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METHOD FOR APPRAISING VARIETY OF RICE PLANT OR TISSUE DERIVED FROM THE SAME, OR PROCESSED PRODUCT OF THE SAME

Patent code P120007434
Posted date May 1, 2012
Application number P2010-202983
Publication number P2012-055253A
Patent number P5749466
Date of filing Sep 10, 2010
Date of publication of application Mar 22, 2012
Date of registration May 22, 2015
Inventor
  • (In Japanese)岸根 雅宏
Applicant
  • (In Japanese)国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
Title METHOD FOR APPRAISING VARIETY OF RICE PLANT OR TISSUE DERIVED FROM THE SAME, OR PROCESSED PRODUCT OF THE SAME
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for appraising varieties of rice plants utilizing highly discriminable SSR regions of 4-base repetition.
SOLUTION: There are provided with: the method for appraising varieties of rice plants, tissue derived from the same, or processed products of the same based on genetic polymorphism of SSR regions of 4-base repetition (e.g., RM10000, RM11499, RM12927, RM14137, RM15043, RM15764, RM16604, RM17039, RM18204, RM18950, RM19232, RM20092, RM21367, RM21859, RM22194, RM23036, RM23778, RM24481, RM25036, RM25416, RM26245, RM26957, RM27695, and RM28174); a pair of primers and a set of primer pairs for amplifying SSR regions of 4-base repetition in rice plants.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)

JAS法に基づき、玄米および精米には、「品種」の表示が義務づけられている。しかしながら、高値で取引されるコシヒカリを中心とした良食味品種では偽装表示が後を絶たず、偽装表示を明らかとするための分析法として、また抑止力として、品種固有のDNAを用いた品種識別技術の開発が進められてきた。その結果、主要品種の識別が可能となり、また抑止力としても一定の効果を発揮しているが、従来技術はあくまでイネの品種「識別」法であり、証拠能力を担保した鑑定法とするためには、ヒトのDNA鑑定レベルへの精度向上が必要である。

これまでに開発された米の品種識別法は、利用する技術背景によってRAPD-STS法(特許文献1、2)、SNP法(特許文献3、4)、SSR(Simple Sequence Repeats)法(特許文献5~7)の3つに大きく分けられる。RAPD-STS法は、ランダムプライマーによる分析を元に開発された手法で、DNA増幅の有無を検出する。SNP法は、ゲノム中の一塩基置換を検出する。SSR法は、ゲノム中の2~4塩基単位の反復配列の反復数(配列長)を検出する。

Field of industrial application (In Japanese)

本発明は、イネまたはそれに由来する組織(例、米)、あるいはそれらの加工品の品種鑑定法などに関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
被験ゲノムDNAにおける、4塩基反復のSSR領域の遺伝的多型に基づいてイネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種を鑑定する、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の鑑定法であって、
RM12927を、朝日、こがねもち、又は山田錦の鑑定に使用すること、
RM14137を、ヒヨクモチ、又は五百万石の鑑定に使用すること、
RM16604を、ヒヨクモチ、又はわたぼうしの鑑定に使用すること、
RM17039を、朝日の鑑定に使用すること、
RM18204を、彩のかがやきの鑑定に使用すること、
RM22194を、こいしぶきの鑑定に使用すること、
RM23036を、はくちょうもち、又は美山錦の鑑定に使用すること、
RM24481を、ヒヨクモチの鑑定に使用すること、
RM25036を、まっしぐら、又はハナエチゼンの鑑定に使用すること、
RM26957を、秋の詩、又はヒメノモチの鑑定に使用すること、および/または
RM28174を、ななつぼし、又はあきまさりの鑑定に使用すること、
を特徴とする、鑑定法

