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METHOD FOR OBTAINING INDEX FOR EXAMINING ONSET OR ONSET RISK OF A BONE MARROW TUMOR IN HUMAN, METHOD FOR OBTAINING INDEX FOR PREDICTING PRESENCE OR FUTURE OCCURRENCE OF SOMATIC MUTATION OF DDX41 GENE IN HUMAN, AND KIT FOR THESE TESTS OR PREDICTIONS

Patent code P180015570
File No. 5214
Posted date Nov 22, 2018
Application number P2015-239547
Publication number P2017-104035A
Date of filing Dec 8, 2015
Date of publication of application Jun 15, 2017
Inventor
  • (In Japanese)小川 誠司
  • (In Japanese)牧島 秀樹
  • (In Japanese)吉田 健一
Applicant
  • (In Japanese)国立大学法人京都大学
Title METHOD FOR OBTAINING INDEX FOR EXAMINING ONSET OR ONSET RISK OF A BONE MARROW TUMOR IN HUMAN, METHOD FOR OBTAINING INDEX FOR PREDICTING PRESENCE OR FUTURE OCCURRENCE OF SOMATIC MUTATION OF DDX41 GENE IN HUMAN, AND KIT FOR THESE TESTS OR PREDICTIONS
Abstract PROBLEM TO BE SOLVED: To provide means for examining the onset or onset risk of a bone marrow tumor in a human, especially the yellow race.
SOLUTION: According to the present invention, a method for obtaining an index for examining the onset or onset risk of a bone marrow tumor in a human is a method that detects one or more germ cell mutations in the DDX41 gene. Such mutations mutate one or more amino acids selected from those at positions 500, 259, 363, 364, 3, 7, 35, 187, and 256 of a specific amino acid sequence of a polypeptide encoded by the wild-type DDX41 gene. The method further detects one or more mutations at positions selected from positions 1496, 776, 1088 to 1090, 7, 19, 104, 560, and 766 in another specific cDNA base sequence.
Outline of related art and contending technology (In Japanese)

骨髄異形成症候群(MDS)および急性骨髄性白血病(AML)はいずれも骨髄腫瘍に分類される疾患でMDS発症後AMLへ移行すると考えられている。両疾患は中高年齢で発症するため、発症と関連する遺伝子変異はこれまで後天性の遺伝子変異(体細胞変異)であると考えられていた。しかし、発明者らはコーカサス人種のMDS・AML患者と健常者を対象に遺伝子解析を行い、MDS・AML患者の中にDDX41遺伝子の胚細胞変異を有する症例が認められること、当該変異が遺伝するとほぼ全例でMDS又はAMLが発症することを初めて報告している(非特許文献1)。

Field of industrial application (In Japanese)

本発明は、ヒトにおける骨髄異形成症候群(MDS)、急性骨髄性白血病(AML)等の骨髄腫瘍の発症又は発症リスクを検査する方法、検査のための指標の取得方法、ヒトにおけるDDX41遺伝子の体細胞変異の存在又は将来的な発生を予測する方法、予測のための指標の取得方法並びに、これらの方法のためのキットに関する。

Scope of claims (In Japanese)
【請求項1】
 
ヒトにおける骨髄腫瘍の発症又は発症リスクを検査するための指標の取得方法であって、
野生型DDX41遺伝子によりコードされるポリペプチドの配列番号2に示すアミノ酸配列において第500位、第259位、第363位、第364位、第3位、第7位、第35位、第187位及び第256位からなる群から選択される1以上のアミノ酸での変異を生じる、DDX41遺伝子の1以上の胚細胞変異を検出することを特徴とする方法。

【請求項2】
 
前記アミノ酸での変異が、配列番号2に示すアミノ酸配列における、
第500位のアラニンのフレームシフト変異、
第259位のチロシンのシステインへの置換、
第363位のセリン及び第364位のチロシンの、1つのチロシンへの置換、又は、第363位のセリンの欠失、
第3位のグルタミン酸のリジンへの置換、
第7位のグルタミン酸のナンセンス変異、
第35位のプロリンのアルギニンへの置換、
第187位のリジンのアルギニンへの置換、及び
第256位のグルタミン酸のリジンへの置換
からなる群から選択される1以上の変異である、請求項1に記載の方法。

