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MICROARRAY FOR DETECTING NEW GENE, METHOD FOR DESIGNING THE SAME, AND APPLICATION THEREOF

Seeds code S130012088
Posted date Jun 10, 2013
Researchers
  • (In Japanese)小倉 淳
  • (In Japanese)瀬々 潤
  • (In Japanese)吉田 真明
  • (In Japanese)福崎 睦美
Name of technology MICROARRAY FOR DETECTING NEW GENE, METHOD FOR DESIGNING THE SAME, AND APPLICATION THEREOF
Technology summary (In Japanese)マイクロアレイ用の30~60ヌクレオチド長のポリヌクレオチドプローブ配列を設計する。この設計方法を利用して、各相同遺伝子に対応する、ヒト遺伝子由来のポリヌクレオチドプローブを設計し、そして、これらのポリヌクレオチドプローブを備えたマイクロアレイを作製した。次いで、このマイクロアレイのポリヌクレオチドプローブの配列に各種の変異を導入し、ポリヌクレオチドプローブのどのような位置にどの程度の変異を導入しても、相同遺伝子に対する検出感度があまり低下しないかを調べた。この結果をアルゴリズムに反映させて、設計方法の改良を行った。次に、改良した設計方法を利用して、各オーソロガス遺伝子に対応する、ヒト遺伝子由来のポリヌクレオチドプローブを7987種類設計し、これらのポリヌクレオチドプローブを備えたマイクロアレイを作製した。このマイクロアレイを、ヒトとの推定分岐年代が7億年以上であるゲノム未知生物であるヒメイカのmRNAに適用したところ、ヒト遺伝子と相同な遺伝子を5千4百種類以上も検出することができた。
Drawing

※Click image to enlarge.

thum_2010-265734.gif
Research field
  • Structure and chemistry of genes
Seeds that can be deployed (In Japanese)ゲノム未知生物の相同遺伝子のスクリーニング又は発現解析に用いるためのマイクロアレイ用のポリヌクレオチドプローブを設計する方法を提供する。さらに、この設計方法により設計されたポリヌクレオチドプローブを2種類以上備えたマイクロアレイを提供し、さらにマイクロアレイを使用する方法を提供する。
ゲノム未知生物の相同遺伝子のスクリーニング又は発現解析に用いるためのマイクロアレイに非常に好適なポリヌクレオチドプローブを設計することができる。また、このマイクロアレイによれば、様々なゲノム未知生物の相同遺伝子のスクリーニング、又は発現解析を、きわめて効率よく、かつ、高感度で行うことができる。
Usage Use field (In Japanese)マイクロアレイ用のポリヌクレオチドプローブ、マイクロアレイ、相同遺伝子のスクリーニング、発現解析
Application patent   patent IPC(International Patent Classification)
( 1 ) (In Japanese)国立大学法人お茶の水女子大学, 学校法人関西文理総合学園, . (In Japanese)小倉 淳, 瀬々 潤, 吉田 真明, 福崎 睦美, . MICROARRAY FOR DETECTING NEW GENE, METHOD FOR DESIGNING THE SAME, AND APPLICATION THEREOF. P2012-115169A. Jun 21, 2012
  • C12N  15/09     
  • C12Q   1/68     

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