【請求項2】
 
以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せである、イネにおける4塩基反復のSSR領域を増幅するためのプライマー対を用いる、請求項1記載の鑑定法:
3a)配列番号3に示される塩基配列における1~454番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号3に示される塩基配列における547~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
3b)配列番号3に示される塩基配列における1~454番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号3に示される塩基配列における547~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
4a)配列番号4に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号4に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
4b)配列番号4に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号4に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ
7a)配列番号7に示される塩基配列における1~472番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号7に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
7b)配列番号7に示される塩基配列における1~472番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号7に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
8a)配列番号8に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号8に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
8b)配列番号8に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号8に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
9a)配列番号9に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号9に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
9b)配列番号9に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号9に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ
15a)配列番号15に示される塩基配列における1~473番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号15に示される塩基配列における527~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
15b)配列番号15に示される塩基配列における1~473番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号15に示される塩基配列における527~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
16a)配列番号16に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号16に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
16b)配列番号16に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号16に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ
18a)配列番号18に示される塩基配列における1~454番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号18に示される塩基配列における547~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
18b)配列番号18に示される塩基配列における1~454番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号18に示される塩基配列における547~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
19a)配列番号19に示される塩基配列における1~464番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号19に示される塩基配列における537~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
19b)配列番号19に示される塩基配列における1~464番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号19に示される塩基配列における537~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ
22a)配列番号22に示される塩基配列における1~472番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号22に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
22b)配列番号22に示される塩基配列における1~472番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号22に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ
24a)配列番号24に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号24に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
24b)配列番号24に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号24に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ
であり、
ここで、前記少なくとも一部の塩基配列が、15個以上のヌクレオチド残基からなり、
前記その均等な塩基配列が、15個以上のヌクレオチド残基からなり、かつイネの品種間における塩基配列のバリエーションに対応する

【請求項3】
 
以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せを2以上含み、かつ当該2以上の組合せのうちの少なくとも1つが請求項2記載のプライマーの組合せを含むプライマー対のセットを用いる、請求項2記載の鑑定法:
1)下記の1a)および1b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
1a)配列番号1に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1b)配列番号1に示される塩基配列における1~470番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における531~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2)下記の2a)および2b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
2a)配列番号2に示される塩基配列における1~474番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における527~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2b)配列番号2に示される塩基配列における1~474番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における527~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
3)請求項2記載の3a)および3b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
4)請求項2記載の4a)および4b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
5)下記の5a)および5b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
5a)配列番号5に示される塩基配列における1~472番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号5に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
5b)配列番号5に示される塩基配列における1~472番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号5に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
6)下記の6a)および6b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
6a)配列番号6に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号6に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
6b)配列番号6に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号6に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
7)請求項2記載の7a)および7b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
8)請求項2記載の8a)および8b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
9)請求項2記載の9a)および9b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
10)下記の10a)および10b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
10a)配列番号10に示される塩基配列における1~455番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号10に示される塩基配列における545~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
10b)配列番号10に示される塩基配列における1~455番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号10に示される塩基配列における545~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
11)下記の11a)および11b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
11a)配列番号11に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号11に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
11b)配列番号11に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号11に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
12)下記の12a)および12b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
12a)配列番号12に示される塩基配列における1~471番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号12に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
12b)配列番号12に示される塩基配列における1~471番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号12に示される塩基配列における529~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
13)下記の13a)および13b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
13a)配列番号13に示される塩基配列における1~459番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号13に示される塩基配列における541~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
13b)配列番号13に示される塩基配列における1~459番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号13に示される塩基配列における541~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
14)下記の14a)および14b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
14a)配列番号14に示される塩基配列における1~464番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号14に示される塩基配列における537~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
14b)配列番号14に示される塩基配列における1~464番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号14に示される塩基配列における537~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
15)請求項2記載の15a)および15b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
16)請求項2記載の16a)および16b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
17)下記の17a)および17b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
17a)配列番号17に示される塩基配列における1~460番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号17に示される塩基配列における541~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
17b)配列番号17に示される塩基配列における1~460番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号17に示される塩基配列における541~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
18)請求項2記載の18a)および18b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
19)請求項2記載の19a)および19b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
20)下記の20a)および20b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
20a)配列番号20に示される塩基配列における1~482番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号20に示される塩基配列における519~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
20b)配列番号20に示される塩基配列における1~482番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号20に示される塩基配列における519~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
21)下記の21a)および21b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
21a)配列番号21に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号21に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
21b)配列番号21に示される塩基配列における1~476番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号21に示される塩基配列における525~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
22)請求項2記載の22a)および22b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
23)下記の23a)および23b)のいずれか1つのプライマーの組合せ;
23a)配列番号23に示される塩基配列における1~474番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号23に示される塩基配列における527~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
23b)配列番号23に示される塩基配列における1~474番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号23に示される塩基配列における527~1000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
24)請求項2記載の24a)および24b)のいずれか1つのプライマーの組合せ
であり、
ここで、前記少なくとも一部の塩基配列が、15個以上のヌクレオチド残基からなり、
前記その均等な塩基配列が、15個以上のヌクレオチド残基からなり、かつイネの品種間における塩基配列のバリエーションに対応する
IPC(International Patent Classification)
F-term
State of application right Registered


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