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(In Japanese)大腸菌におけるゲノム機能の体系的解析

Research report code R013000200
Posted date Oct 1, 2003
  • (In Japanese)森 浩禎
  • (In Japanese)磯野 克巳
  • (In Japanese)金谷 重彦
  • (In Japanese)西村 昭子
  • (In Japanese)堀内 嵩
  • (In Japanese)松田 秀雄
  • (In Japanese)三木 健良
  • (In Japanese)山本 義弘
  • (In Japanese)和田 千恵子
  • (In Japanese)仁木 宏典
  • (In Japanese)工藤 喜弘
  • (In Japanese)馬場 知哉
  • (In Japanese)奈良先端科学技術大学院大学遺伝子教育研究センター
  • (In Japanese)神戸大学理学部
  • (In Japanese)奈良先端科学技術大学院大学・情報科学研究科
  • (In Japanese)遺伝学研究所微生物保存研究室
  • (In Japanese)基礎生物学研究所
  • (In Japanese)大阪大学大学院基礎工学研究科
  • (In Japanese)福岡歯科大学
  • (In Japanese)兵庫医科大学遺伝学教室
  • (In Japanese)京都大学ウイルス研究所
  • (In Japanese)国立遺伝学研究所
  • (In Japanese)山形大学工学部
  • (In Japanese)慶応大学・先端生命科学研究所
Research organization
  • (In Japanese)遺伝学研究所
  • (In Japanese)基礎生物学研究所
  • (In Japanese)京都大学ウイルス研究所
  • (In Japanese)福岡歯科大学
  • (In Japanese)山形大学工学部
  • (In Japanese)神戸大学理学部
  • (In Japanese)東京大学医科学研究所
  • (In Japanese)奈良先端科学技術大学院大学
  • (In Japanese)兵庫医科大学遺伝学教室
  • (In Japanese)大阪大学大学院基礎工学研究科
  • (In Japanese)慶応義塾大学先端生命科学研究所
Report name (In Japanese)大腸菌におけるゲノム機能の体系的解析
Technology summary (In Japanese)大腸菌は過去の蓄積の多さ,研究手法の充実等から最適の研究対象の一つである。本研究では,まず大腸菌全遺伝子の破壊株の作成を行うことにより未知機能の解明や他の遺伝子とのネットワークの解明が期待される。また,全遺伝子(ORF)のクローン化を行い,この目的のために開発されたベクターにクローン化し,宝酒造と共同で大腸菌のDNAマイクロアレイの開発を行った。次に,アミノ酸配列の類似性から各ORFをグループして,分類,機能推定,進化・系統解析を目的としたクラスター解析や,DNAマイクロアレイを利用した遺伝子ネットワーク解明のためのソフトウェア開発を進めている。機能解析には,完成した破壊株のセットやクローン等のリソースを用い,網羅的にかつ簡便に機能の類推に結びつくようなアッセイ法の確立を行っている。解析結果はリソースのデータも含め,データベースを構築し,インターネットで公開している。
Research field
  • Biological function
  • Research methods in genetics
  • Structure and chemistry of genes
  • Microorganism morphology and taxonomy
  • Database systems
Published papers related (In Japanese)(1)Yamamoto, Y., Aiba, H., Baba, T., Hayashi, K., Inada, T., Isono, K., Itoh, T., Kimura, S., Kitagawa, M., Makino, K., Miki, T., Mitsuhashi, N., Mizobuchi, K., Mori, H., Nakade, S., Nakamura, Y., Nashimoto, H., Oshima, T., Oyama, S., Saito, N., Sampei, G., Satoh, Y., Sivasundaram, S., Tagami, H., Takahashi, H., Takeda, J., Takemoto, K., Uehara, K., Wada, C., Yamagata, S. & Horiuchi, T. Construction of a Contiguous 874-kb Sequence of the Escherichia coli-K12 Genome Corresponding to 50.0-68.8 min on the Linkage Map and Analysis of Its Sequence Features (Supplement). DNA Research 4, 169-178 (1997).
(2)Itoh T., Matsuda H. & Mori H. Phylogenetic analysis of the third hsp70 homolog in Escherichia coli; a novel member of the Hsc66 subfamily and its possible co-chaperone. DNA Research 6, 299-305 (1999).
(3)Mori H., Isono K., Horiuchi T., Miki T. & E. coli genome project team in Japan. Functional Genomics of Escherichia coli in Japan. Research in Microbiology 151, 121-128 (2000).
Research project
  • Core Research for Evolutional Science and Technology;Structure and Function of Genomes
Information research report
  • (In Japanese)森 浩禎,磯野 克巳,井口 八郎,加藤 潤一,金谷 重彦,西村 昭子,平賀 壯太,堀内 嵩,松田 秀雄,三木 健良,山本 義弘,和田 千恵子. 大腸菌におけるゲノム機能の体系的解析. 戦略的基礎研究推進事業「ゲノム構造と機能」 公開シンポジウム 要旨集,2001. p.6 - 7.