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METHOD OF DETERMINING INTEGRATION SITE TO VIRUS DNA HOST GENOME AND APPLICATION THEREOF UPDATE_EN

Patent code P150012571
File No. (S2014-0171-N0)
Posted date Nov 20, 2015
Application number P2014-254873
Publication number P2015-133957A
Patent number P6551823
Date of filing Dec 17, 2014
Date of publication of application Jul 27, 2015
Date of registration Jul 12, 2019
Priority data
  • P2013-261438 (Dec 18, 2013) JP
Inventor
  • (In Japanese)伊東 文生
  • (In Japanese)渡邊 嘉行
Applicant
  • (In Japanese)学校法人聖マリアンナ医科大学
Title METHOD OF DETERMINING INTEGRATION SITE TO VIRUS DNA HOST GENOME AND APPLICATION THEREOF UPDATE_EN
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a technique available for the diagnosis of virus associated diseases.
SOLUTION: An integration site to a host genome of virus nucleic acid can be determined by hybridizing a fragmented DNA of a host genome using as a bait a primer produced based on virus sequences to perform next-generation sequence analysis. Furthermore, the risk of the development or aggravation of virus associated diseases can be evaluated based on the methylation frequency which is measured in the integration site.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)

B型肝炎ウイルス(HBV)は、世界中で20億人に感染し、そのうち4億人は慢性感染となり、活動性肝炎、肝硬変及び肝細胞癌(HCC)のリスクが高い。慢性肝疾患を伴うHBV感染者は、100倍高いHCC発症のリスクを有し、世界で3番目の癌死の原因となっている。HBV関連HCCケースの90%は、ヒトゲノムへのHBVのDNAの組み込みが認められる。ヒトパピローマウイルス(HPV)は、子宮頸癌及び尖圭コンジローマの原因ウイルスとして知られている。全世界で年間3億人に対する子宮頸部への感染が認められ、子宮頸癌患者のほぼ100%からHPVは検出される。子宮頸癌の発症についても、ヒトゲノムへのHPVのDNAの組み込みが原因であることが知られている。

Field of industrial application (In Japanese)

本発明は、ウイルスDNAの宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する方法及びその応用に関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位に対応する、非組み込みアレルにおけるDNAメチル化頻度を測定する方法であって、
a)ウイルス核酸とハイブリダイズするプライマーからなるプライマーライブラリーを準備する工程であって、プライマーライブラリーはウイルスの全核酸領域をカバーするものであり、プライマーは標識されている、工程
b)宿主ゲノムを断片化する工程
c)宿主ゲノムの断片化DNAを増幅する工程
d)宿主ゲノムの断片化DNAとプライマーをハイブリダイズする工程
e)宿主ゲノムの断片化DNA及びプライマーのハイブリッドを回収する工程
f)回収したハイブリッドからプライマーを除去する工程
g)プライマーが除去された宿主ゲノムの断片化DNAの配列決定を行い、ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位を決定する工程
h)ウイルス核酸の宿主ゲノムへの組み込み部位に対応する、非組み込みアレルにおいてDNAメチル化頻度を測定する工程
を含む方法。

【請求項2】
 
ウイルスに感染した患者におけるウイルス関連疾患の発症のリスク又は重症化のリスクの指標を得る方法であって、
a)ウイルス核酸とハイブリダイズするプライマーからなるプライマーライブラリーを準備する工程であって、プライマーライブラリーはウイルスの全DNA領域をカバーするものであり、プライマーは標識されている、工程
b)患者のゲノムを断片化する工程
c)患者のゲノムの断片化DNAを増幅する工程
d)患者のゲノムの断片化DNAとプライマーをハイブリダイズする工程
e)患者のゲノムの断片化DNA及びプライマーのハイブリッドを回収する工程
f)回収したハイブリッドからプライマーを除去する工程
g)プライマーが除去された患者のゲノムの断片化DNAの配列決定を行い、ウイルス核酸の患者のゲノムへの組み込み部位を決定する工程
h)ウイルス核酸の患者のゲノムへの組み込み部位に対応する、非組み込みアレルにおいてDNAメチル化頻度を測定する工程
を含み、
DNAメチル化頻度をウイルス関連疾患の発症のリスク又は重症化のリスクの指標とする、
方法。
IPC(International Patent Classification)
F-term
State of application right Registered
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