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METHOD AND APPARATUS FOR DECODING GENOME BASE SEQUENCE, AND METHOD AND APPARATUS FOR PREPARING GENOME PHYSICAL MAP

Seeds code S100002288
Posted date Oct 7, 2010
Researchers
  • (In Japanese)大谷 敏郎
  • (In Japanese)山本 公子
  • (In Japanese)杉山 滋
Name of technology METHOD AND APPARATUS FOR DECODING GENOME BASE SEQUENCE, AND METHOD AND APPARATUS FOR PREPARING GENOME PHYSICAL MAP
Technology summary (In Japanese)真核生物の染色体を、複数の微小断片に順次切断し、複数の微小断片の染色体上の位置を記録し、複数の微小断片を個別に回収して、真核生物のゲノム塩基配列を解読する。さらに、回収した微小断片からDNAを抽出し、抽出したDNAをテンプレートとし、ランダムな配列をその一部または全部に有するプライマーを用いてPCRを行い、得られた複数のPCR産物を回収してクローニングし、複数のPCR産物の全長または部分の塩基配列データを得て、塩基配列データを、複数のPCR産物のそれぞれの末端部の塩基配列に基づいて繋ぎあわせることにより、微小断片全体の塩基配列を復元し、復元された微小断片の塩基配列を、複数の微小断片の染色体上の位置の記録に基づいて整列させることにより、染色体の全長または一部の塩基配列を復元してゲノム塩基配列を解読する。染色体は、分裂期染色体またはパキテン期染色体である。染色体を切断する工程を、原子間力顕微鏡または近接場光プローブ顕微鏡の探針による掻き取り、ガラスまたは金属製の針またはキャピラリーによる掻き取り、または、レーザーによる破断により行う。
Drawing

※Click image to enlarge.

thum_2003-341475.gif
Research field
  • Structure and chemistry of genes
Seeds that can be deployed (In Japanese)ナノメーターレベルの精度で存在位置を記録しつつ染色体からDNAを回収して、その塩基配列を決定し、遺伝地図や物理地図を必要とせずに、全ゲノム塩基配列を復元可能な大幅に省力化されたゲノム塩基配列解読方法及び装置を提供すると共に、簡便で長期間を要しないゲノム物理地図作成方法及び装置を提供する。
各断片のゲノム上での位置を切断時に記録しているので、その情報にしたがって塩基配列を順番に並べることにより、染色体の配列を復元することができる。遺伝地図が不要であり、飛躍的に短期間かつ省労力で塩基配列解読及び物理地図作成を行うことが可能になる。様々な有用動植物のゲノム解析やその応用による遺伝子の単離や品種改良を促進することが期待できる。
Usage Use field (In Japanese)ゲノム物理地図作成、ゲノム塩基配列解読
Application patent   patent IPC(International Patent Classification)
( 1 ) (In Japanese)国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, . (In Japanese)大谷 敏郎, 山本 公子, 杉山 滋, . METHOD AND APPARATUS FOR DECODING GENOME BASE SEQUENCE, AND METHOD AND APPARATUS FOR PREPARING GENOME PHYSICAL MAP. P2005-102613A. Apr 21, 2005
  • C12Q   1/68     
  • C12N  15/09     

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