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METHOD FOR DISCRIMINATING BACTERIA

Patent code P160013062
File No. H13-003
Posted date Jun 29, 2016
Application number P2001-309293
Publication number P2003-116554A
Patent number P3694739
Date of filing Oct 5, 2001
Date of publication of application Apr 22, 2003
Date of registration Jul 8, 2005
Inventor
  • (In Japanese)丸本 卓哉
  • (In Japanese)横山 和平
  • (In Japanese)立石 貴浩
  • (In Japanese)齋藤 雅典
Applicant
  • (In Japanese)国立大学法人山口大学
Title METHOD FOR DISCRIMINATING BACTERIA
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for discriminating bacteria, capable of discriminating their specific phylogeny at levels of their hyphae and mycorrhizae.
SOLUTION: This method for discriminating bacteria comprises conducting isozyme analyses and nucleic acid analyses of one kind of bacteria and another kind of bacteria and comparing them so as to discriminate between both the kinds of the bacteria.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)

従来、菌類の識別方法として、菌糸、胞子、及び繁殖器官等の形態的特徴に基づく方法が知られている。具体的に、胞子等の形態的特徴に基づく方法とは、分生子、胞子、子のう果、子のう、子のう胞子、接合胞子、担子胞子等の大きさを比較して、菌類の同定、分類を行なう方法である。

Field of industrial application (In Japanese)

本発明は、菌類の識別方法に関し、特に、アイソザイムの分析及び核酸分析を行なうことによる菌類の識別方法に関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
VA菌根菌と未知の菌類について、アイソザイム分析、及び核酸分析を行ない両菌類を比較することによって菌類を識別することを特徴とする菌類の識別方法であって、
核酸分析が、前記未知の菌類についての、配列表の配列番号1の塩基番号1-235で示される塩基配列の有無の調査であることを特徴とする菌類の識別方法。

【請求項2】
 
核酸分析が、配列表の配列番号1の塩基番号1-235で示される塩基配列に一部又は全部が相補的な塩基配列を有するDNA断片をプローブとして、前記プローブと相補的な塩基配列が前記未知の菌類に存在するか否かの分析であることを特徴とする請求項1記載の菌類の識別方法。

【請求項3】
 
前記未知の菌類についての、配列表の配列番号1の塩基番号1-235で示される塩基配列の有無の調査を、前記塩基配列に基づき、VA菌根菌のゲノムDNAにハイブリダイズするプライマーを設計し、当該プライマー数種および既知のプライマーの組み合わせによりPCRを実施することで、再現性の良い未知の菌類に特異的なバンドを構成する塩基配列を検出することにより行なうことを特徴とする請求項1又は2項に記載の方法。

【請求項4】
 
前記相補的な塩基配列の分析を、前記プローブと前記未知の菌類に特異的なバンドを構成する塩基配列に対するハイブリダイゼーションにより行なう請求項2又は3項に記載の識別方法。

【請求項5】
 
前記プローブが配列表の配列番号2の塩基番号1-45で示される塩基配列からなることを特徴とする請求項24項のいずれか1項に記載の方法。

【請求項6】
 
菌類が、同種に属するか否かを識別することを特徴とする請求項1~5項のいずれか1項に記載の方法。

【請求項7】
 
菌類が、同系統に属するか否かを識別することを特徴とする請求項1~6項のいずれか1項に記載の方法。

【請求項8】
 
アイソザイムが、酸性フォスファターゼ(ACP)、アルカリフォスファターゼ(AKP)、エステラーゼ(EST)、グルタミン酸-オキサロ酢酸トランスアミナーゼ(GOT)、へキソキナーゼ(HK)、ロイシンアミノぺプチダーゼ(LAP)、リンゴ酸脱水素酵素(MDH)、アラニンアミノぺプチダーゼ(AAP)、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ(AAT)、アコニターゼ(ACO)、アルコール脱水素酵素(ADH)、アミラーゼ(AMY)、ジアホラーゼ(DIA)、フマラーゼ(FM)、グルタミン酸脱水素酵素(GDH)、グリセリン酸脱水素酵素(G2D)、グルコキナーゼ(GK)、グルコース-6-リン酸脱水素酵素(G6PD)、グルタチオンレダクターゼ(GR)、リンゴ酸酵素pH8.0(ME8)、リンゴ酸酵素pH7.0(ME7)、メナジオンレダクターゼ(MNR)、6-ホスホグルコン酸脱水素酵素(6PGD)、ホスホグルコースイソメラーゼ(PGI)、ホスホグルコムターゼ(PGM)、パーオキシダーゼ(POD)、シキミ酸脱水素酵素(SKD)、ソルビトール脱水素酵素(SODH)、トリオースリン酸イソメラーゼ(TPI)、及びテトラゾリウム酸化酵素(TZO)からなる群から選択される少なくとも1種であることを特徴とする請求項1~7項のいずれか1項に記載の方法。

【請求項9】
 
形態的特徴に基づき菌類を選別した後、前記アイソザイム分析及び核酸分析を行なうことを特徴とする請求項1~8項のいずれか1項に記載の方法。

【請求項10】
 
形態的特徴が、接合胞子、配偶子、遊走子、遊走子のう、休眠胞子のう、厚膜のう、配偶子のう、胞子のう胞子、分生子、胞子のう、胞子のう柄、仮根、小胞子のう、菌糸、偽接合胞子、子のう果、子のう、子のう胞子、担子胞子、担子器、分生子柄、分生子柄束、分生子果、クランプ形成、隔壁、菌根からなる群から選択される少なくとも1種の大きさ及び/又は形態等の特徴であることを特徴とする請求項9記載の方法。

【請求項11】
 
組織化学的特徴に基づき菌類を選別した後、前記アイソザイム分析及び核酸分析を行なうことを特徴とする請求項1~10項のいずれか1項に記載の方法。

【請求項12】
 
組織化学的特徴が、自家蛍光及び/又は糖鎖の存在であることを特徴とする請求項11記載の方法。
IPC(International Patent Classification)
F-term
State of application right Registered
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