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TEST METHOD AND TEST KIT FOR PREDICTING THERAPEUTIC EFFECT FOR CHRONIC HEPATITIS C

Patent code P120007648
File No. S2011-0087
Posted date Jun 13, 2012
Application number P2011-099087
Publication number P2012-105634A
Patent number P5070552
Date of filing Apr 27, 2011
Date of publication of application Jun 7, 2012
Date of registration Aug 31, 2012
Priority data
  • P2010-241651 (Oct 28, 2010) JP
Inventor
  • (In Japanese)加藤 宣之
  • (In Japanese)池田 正徳
  • (In Japanese)是永 匡紹
  • (In Japanese)日野 啓輔
Applicant
  • (In Japanese)国立大学法人 岡山大学
  • (In Japanese)学校法人 川崎学園
Title TEST METHOD AND TEST KIT FOR PREDICTING THERAPEUTIC EFFECT FOR CHRONIC HEPATITIS C
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a marker capable of achieving a more accurate result of prediction as a marker for predicting a therapeutic effect for the chronic hepatitis C.
SOLUTION: This invention relates to the marker for predicting the therapeutic effect for the chronic hepatitis C which is oligonucleotide or polynucleotide containing a single-nucleotide polymorphism rs8113007; and the test method and test kit for predicting the therapeutic effects for the chronic hepatitis C by detecting the marker.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)


C型肝炎ウイルス(HVC)感染者は国内に約200万人、世界で約2億人と推定されており、人類の生命を脅かす病原微生物の中でも最も影響の大きいものの1つである。HVCの感染者の6割以上がC型慢性肝炎へと移行すると考えられている。C型慢性肝炎は長い年月を経て、肝硬変や肝がんに進行することがあり、定期的な観察が必要とされるとともに、有効な治療方法が望まれている。現在C型慢性肝炎に対して、最も有効性の高い治療法はペグインターフェロン(PEG-IFN)とリバビリン(RBV)の併用療法(以下「PEG-IFN/RBV併用療法」と称する)だが、その有効性は最大50%程度にとどまっている。



2009年に日本および米国の研究グループにより、C型慢性肝炎患者におけるペグインターフェロンとリバビリンの併用療法(PEG-IFN/RBV併用療法)の効果予測に重要なIL28B遺伝子の近傍の一塩基多型(SNP)が報告された(非特許文献1~4)。IL28Bは、IFN-λ3とも呼ばれる抗ウイルス活性を有するサイトカインである。Geらは、IL28B遺伝子の3018塩基上流に存在するrs12979860をPEG-IFN/RBV併用療法における最も有意な予測因子の一塩基多型(SNP)として報告した。またTanakaらは、PEG-IFN/RBV併用療法における有意な予測因子としてIL28B遺伝子の7396塩基上流に存在するrs8099917を報告しており、rs8099917について、PEG-IFN/RBV併用療法により高いHCV完全除去(SVR)率となるT/Tをメジャー(Major)と定義し、低いSVR率となるG/Gをマイナー(Minor)、T/Gをヘテロ(Hetero)と定義した。



上記のように、PEG-IFN/RBV併用療法における予測因子として、IL28B遺伝子近傍に位置するrs12979860、rs8099917などのSNPが報告されているが、より精度が高く、かつ臨床において簡便に使用することできるC型慢性肝炎の治療効果を予測するためのマーカーの開発が望まれている。



ヒトゲノム上のSNPとして、現在約千数百万のSNPが報告されている。非特許文献1~4では、IL28B遺伝子近傍のSNP同定に市販のアレイを用いている。用いられたアレイのうち、Illumina社のアレイが約60万のSNP、Affimetrix社のアレイが約90万のSNPをカバーしているが、これらはヒトゲノム上の現在報告されているSNPと比較すると、極めて少ない。現在、SNP全体の9割以上については、市販のアレイ解析では同定ができない。

Field of industrial application (In Japanese)


本発明は、C型慢性肝炎の治療効果を予測するためのマーカー、C型慢性肝炎の治療効果を予測するための検査方法及び検査用キットに関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
下記の工程を含む、ペグインターフェロンとリバビリンの併用療法によるC型慢性肝炎治療効果予測のための検査方法:
(1)被検者から取得したサンプルにおいて、一塩基多型のrs8113007についてアリルの遺伝子型を制限酵素を用いて決定する工程;
(2)一塩基多型のrs8113007のアリルの遺伝子型が、アデニンのホモ接合型である場合に、治療有効性があると予測する工程。

【請求項2】
 
請求項1の(1)の工程が以下の工程を含む、請求項1に記載のC型慢性肝炎治療効果予測のための検査方法:
(1-1)一塩基多型のrs8113007を含む領域を増幅する工程;
(1-2)増幅されたヌクレオチド断片を、一塩基多型のrs8113007がアデニンである塩基配列を特異的に認識する制限酵素により切断する工程;
(1-3)制限酵素により切断して得られたヌクレオチド断片の大きさを確認することにより、一塩基多型のrs8113007についてアリルの遺伝子型を決定する工程。

【請求項3】
 
前記制限酵素が、BpmIである、請求項1又は2に記載のC型慢性肝炎治療効果予測のための検査方法。

【請求項4】
 
請求項1の(2)の工程において、一塩基多型のrs8113007のアリルの遺伝子型がアデニンのホモ接合型の場合に、ペグインタ-フェロンとリバビリンの併用療法によるC型慢性肝炎の治療有効性が90%以上と予測する、請求項1~3のいずれか1に記載のC型慢性肝炎治療効果予測のための検査方法。

【請求項5】
 
少なくとも以下の1)及び2)を含む、請求項1~4のいずれか1に記載のC型慢性肝炎治療効果予測のための検査方法に用いられる検査用キット:
1)一塩基多型のrs8113007を含む領域を増幅するための少なくとも一組のプライマーセット;
2)一塩基多型のrs8113007を含むヌクレオチド断片において、一塩基多型のrs8113007がアデニンである塩基配列を特異的に認識する制限酵素。

【請求項6】
 
前記制限酵素が、BpmIである、請求項5に記載の検査用キット。
IPC(International Patent Classification)
F-term
Drawing

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JP2011099087thum.jpg
State of application right Registered
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