記第1のプローブに基づく蛍光シグナルを検出する工程と、
を備える、検出方法。
IPC(International Patent Classification)
F-term
Drawing

※Click image to enlarge.

JP2010502852thum.jpg
State of application right Registered
Reference ( R and D project ) PRESTO RNA and biofunctions AREA
Please contact us by E-mail or facsimile if you have any interests on this patent.


PAGE TOP

close
close
close
close
close
close
close