【請求項3】
 
DDX41遺伝子の変異が、配列番号1に示す野生型DDX41のcDNA塩基配列における位置として、
第1496位のシトシンの重複、
第776位のアデニンのグアニンへの置換、
第1088位から第1090位のシトシン-シトシン-チミンの欠失、又は、第1087位から第1089位のチミン-シトシン-シトシンの欠失、
第7位のグアニンのアデニンへの置換、
第19位のグアニンのチミンへの置換、
第104位のシトシンのグアニンへの置換、
第560位のアデニンのグアニンへの置換、及び
第766位のグアニンのアデニンへの置換、
からなる群から選択される1以上の変異である、請求項1又は2に記載の方法。

【請求項4】
 
前記アミノ酸での変異が、配列番号2に示すアミノ酸配列における、
第500位のアラニンのフレームシフト変異、及び
第259位のチロシンのシステインへの置換、
のうち1以上の変異である、請求項2に記載の方法。

【請求項5】
 
DDX41遺伝子の変異が、配列番号1に示す野生型DDX41のcDNA塩基配列における位置として、
第1496位のシトシンの重複、及び
第776位のアデニンのグアニンへの置換、
のうち1以上の変異である、請求項3に記載の方法。

【請求項6】
 
骨髄腫瘍が、骨髄異形成症候群(MDS)及び/又は急性骨髄性白血病(AML)である、請求項1~5のいずれか1項に記載の方法。

【請求項7】
 
検査するMDS及び/又はAMLの発症又は発症リスクが、進行型MDS及び/又はAMLの発症又は発症リスクである、請求項6に記載の方法。

【請求項8】
 
CUX1遺伝子の変異を検出することを更に含む、請求項1~7のいずれか1項に記載の方法。

【請求項9】
 
ヒトにおけるDDX41遺伝子の体細胞変異の存在又は将来的な発生を予測するための指標の取得方法であって、
野生型DDX41遺伝子によりコードされるポリペプチドの配列番号2に示すアミノ酸配列において第500位、第259位、第363位、第364位、第3位、第7位、第35位、第187位及び第256位からなる群から選択される1以上のアミノ酸での変異を生じる、DDX41遺伝子の1以上の胚細胞変異を検出することを特徴とする方法。

【請求項10】
 
前記DDX41遺伝子の体細胞変異が、
野生型DDX41遺伝子によりコードされる配列番号2に示すアミノ酸配列における、第525位のアルギニンの変異を生じるDDX41遺伝子の体細胞変異である、請求項9に記載の方法。

【請求項11】
 
ヒトにおける骨髄腫瘍の発症又は発症リスクを検査する方法、並びに、ヒトにおけるDDX41遺伝子の体細胞変異の存在又は将来的な発生を予測する方法のうち少なくとも1つの方法に用いるキットであって、
DDX41遺伝子のうち、変異した場合に、野生型DDX41遺伝子によりコードされるポリペプチドの配列番号2に示すアミノ酸配列において第500位、第259位、第363位、第364位、第3位、第7位、第35位、第187位及び第256位からなる群から選択される1以上のアミノ酸での変異を生じる塩基を1以上含む部位を増幅できるように設計されたプライマーセット、
DDX41遺伝子のうち、変異した場合に、野生型DDX41遺伝子によりコードされるポリペプチドの配列番号2に示すアミノ酸配列において第500位、第259位、第363位、第364位、第3位、第7位、第35位、第187位及び第256位からなる群から選択される1以上のアミノ酸での変異を生じる塩基を1以上含む部位と結合できるように設計されたプローブ、及び
DDX41遺伝子による翻訳産物であるポリペプチドのうち、配列番号2に示す野生型のアミノ酸配列において第500位、第259位、第363位、第364位、第3位、第7位、第35位、第187位及び第256位からなる群から選択される1以上のアミノ酸に対応するアミノ酸を含む部位を認識する抗体
からなる群から選択される1種以上を含有するキット。

【請求項12】
 
CUX1遺伝子の変異を検出するための試薬を更に含む、請求項11に記載のキット。
IPC(International Patent Classification)
F-term
Drawing

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JP2015239547thum.jpg
State of application right Published
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