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(In Japanese)プロテオーム配列空間からの正規構造の抽出

Research report code R030000313
Posted date Feb 22, 2005
Researchers
  • (In Japanese)芝 清隆
Affiliation
  • (In Japanese)(財)癌研究会癌研究所
Research organization
  • (In Japanese)(財)癌研究会癌研究所
Report name (In Japanese)プロテオーム配列空間からの正規構造の抽出
Technology summary (In Japanese)本研究は、プロテオーム正規構造としての繰り返し性の研究の一環として、ペプチドの一次構造レベルの繰り返し性を、進化的に関連のある蛋白質ファミリーに焦点を絞り解析するシステムを構築した。蛋白質ファミリーを形成するプロテオームを「パラログとしての縦軸」、「生物種としての横軸」の2つの座標軸から亜群に分類し、これらの亜群内でのペプチド繰り返しの特徴を抽出し、繰り返し性を求めることを意図した。ウェブ上での利用の利便性を目的として、JAVAによるプログラムの構築を進めた。最も古い起源を持つ酵素である「アミノアシルtRNA合成酵素」を研究の対象として選んだ。既にゲノムの全構造が解明されている22種の生物の同合成酵素配列のデータベースを構築し、その中から自由に亜群を作成できるようにした。作成された種々の亜群のデータセットの中から、「任意の長さ以上」のペプチド配列を「任意の回数(以上)」、1つの読み枠の中に持つものを「repetition」コマンドを用いて抽出できるようになった。
Drawing

※Click image to enlarge.

R030000313_01SUM.gif
Research field
  • Documentation
  • Proteins and peptides in general
  • Database systems
  • Molecular and genetic information processing
Research project
  • Research and Development for Applying Advanced Computational Science and Technology(ACT-JST) ;Life Science (Short Type)
Information research report
  • (In Japanese)芝 清隆. プロテオーム配列空間からの正規構造の抽出. 計算科学技術活用型 特定研究開発推進事業 研究報告会 ~進展する第三の科学技術~ 2000. p.52 - 53.

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