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(In Japanese)生物多様性データベースのプロテオーム情報による再構築 原核生物における種多様性情報 :プロテオーム解析の導入

Research report code R030000332
Posted date Feb 22, 2005
Researchers
  • (In Japanese)渡辺 信
  • (In Japanese)清水 英幸
  • (In Japanese)鶴若 恵二
  • (In Japanese)森谷 幸満
  • (In Japanese)宮崎 賢司
  • (In Japanese)志村 純子
  • (In Japanese)次田 皓
Affiliation
  • (In Japanese)国立環境研究所
  • (In Japanese)国立環境研究所
  • (In Japanese)国立環境研究所
  • (In Japanese)国立環境研究所
  • (In Japanese)国立環境研究所
  • (In Japanese)理化学研究所
  • (In Japanese)東京理科大学生命科学研究所内JIPIDタンパクデータバンク
Research organization
  • (In Japanese)国立環境研究所
  • (In Japanese)東京理科大学
  • (In Japanese)理化学研究所
Report name (In Japanese)生物多様性データベースのプロテオーム情報による再構築 原核生物における種多様性情報 :プロテオーム解析の導入
Technology summary (In Japanese)生物の進化の過程では、突然変異を生じて遺伝子配列が変化し、生物種の遺伝子を比較することによって、その遺伝子の進化の道筋を推定することが可能とされている。しかし、1種類の遺伝子配列では情報が不足し、構築された類縁関係とは不一致な系統樹が作成されることがある。このような不一致を示す分類群について、1種類の遺伝子配列だけでなく、発現している全たんぱく質のプロテオーム解析を行い、系統樹にマップする作業を支援するためのソフトウエアを開発し、ネットワーク上から実験者が簡便なインターフェースを介して利用できるシステムを構築した。このシステムを用いて現在、Oscillatoria agadii、Microcystis aeruginosa、Anabena sp.などのシアノバクテリア種について、解析データを蓄積中である。また、原核生物の種情報を細菌・古細菌・シアノバクテリアについて約9,000件整理し、統合化データベースとして公開準備をすすめた。
Drawing

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R030000332_01SUM.gif
Research field
  • Proteins and peptides in general
  • Molecular genetics in general
  • Molecular and genetic information processing
Research project
  • Research and Development for Applying Advanced Computational Science and Technology(ACT-JST) ;Environment&Safety (Short Type)
Information research report
  • (In Japanese)渡辺 信、清水 英幸、鶴若 恵二、森谷 幸満、宮崎 賢司、志村 純子、次田 皓. 生物多様性データベースのプロテオームによる再構築 原核生物における種多様性情報 :プロテオーム解析の導入. 計算科学技術活用型 特定研究開発推進事業 研究報告会 ~進展する第三の科学技術~ 2000. p.100 - 101.

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