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DEVELOPMENT OF METHOD FOR JUDGING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM OF RICE GENOM AND APPLICATION TO DISCRIMINATION OF RICE SPECIES

Seeds code S100002263
Posted date Oct 7, 2010
Researchers
  • (In Japanese)田淵 宏朗
  • (In Japanese)林 敬子
  • (In Japanese)芦川 育夫
Name of technology DEVELOPMENT OF METHOD FOR JUDGING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM OF RICE GENOM AND APPLICATION TO DISCRIMINATION OF RICE SPECIES
Technology summary (In Japanese)(A)または(B)のプライマー対を含むプライマーのセットである。(A)配列番号1(6P1N-522)と2(6P1N-322)、配列番号(326P1K-5)と4(26P1-3-1)、配列番号5(17P1K-51)と6(17P1K-32)、配列番号7(4P1K-5-2)と8(4P1-3-11)、(B)配列番号1と2、配列番号5と6、配列番号7と8;配列番号9と10とする。このプライマーセットを使用して、イネゲノムの1塩基多型の遺伝子型の判別する。SNPs判別法において使用するプライマーを検討し、簡便、かつ再現性の高い、ゲノムDNAの多型性の識別に使用可能なプライマーをはじめて見出す。プライマーの3’末端から3番目の塩基を他の塩基に置換して、人工的なミスマッチを作り、PCRの選択性を高める。このミスマッチを作る際は、例えば元の塩基がGの場合はTへ、Aの場合はCへ、Tの場合はGへ、Cの場合はAへ、置換すると最も高い確率で選択性のあるマーカーができる。
Research field
  • Molecular genetics in general
  • Rice cropping
Seeds that can be deployed (In Japanese)簡便、かつ再現性の高いゲノムDNAの多型性の識別方法を提供し、イネの品種識別、さらにはイネの育種選抜におけるDNAマーカーに使用可能とする。
このプライマーを使用することにより、高精度に、1塩基レベルの変異を判別することが可能である。また、SNPs遺伝子型の判別において、この判別方法を用いた場合、特に高額な機械を使用する必要がなく、簡易で安定的な品種識別が可能である。1塩基置換を擬陽性の問題を生じることなく判定するので、従来法よりも多くのゲノム上の部位での変異を安定的に判別可能である。、イネなどの育種において、選抜育種用のDNAマーカーとしても、有用である。
Usage Use field (In Japanese)イネ品種識別、選抜育種用DNAマーカー
Application patent   patent IPC(International Patent Classification)
( 1 ) (In Japanese)国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, . (In Japanese)田淵 宏朗, 林 敬子, 芦川 育夫, . DEVELOPMENT OF METHOD FOR JUDGING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM OF RICE GENOM AND APPLICATION TO DISCRIMINATION OF RICE SPECIES. P2004-248635A. Sep 9, 2004
  • C12N  15/09     
  • C12Q   1/68     

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