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(In Japanese)ESTクラスタリングと遺伝子発現データベース

Research report code R000000067
Posted date Feb 22, 2005
Researchers
  • (In Japanese)長谷川 亜樹
Affiliation
  • (In Japanese)科学技術振興事業団 創造科学技術推進事業
Research organization
  • (In Japanese)科学技術振興事業団 創造科学技術推進事業
Report name (In Japanese)ESTクラスタリングと遺伝子発現データベース
Technology summary (In Japanese)マウスの初期胚におけるcDNAライブラリから得れれた25438個のESTから,未受精卵,受精卵1,2,4,8細胞期を含む7つの発生段階の各々において,発現している遺伝子を独自の手法を用いて予測した。同ライブラリに含まれる遺伝子が9718個存在すると予測され,遺伝子の発現パターンが明らかになった。この内4351個は全く新規のものであることが判明した。遺伝子発現パターンをまとめてデータベースを構築し,インターネット上(http://bioa.jst.go.jp/).で公開した。ここではESTクラスタリングに用いた全EST,染色体上のマーカに対応した予測遺伝子,発生段階毎の発現程度が検索できる。遺伝子発現データベースの構築は染色体DNAおよび中心粒子の細胞分裂による分配のたびに生じる細胞分裂というイベントにおいて,変化する遺伝子の発現パターンを探る上で貴重な情報源となることを期待する。
Research field
  • Structure and chemistry of genes
  • Gene expression
  • Cell division and proliferation
  • Development (=generation) and differentiation
  • Molecular and genetic information processing
Published papers related (In Japanese)(1)Minoru S. H. Ko, John R. Kitchen, Xiaohong Wang, Tracy A. Threat, Xueqian Wang, Aki Hasegawa, Tong Sun, Marija J. Grahovac, George J. Kargul, Meng K. Lim, YuShun Cui, Yuri Sano, Tetsuya Tanaka, Yuling Liang, Scott Mason, Paul D. Paonessa, Althea D. Sauls, Grace E. DePalma, Rana Sharara, Lucy B. Rowe, Janan Eppig, Chris Morrell, and Hirofumi Doi. Large-scale cDNA analysis reveals phased gene expression patterns during preimplantation mouse development. Development, Vol. 127, No. 8, pp. 1737-1749, 2000.
Research project
  • Exploratory Research for Advanced Technology;DOI Bioasymmetry
Information research report
  • (In Japanese)長谷川 亜樹. ESTクラスタリングと遺伝子発現データベース. 創造科学技術推進事業 土居バイオアシンメトリプロジェクトシンポジウム要旨集 生命における非対称性を探る…バイオインフォマティクスから発生生物学まで(研究期間:1995-2000),2000. p.5 - 6.

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