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METHOD AND KIT FOR TEST OF HEMATOPOIETIC ORGAN TUMOR achieved

Patent code P110005331
Posted date Aug 18, 2011
Application number P2007-033603
Publication number P2007-244377A
Patent number P4088694
Date of filing Feb 14, 2007
Date of publication of application Sep 27, 2007
Date of registration Mar 7, 2008
Priority data
  • P2006-037001 (Feb 14, 2006) JP
Inventor
  • (In Japanese)岡 剛史
  • (In Japanese)佐藤 妃映
  • (In Japanese)大内田 守
  • (In Japanese)吉野 正
Applicant
  • (In Japanese)国立大学法人岡山大学
Title METHOD AND KIT FOR TEST OF HEMATOPOIETIC ORGAN TUMOR achieved
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method and a kit for providing a data for the genetic diagnosis, usable for the diagnosis of hematopoietic organ tumor, especially adult T-cell leukemia lymphoma (ATLL), concretely usable for the specification of disease type or prediction of the progress of disease stage.
SOLUTION: Data for the diagnosis of hematopoietic organ tumor or data for estimating the possibility of the tumor in a preclinical stage or the possibility of onset can be attained by selecting two or more kinds of cancer-suppressing genes or cancer-relating genes in a specimen and examining the expression control level. Useful combination of the genes for the method is a gene group composed of SHP1 gene, p15 gene, p16 gene, p73 gene, hMLH gene, MGMT gene, DAPK gene and HCAD gene, two or more genes are selected from the gene group and the expression control levels of the selected genes are detected. It is preferable to at least select the SHP1 gene.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)

造血器腫瘍の遺伝子診断技術の開発研究が近年、急速に進展している(非特許文献1参照)。これは、造血器腫瘍およびこれに関係する遺伝子に関する医学的理解が深化するとともに、ゲノム研究ならびに遺伝子取り扱い技術の発展と相俟って、両者を結合する形で研究が進められていることによるものである。遺伝子診断の対象と内容も多岐にわたるが、(i)遺伝子異常を指標とした癌細胞の有無、(ii)癌の悪性度または薬剤、放射線へ
の感受性の癌細胞の性質、(iii)癌発症前の診断および発症リスク推定などに大別され
る。

造血器腫瘍を対象とする遺伝子診断のために、遺伝子発現を制御するプロモーター領域に存在するCpG島(CpG island)のメチル化を検出して造血細胞の増殖異常を識別する試みにおいて、造血細胞増殖の異常に関わると想定される遺伝子、約80種についてメチル化の探索が行なわれた(特許文献1参照)。

本発明者らは、一つの遺伝情報について造血器腫瘍細胞の有無を最大4ステップで確認するという特異性の高い方式をこれまでに提案してきた(特許文献2参照)。すなわち、造血器細胞を含む検体中に含まれる、造血器細胞に特異的なプロテインチロシンホスファターゼSHP1タンパク質またはmRNAを定量するとともに、検体から得られるSHP1遺伝子の塩基配列中に含まれるCpG島のDNAメチル化を同定し、さらに対立遺伝子の喪失を検出する方法である。

さらに本発明者は、検体中の細胞から核酸を抽出する工程を省くとともに、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により増幅させる工程を含めることにより、微量の細胞検体からメチル化されたDNAを検出することができる方法を開発した(特許文献3参照)。

遺伝子診断に供するデータには、対象とする造血器腫瘍に関わる遺伝子の発現変化と同定された病態とを、データに基づく統計的な裏づけのもとに結び付ける指標の提示が臨床現場サイドからは期待される。さらに、癌進行の予測、発症に至るリスクの推定に資することができるデータも望まれる。しかしながらそうしたデータを提供する検査方法の開発は、未だ造血器腫瘍については見当たらない。
【特許文献1】
特表2004-528837号公報
【特許文献2】
特開2004-128号公報
【特許文献3】
特開2005-58217号公報
【非特許文献1】
Harris NL, et al.,Hematology . 2001;1:194-220.,Staudt LM, Dave S. Adv Immunol. 2005;87:163-208

Field of industrial application (In Japanese)

本発明は、造血器腫瘍の検査方法およびキットに関し、詳しくは、検体中の少なくとも2種以上の癌抑制遺伝子または癌関連遺伝子の発現制御レベルを調べることにより、造血器腫瘍の診断のためのデータ、あるいは造血器腫瘍の前臨床期の状態にある可能性、または発症する可能性を評価するためのデータを提供する、造血器腫瘍の検査方法およびキットに関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
検体中のSHP1遺伝子、p15遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、M
GMT遺伝子、DAPK遺伝子およびHCAD遺伝子よりなる遺伝子群の遺伝子のプロモーター領域におけるCpG島のメチル化頻度を測定することにより、SHP1遺伝子、p15遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、MGMT遺伝子、DAPK遺伝子
およびHCAD遺伝子よりなる遺伝子セットのメチル化状態を成人T細胞白血病・リンパ腫の発症または進展を示すマーカーとして、成人T細胞白血病・リンパ腫の病型もしくは前臨床期状態を検出する検査方法。

【請求項2】
 
検体中のSHP1遺伝子、p15遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、M
GMT遺伝子、DAPK遺伝子およびHCAD遺伝子よりなる遺伝子群について、それらの遺伝子のプロモーター領域におけるCpG島のメチル化頻度を測定することによりCIMPを算出し、指標であるCIMPがポジティブであるか否かにより成人T細胞白血病・リンパ腫の病型もしくは前臨床期状態を検出する、請求項1に記載の検査方法。

【請求項3】
 
検体中のSHP1遺伝子、p15遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、M
GMT遺伝子、DAPK遺伝子およびHCAD遺伝子よりなる遺伝子群について、それらの遺伝子のプロモーター領域におけるCpG島のメチル化頻度を測定することにより平均MSP(+)遺伝子数を算出し、指標である平均MSP(+)遺伝子数が0.5を超える場
合の数値に基づいて成人T細胞白血病・リンパ腫の病型もしくは前臨床期状態を検出する、請求項1に記載の検査方法。

【請求項4】
 
前記成人T細胞白血病・リンパ腫の病型もしくは前臨床期状態は、HTLV-Iキャリアー、くすぶり型、慢性型、リンパ腫型または急性型のいずれかである、請求項1~3のいずれかに記載の検査方法。

【請求項5】
 
成人T細胞白血病・リンパ腫の診断のためのデータ、あるいは前臨床期の状態にある可能性、または発症する可能性を評価するためのCIMPまたは平均MSP(+)遺伝子数を提供することを特徴とする、請求項1~4のいずれかに記載の検査方法。

【請求項6】
 
前記遺伝子セットにおいて、HTLV-Iキャリアーまたは前臨床期状態を検出するデータを提供するために、SHP1遺伝子、p73遺伝子およびHCAD遺伝子を判別マーカ
ーとすることを特徴とする請求項1に記載の検査方法。

【請求項7】
 
検体中のSHP1遺伝子、p15遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、M
GMT遺伝子、DAPK遺伝子およびHCAD遺伝子よりなる遺伝子群について、それらの遺伝子のプロモーター領域におけるCpG島のメチル化頻度を測定することによりCIMPを算出し、指標であるCIMPの変化により、造血器腫瘍(成人T細胞白血病・リンパ腫を除く)の病型もしくは前臨床期状態の検出に適用される検査方法。

【請求項8】
 
前記メチル化頻度の測定にメチル化感受性制限酵素を用いることを特徴とする、請求項1~7のいずれかに記載の検査方法。

【請求項9】
 
前記メチル化頻度の測定を、検体を溶解して得た細胞溶解液を重亜硫酸塩で処理した後に行なうことを特徴とする、請求項1~8のいずれかに記載の検査方法。

【請求項10】
 
前記メチル化頻度の測定を、検体を溶解して得た細胞溶解液を直接に重亜硫酸塩で処理し、検体から遺伝子を抽出せずに行なうことを特徴とする、請求項9に記載の検査方法。

【請求項11】
 
前記検体が、扁桃、骨髄、リンパ節、消化器、呼吸器、脾臓、肝臓、感覚器、中枢神経系、運動器、皮膚および末梢血よりなる群から選択された器官、組織から採取された細胞含有検体であることを特徴とする、請求項1~10のいずれかに記載の検査方法。

【請求項12】
 
SHP1遺伝子、p15遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、MGMT遺
伝子、DAPK遺伝子およびHCAD遺伝子のメチル化検出用の増幅試薬、検体を溶解するための溶解液、重亜硫酸塩含有試薬を少なくとも含み、検体中のSHP1遺伝子、p15
遺伝子、p16遺伝子、p73遺伝子、hMLH遺伝子、MGMT遺伝子、DAPK遺伝子およびHCAD遺伝子よりなる遺伝子セットのプロモーター領域におけるCpG島のメチル化プロファイルを作製し、成人T細胞白血病・リンパ腫のHTLV-Iキャリアー、くすぶり型、慢性型、リンパ腫型または急性型のいずれであるかを検出するためのキット。

【請求項13】
 
前記検体が、扁桃、骨髄、リンパ節、消化器、呼吸器、脾臓、肝臓、感覚器、中枢神経系、運動器、皮膚および末梢血よりなる群から選択された器官、組織から採取された細胞含有検体であることを特徴とする、請求項12に記載のキット。
IPC(International Patent Classification)
F-term
State of application right Registered
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技術移転に関しては岡山TLOが窓口になります。


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